RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247		Q6ZRU5	148 aa		3.62	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	CLEC2B	Q92478	149 aa		3.62	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM218A	Q96MZ4	157 aa		3.62	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	CAMK2N2	Q96S95	79 aa		3.62	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	TRBV7-6	A0A0J9YX20	115 aa		3.61	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	NUPR2	A6NF83	97 aa		3.61	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	SYCN	Q0VAF6	134 aa		3.61	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	MTURN	Q8N3F0	131 aa		3.61	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC00526	Q96FQ7	95 aa		3.61	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	C22orf24	Q9Y442	160 aa		3.61	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	FAM240A	A0A1B0GVK7	77 aa		3.6	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	HIGD2B	Q4VC39	106 aa		3.6	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	KRTAP1-5	Q9BYS1	174 aa		3.6	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	CBY1	Q9Y3M2	126 aa		3.6	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A087WYN8	130 aa		3.59	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	CNBP	P62633	177 aa	Known RBP	3.59	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	TTC32	Q5I0X7	151 aa		3.59	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247		Q6ZRP5	223 aa		3.59	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	OR13C6P	Q8NH95	151 aa		3.59	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	OBSCN-AS1	Q96MR7	158 aa		3.59	□□□□□ -1.83
ATG4A-208	ENST00000489247	DNAH10	Q8IVF4	4471 aa		3.58	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247		H3BQ85	93 aa		3.58	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247		M0R378	163 aa		3.58	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	BAALC-AS2	P0C853	105 aa		3.58	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	PRR3	P79522	188 aa	Known RBP	3.58	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	CASC10	Q5T4H9	136 aa		3.58	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC00575	Q6W349	94 aa		3.58	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	VPS25	Q9BRG1	176 aa		3.58	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247		Q9HAA7	133 aa		3.58	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	CSMD3	Q7Z407	3707 aa		3.57	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	DNAH2	Q9P225	4427 aa		3.57	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	TRAV23DV6	A0A075B6W5	121 aa		3.57	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	TRBV10-3	A0A0K0K1G6	114 aa		3.57	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	TEX49	A0A1B0GTD5	131 aa		3.57	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	NCR3	O14931	201 aa		3.57	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	RPL18A	Q02543	176 aa	Known RBP	3.57	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	C6orf99	Q4VX62	202 aa		3.57	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	S100A7L2	Q5SY68	101 aa		3.57	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	C9orf129	Q5T035	196 aa	Known RBP	3.57	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247		Q8N814	137 aa		3.57	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	ALMS1	Q8TCU4	4167 aa		3.57	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	KCNQ1DN	Q9H478	68 aa		3.57	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	XAGE1A	Q9HD64	81 aa		3.57	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	DNAH17	Q9UFH2	4485 aa		3.56	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	LYST	Q99698	3801 aa		3.56	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	NBDY	A0A0U1RRE5	68 aa		3.56	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	LECT2	O14960	151 aa		3.56	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	DNAL4	O96015	105 aa		3.56	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	ACYP1	P07311	99 aa		3.56	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	INAFM2	P0DMQ5	153 aa		3.56	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	ELOF1	P60002	83 aa	Known RBP	3.56	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	C14orf177	Q52M58	125 aa		3.56	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	SDIM1	Q6ZPB5	146 aa		3.56	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247		Q6ZRN7	208 aa	Predicted RBP	3.56	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	DIRC1	Q969H9	104 aa		3.56	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	LOC107984640	A0A0U1RRK4	108 aa		3.55	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM256-PLSCR3	K7ERE1	68 aa		3.55	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	ZNF73	O43830	326 aa	Predicted RBP	3.55	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	SNCG	O76070	127 aa		3.55	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	SPRR1A	P35321	89 aa		3.55	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	UBE2DNL	Q8IWF7	75 aa		3.55	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	ORMDL1	Q9P0S3	153 aa		3.55	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	PKIG	Q9Y2B9	76 aa		3.55	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	MEGF8	Q7Z7M0	2845 aa		3.55	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	hADV29S1	A0JD25	119 aa		3.54	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	LRCOL1	A6NCL2	159 aa		3.54	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	C16orf90	A8MZG2	172 aa		3.54	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	KRTAP4-16	G5E9R7	235 aa	Predicted RBP	3.54	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	SCGB1A1	P11684	91 aa		3.54	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	COX7B	P24311	80 aa		3.54	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	UNQ6493/PRO21345	Q6UXR8	122 aa	Predicted RBP	3.54	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	KRTAP7-1	Q8IUC3	87 aa		3.54	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	C7orf33	Q8WU49	177 aa		3.54	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	SIGMAR1	Q99720	223 aa		3.54	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	COL7A1	Q02388	2944 aa		3.54	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	IGLV1-50	A0A075B6I6	118 aa		3.53	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	EPM2A	B3EWF7	344 aa		3.53	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	JMJD7-PLA2G4B	H0Y9G9	81 aa		3.53	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247		Q6ZR54	194 aa		3.53	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	DNAH8	Q96JB1	4490 aa		3.53	□□□□□ -1.84
ATG4A-208	ENST00000489247	DNAH11	Q96DT5	4516 aa		3.52	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247	FBN3	Q75N90	2809 aa		3.52	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247	C9orf163	Q8N9P6	203 aa		3.52	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247	NKAPP1	Q8N9T2	125 aa		3.52	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247	KRTAP2-2	Q9BYT5	123 aa		3.52	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247	KMT2A	Q03164	3969 aa		3.51	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247	LOC110117498	A0A087WWA1	95 aa		3.51	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247	PSCA	O43653	123 aa		3.51	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247	XG	P55808	180 aa		3.51	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247		Q6Q795	121 aa		3.51	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247	HECTD4	Q9Y4D8	3996 aa		3.51	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A096LNI7	61 aa		3.5	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247	PDE6G	P18545	87 aa		3.5	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247		Q6ZQY7	126 aa		3.5	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247		Q6ZRX8	168 aa		3.5	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247	MRPL55	Q7Z7F7	128 aa	Known RBP	3.5	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247	SMIM29	Q86T20	159 aa		3.5	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC00643	Q86TS7	51 aa		3.5	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247	DHRS4-AS1	Q9P1J3	65 aa		3.5	□□□□□ -1.85
ATG4A-208	ENST00000489247	LINC00474	Q9P2X8	69 aa		3.5	□□□□□ -1.85

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