RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	TMEM223	A0PJW6	202 aa		5.6	□□□□□ -1.51
USP4-213	ENST00000488520	SMIM1	B2RUZ4	78 aa		5.6	□□□□□ -1.51
USP4-213	ENST00000488520	HSBP1L1	C9JCN9	74 aa		5.6	□□□□□ -1.51
USP4-213	ENST00000488520	LINC01545	Q5VT33	79 aa		5.6	□□□□□ -1.51
USP4-213	ENST00000488520	PLEKHB2	Q96CS7	222 aa		5.6	□□□□□ -1.51
USP4-213	ENST00000488520	TRBV30	A0A0K0K1B3	111 aa		5.59	□□□□□ -1.51
USP4-213	ENST00000488520	LOC107984640	A0A0U1RRK4	108 aa		5.59	□□□□□ -1.51
USP4-213	ENST00000488520	LINC00587	B1AMM8	73 aa		5.59	□□□□□ -1.51
USP4-213	ENST00000488520	LEPROT	O15243	131 aa		5.59	□□□□□ -1.51
USP4-213	ENST00000488520	LGALS3	P17931	250 aa	Known RBP	5.59	□□□□□ -1.51
USP4-213	ENST00000488520	HNRNPA3	P51991	378 aa	Known RBP	5.59	□□□□□ -1.51
USP4-213	ENST00000488520	RPL37A	P61513	92 aa	Known RBP	5.59	□□□□□ -1.51
USP4-213	ENST00000488520	UNQ6190/PRO20217	Q6UXQ8	127 aa		5.59	□□□□□ -1.51
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZRU5	148 aa		5.59	□□□□□ -1.51
USP4-213	ENST00000488520	MYMX	A0A1B0GTQ4	84 aa		5.58	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	KIAA0087	Q14695	138 aa		5.58	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	C2orf82	Q6UX34	121 aa		5.58	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	LINC00474	Q9P2X8	69 aa		5.58	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	IGLV5-39	A0A0G2JS06	123 aa		5.57	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	HERV-K104	P63124	156 aa		5.57	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	RPL18A	Q02543	176 aa	Known RBP	5.57	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	GAGE2B	Q13066	116 aa		5.57	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520		J3QQQ9	107 aa		5.56	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	NMU	P48645	174 aa		5.56	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	CIRBP	Q14011	172 aa	Known RBP	5.56	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	MEIG1	Q5JSS6	88 aa		5.56	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	SDIM1	Q6ZPB5	146 aa		5.56	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	ATOH7	Q8N100	152 aa		5.56	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	STPG4	Q8N801	248 aa		5.56	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	NDUFA12	Q9UI09	145 aa		5.56	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	IGKV2-24	A0A0C4DH68	120 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520		E9PLD3	99 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	PFN2	P35080	140 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	LINC00158	P58513	81 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	COX17	Q14061	63 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	MAJIN	Q3KP22	176 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	GAGE2E	Q4V326	116 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	C10orf25	Q5T742	122 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	ZNF625	Q96I27	306 aa	Predicted RBP	5.55	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	C6orf48	Q9UBA6	75 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	GAGE2D	Q9UEU5	116 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	RNF213	Q63HN8	5207 aa		5.55	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	NDUFC2-KCTD14	E9PQ53	114 aa		5.54	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	MT1HL1	P0DM35	61 aa		5.54	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	C9orf116	Q5BN46	136 aa	Predicted RBP	5.54	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	TLX1NB	P0CAT3	122 aa		5.53	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	ERG28	Q9UKR5	140 aa		5.53	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	TNXB	P22105	4242 aa		5.53	□□□□□ -1.52
USP4-213	ENST00000488520	LRP2	P98164	4655 aa		5.52	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520		A0A0U1RRA0	63 aa		5.52	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	JOSD1	Q15040	202 aa	Predicted RBP	5.52	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520		A0A096LNI7	61 aa		5.51	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	ZNF815P	A8K554	130 aa		5.51	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	PANO1	I0J062	215 aa		5.51	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	S100A12	P80511	92 aa		5.51	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	SCGB1D4	Q6XE38	83 aa		5.51	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZRP5	223 aa		5.51	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	SMIM13	P0DJ93	91 aa		5.5	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	RPL24	P83731	157 aa	Known RBP	5.5	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	MIEN1	Q9BRT3	115 aa		5.5	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	VAMP8	Q9BV40	100 aa		5.5	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520		A0A087WYN8	130 aa		5.49	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	CHTF8	P0CG12	524 aa		5.49	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	SPACA4	Q8TDM5	124 aa		5.49	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	C7orf33	Q8WU49	177 aa		5.49	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	COPS9	Q8WXC6	57 aa		5.49	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	XAGE1A	Q9HD64	81 aa		5.49	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520		A0A0J9YXY3	114 aa		5.48	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	TSPEAR-AS2	P59090	65 aa		5.48	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	LBH	Q53QV2	105 aa	Predicted RBP	5.48	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	MIR7-3HG	Q8N6C7	128 aa		5.48	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	NKAPP1	Q8N9T2	125 aa		5.48	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	IGKV2D-26	A0A0A0MRZ7	120 aa		5.47	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	TMEM238	C9JI98	176 aa		5.47	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	SPATA45	Q537H7	98 aa		5.47	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	FAM19A5	Q7Z5A7	132 aa	Predicted RBP	5.47	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	SND1-IT1	Q9HBX3	110 aa		5.47	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	PAM16	Q9Y3D7	125 aa		5.47	□□□□□ -1.53
USP4-213	ENST00000488520	TIMM17B	O60830	172 aa		5.46	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520	UBE2B	P63146	152 aa		5.46	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520	SRSF9	Q13242	221 aa	Known RBP eCLIP	5.46	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520	PCP2	Q8IVA1	136 aa		5.46	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520	PLAC8	Q9NZF1	115 aa		5.46	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PNN7	141 aa		5.45	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520	PYY3	Q5JQD4	70 aa		5.45	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520	C9orf129	Q5T035	196 aa	Known RBP	5.45	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520	BOD1L2	Q8IYS8	172 aa		5.45	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520	TTTY13	Q9BZ97	58 aa		5.45	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520	COX8A	P10176	69 aa		5.44	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520	SLC25A34	Q6PIV7	304 aa		5.44	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZVH6	145 aa		5.44	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520	DAND5	Q8N907	189 aa		5.44	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520	C14orf144	Q96I85	54 aa		5.44	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520	C22orf24	Q9Y442	160 aa		5.44	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520	FAM168B	A1KXE4	195 aa		5.43	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520		M0QXV9	152 aa		5.43	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520	IFITM1	P13164	125 aa		5.43	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520	NPC2	P61916	151 aa		5.43	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520	PHF5A	Q7RTV0	110 aa	Known RBP	5.43	□□□□□ -1.54
USP4-213	ENST00000488520		M0R378	163 aa		5.42	□□□□□ -1.54

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