RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464454.1

CLK1-208, Transcript of CDC like kinase 1, human

TSL 2

Gene CLK1, Length 484 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLK1-208	ENST00000464454	C12orf73	Q69YU5	71 aa		0.83	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	ARL17A	Q8IVW1	177 aa		0.83	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	ACBD7	Q8N6N7	88 aa		0.83	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454		Q8N8P6	123 aa		0.83	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	DMAC1	Q96GE9	116 aa		0.83	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	TMEM141	Q96I45	108 aa		0.83	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	MRPL35	Q9NZE8	188 aa	Known RBP	0.83	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	IFT140	Q96RY7	1462 aa		0.83	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		0.83	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	TET1	Q8NFU7	2136 aa		0.82	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	HELZ	P42694	1942 aa	Known RBP	0.82	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	PZP	P20742	1482 aa		0.82	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	TRAV30	A0A087WSZ9	112 aa		0.82	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	TRBV10-1	A0A0K0K1A3	114 aa		0.82	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	TMEM30CP	A0ZSE6	113 aa		0.82	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	C20orf202	A1L168	122 aa		0.82	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	PPP3R1	P63098	170 aa		0.82	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	SPATA45	Q537H7	98 aa		0.82	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	TTC9C	Q8N5M4	171 aa		0.82	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	CASZ1	Q86V15	1759 aa		0.82	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	ZGRF1	Q86YA3	2104 aa		0.82	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	DAPK1	P53355	1430 aa		0.81	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	TRAV23DV6	A0A075B6W5	121 aa		0.81	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	NBDY	A0A0U1RRE5	68 aa		0.81	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	APOC4-APOC2	K7ER74	178 aa		0.81	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	APOC2	P02655	101 aa		0.81	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	S100A8	P05109	93 aa		0.81	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	TPPP2	P59282	170 aa		0.81	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	HSD52	Q0P140	79 aa		0.81	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	TMEM242	Q9NWH2	141 aa		0.81	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	MRPL36	Q9P0J6	103 aa	Known RBP	0.81	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	LRP5	O75197	1615 aa		0.81	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	MYH1	P12882	1939 aa		0.81	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		0.81	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	CIT	O14578	2027 aa		0.81	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	LAMB1	P07942	1786 aa		0.8	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	MYH6	P13533	1939 aa		0.8	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	SMARCA2	P51531	1590 aa		0.8	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	HIGD1C	A8MV81	97 aa		0.8	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	OOSP1	A8MZH6	123 aa		0.8	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454		H3BQ15	152 aa		0.8	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	CBLN1	P23435	193 aa		0.8	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	POLR2J	P52435	117 aa	Known RBP	0.8	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	CCL8	P80075	99 aa		0.8	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	CATR1	Q13166	79 aa		0.8	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	SLC48A1	Q6P1K1	146 aa		0.8	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	SPTSSA	Q969W0	71 aa		0.8	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	ATG5	Q9H1Y0	275 aa		0.8	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		0.8	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		0.8	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		0.8	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	MYH13	Q9UKX3	1938 aa		0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	MUC16	Q8WXI7	14507 aa		0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	SIPA1L2	Q9P2F8	1722 aa	Predicted RBP	0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	TEX49	A0A1B0GTD5	131 aa		0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	CLPSL1	A2RUU4	121 aa		0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	TMEM262	E9PQX1	116 aa		0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	IFNA17	P01571	189 aa		0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	IGKC	P01834	107 aa		0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	IL5	P05113	134 aa		0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	PRB4	P10163	310 aa	Predicted RBP	0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	PIP	P12273	146 aa	Predicted RBP	0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	C10orf99	Q6UWK7	81 aa		0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	C5orf38	Q86SI9	138 aa		0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	C8orf59	Q8N0T1	100 aa	Predicted RBP	0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	TSKU	Q8WUA8	353 aa		0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	LIMD2	Q9BT23	127 aa		0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	DPH3P1	Q9H4G8	78 aa		0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	PLXNA2	O75051	1894 aa		0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	ZNF609	O15014	1411 aa		0.79	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	KDM6B	O15054	1643 aa		0.78	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	PTPRD	P23468	1912 aa		0.78	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	TMEM218	A2RU14	115 aa		0.78	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	SIX6	O95475	246 aa		0.78	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	CCK	P06307	115 aa		0.78	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	UBE2G1	P62253	170 aa		0.78	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	IQCJ	Q1A5X6	159 aa		0.78	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	MRPL54	Q6P161	138 aa	Known RBP	0.78	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	ZNF818P	Q6ZRF7	136 aa		0.78	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	C4orf33	Q8N1A6	199 aa		0.78	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	IFI27L1	Q96BM0	104 aa		0.78	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	AQP10	Q96PS8	301 aa		0.78	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	0.78	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	PXDN	Q92626	1479 aa		0.78	□□□□□ -2.28
CLK1-208	ENST00000464454	KIF13A	Q9H1H9	1805 aa		0.78	□□□□□ -2.29
CLK1-208	ENST00000464454	TCRBV3S1	A0A5B6	114 aa		0.77	□□□□□ -2.29
CLK1-208	ENST00000464454	SSSCA1	O60232	199 aa		0.77	□□□□□ -2.29
CLK1-208	ENST00000464454	IFITM1	P13164	125 aa		0.77	□□□□□ -2.29
CLK1-208	ENST00000464454	UBE2D1	P51668	147 aa		0.77	□□□□□ -2.29
CLK1-208	ENST00000464454	FXYD4	P59646	89 aa		0.77	□□□□□ -2.29
CLK1-208	ENST00000464454	NPC2	P61916	151 aa		0.77	□□□□□ -2.29
CLK1-208	ENST00000464454	INSL4	Q14641	139 aa		0.77	□□□□□ -2.29
CLK1-208	ENST00000464454	XAF1	Q6GPH4	301 aa		0.77	□□□□□ -2.29
CLK1-208	ENST00000464454	COMMD6	Q7Z4G1	85 aa		0.77	□□□□□ -2.29
CLK1-208	ENST00000464454	DSCR8	Q96T75	97 aa		0.77	□□□□□ -2.29
CLK1-208	ENST00000464454	CYP4F30P	Q9H0H9	118 aa		0.77	□□□□□ -2.29
CLK1-208	ENST00000464454	KTN1	Q86UP2	1357 aa	Known RBP	0.77	□□□□□ -2.29
CLK1-208	ENST00000464454	BLM	P54132	1417 aa	Predicted RBP	0.77	□□□□□ -2.29
CLK1-208	ENST00000464454	NIN	Q8N4C6	2090 aa		0.77	□□□□□ -2.29
CLK1-208	ENST00000464454	AHNAK2	Q8IVF2	5795 aa		0.76	□□□□□ -2.29

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