RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556725.1

SYNE2-222, Transcript of spectrin repeat containing nuclear envelope protein 2, human

TSL 3

Gene SYNE2, Length 672 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
SYNE2-222	ENST00000556725		A0A087X002	238 aa		5.07	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	POLR2K	P53803	58 aa	Known RBP	5.07	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	UBE2B	P63146	152 aa		5.07	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	GAGE2E	Q4V326	116 aa		5.07	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	UNQ6190/PRO20217	Q6UXQ8	127 aa		5.07	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	TSKU	Q8WUA8	353 aa		5.07	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	RETNLB	Q9BQ08	111 aa		5.07	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	MRPL35	Q9NZE8	188 aa	Known RBP	5.07	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	GAGE2D	Q9UEU5	116 aa		5.07	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	C7orf77	A4D0Y5	90 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	UMAD1	C9J7I0	102 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	SMLR1	H3BR10	107 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	TEX261	Q6UWH6	196 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	SMIM15	Q7Z3B0	74 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	SMIM12	Q96EX1	92 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	IMMP2L	Q96T52	175 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	ST20	Q9HBF5	79 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	MANBAL	Q9NQG1	85 aa		5.06	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725		K7EN84	100 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725		M0QXV9	152 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	ZNF861P	O60384	105 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	TLX1NB	P0CAT3	122 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725		Q6ZUT4	128 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	ORAOV1	Q8WV07	137 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	MED9	Q9NWA0	146 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	C6orf48	Q9UBA6	75 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	UBE2D4	Q9Y2X8	147 aa		5.05	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	TRBV27	A0A0K0K1C4	114 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	TCTE3	Q8IZS6	198 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	OR10D4P	Q8NGN7	298 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	TYMSOS	Q8TAI1	123 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	SMDT1	Q9H4I9	107 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	ANAPC11	Q9NYG5	84 aa		5.04	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	CSDC2	Q9Y534	153 aa	Known RBP	5.04	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	NDUFA1	O15239	70 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	TMEM241	Q24JQ0	296 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	C9orf129	Q5T035	196 aa	Known RBP	5.03	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	OCC1	Q8TAD7	63 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	BIN3	Q9NQY0	253 aa		5.03	□□□□□ -1.6
SYNE2-222	ENST00000556725	IGHV3OR16-9	A0A0B4J2B5	98 aa		5.02	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	SMKR1	H3BMG3	65 aa		5.02	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	RAB4A	P20338	218 aa		5.02	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	FAM104A	Q969W3	186 aa		5.02	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	FAM210A	Q96ND0	272 aa		5.02	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725		F8WDY8	70 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	VCY	O14598	125 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	PDE6D	O43924	150 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	CRYGA	P11844	174 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	FCER1G	P30273	86 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	KIAA0087	Q14695	138 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	TPRXL	Q17RH7	258 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	KRTAP13-2	Q52LG2	175 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	AMN1	Q8IY45	258 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	CTDSP1	Q9GZU7	261 aa		5.01	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	IGLV7-46	A0A075B6I9	117 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	GATC	O43716	136 aa	Known RBP	5	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	RPL39	P62891	51 aa	Known RBP	5	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	ZNF345	Q14585	488 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	NDUFA5	Q16718	116 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	C2orf82	Q6UX34	121 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	TMEM191A	Q9H0A3	160 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	C22orf24	Q9Y442	160 aa		5	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725		A8MWL6	223 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	NRAC	Q8N912	160 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	TIMM21	Q9BVV7	248 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	KRTAP4-1	Q9BYQ7	146 aa		4.99	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	KANTR	A0A1W2PQU2	76 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	NDUFC2-KCTD14	E9PQ53	114 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	NUPR1	O60356	82 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	SUMO2	P61956	95 aa	Known RBP	4.98	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	SMAGP	Q0VAQ4	97 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	LINC00242	Q5T6M2	205 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	LINC00173	Q6ZV60	143 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	LINC00469	Q8N7U9	141 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	KIR2DL4	Q99706	377 aa		4.98	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725		A0A1B0GUT8	65 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	HMSD	A8MTL9	139 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	LINC01547	P58512	204 aa	Predicted RBP	4.97	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	LINC00304	Q8N9R0	145 aa		4.97	□□□□□ -1.61
SYNE2-222	ENST00000556725	TRBV30	A0A0K0K1B3	111 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	IFITM10	A6NMD0	228 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	HIGD1C	A8MV81	97 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	TEX46	H3BTG2	121 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	TRIAP1	O43715	76 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	RPL28	P46779	137 aa	Known RBP	4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	BLOC1S1	P78537	153 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	FAM231D	Q6ZW35	169 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	TMEM18	Q96B42	140 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	BORCS7	Q96B45	105 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	PPDPF	Q9H3Y8	114 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	XAGE1A	Q9HD64	81 aa		4.96	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	ZNF727	A8MUV8	499 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	BCE1	O60756	84 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	ATP6V1G1	O75348	118 aa		4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	PACRG	Q96M98	296 aa	Predicted RBP	4.95	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	TGIF2-C20orf24	A0A0A6YYL0	155 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	RPL37AP8	A6NKH3	93 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	S100A1	P23297	94 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	HBB	P68871	147 aa		4.94	□□□□□ -1.62
SYNE2-222	ENST00000556725	MRPS36	P82909	103 aa	Known RBP	4.94	□□□□□ -1.62

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