RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000556288.5

ATXN3-238, Transcript of ataxin 3, human

TSL 1 (best)

Gene ATXN3, Length 901 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATXN3-238	ENST00000556288	HLA-DMB	P28068	263 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	MEOX2	P50222	304 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	EMP1	P54849	157 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	NUTF2	P61970	127 aa	Known RBP	3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	FFAR4	Q5NUL3	377 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	LCE1E	Q5T753	118 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	FAM78B	Q5VT40	261 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	TEX261	Q6UWH6	196 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	LINC00322	Q6ZN03	302 aa	Predicted RBP	3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	BPIFA4P	Q86YQ2	179 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	C9orf62	Q8N4C0	152 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	DCANP1	Q8TF63	244 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	TMEM37	Q8WXS4	190 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	C17orf77	Q96MU5	243 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	GPR82	Q96P67	336 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	PFDN5	Q99471	154 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	ATP5S	Q99766	215 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	OVOL2	Q9BRP0	275 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	SHANK2-AS3	Q9BTD1	123 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	TMEM208	Q9BTX3	173 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	C11orf1	Q9H5F2	150 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	RNF24	Q9Y225	148 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	WDR83OS	Q9Y284	106 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	HSPB11	Q9Y547	144 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	RFNG	Q9Y644	331 aa		3.4	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	KIR2DL5B	A0A0G2JN68	375 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	KIR2DL5B	A0A0G2JPC4	375 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288		A0A0J9YWU9	116 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	PGPEP1L	A6NFU8	196 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	HMSD	A8MTL9	139 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288		H3BRN7	92 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	ISLR	O14498	428 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	HMGB3	O15347	200 aa	Known RBP	3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	OR7C2	O60412	319 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	EIF3G	O75821	320 aa	Known RBP eCLIP	3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	GIP	P09681	153 aa	Predicted RBP	3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	OR10J4	P0C629	311 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	SPP1	P10451	314 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	RPL29	P47914	159 aa	Known RBP	3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	PSMB3	P49720	205 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	PSG9	Q00887	426 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	HIST1H1A	Q02539	215 aa	Predicted RBP	3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	OPCML	Q14982	345 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	PSG3	Q16557	428 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288		Q5BKY6	102 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	GCSAML	Q5JQS6	135 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	GDF5OS	Q5U4N7	250 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	MORN3	Q6PF18	240 aa	Predicted RBP	3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	UNQ5830/PRO19650/PRO19816	Q6UY13	95 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	MIR17HG	Q75NE6	70 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	KIR2DL5A	Q8N109	375 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	HSD17B11	Q8NBQ5	300 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF680	Q8NEM1	530 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	OR2T35	Q8NGX2	323 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	KIR2DL5B	Q8NHK3	375 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	MUC7	Q8TAX7	377 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	NPCDR1	Q9BY65	106 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	WDR61	Q9GZS3	305 aa	Known RBP	3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	MFF	Q9GZY8	342 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	WFDC1	Q9HC57	220 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	RPH3AL	Q9UNE2	315 aa		3.39	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	BORCS7-ASMT	A0A0B4J1R7	106 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	KRBOX1	C9JBD0	128 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288		H3BMM0	161 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288		H3BQ15	152 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	ARPC5	O15511	151 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	DUSP14	O95147	198 aa	Known RBP	3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	PYY	P10082	97 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	PLP1	P60201	277 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	RAN	P62826	216 aa	Known RBP	3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	VWC2	Q2TAL6	325 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	ACOT6	Q3I5F7	207 aa	Predicted RBP	3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	SPATA31B1P	Q5VZV4	182 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	FOXI2	Q6ZQN5	318 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	TRPT1	Q86TN4	253 aa	Known RBP	3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	IQCF2	Q8IXL9	164 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	EIF4E3	Q8N5X7	224 aa	Known RBP	3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	OR10G4	Q8NGN3	311 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	OR10G9	Q8NGN4	311 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	OR10G7	Q8NGN6	311 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	OR10J6P	Q8NGY7	276 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	GATAD1	Q8WUU5	269 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	RPUSD4	Q96CM3	377 aa	Known RBP	3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	PAXX	Q9BUH6	204 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	SLC35B3	Q9H1N7	401 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	OR51M1	Q9H341	326 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	SAV1	Q9H4B6	383 aa	Predicted RBP	3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	KCNIP2	Q9NS61	270 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	ZNF586	Q9NXT0	402 aa		3.38	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	TENM3	Q9P273	2699 aa		3.37	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	TRAV12-2	A0A075B6T6	113 aa		3.37	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	TRAV8-2	A0A0B4J237	113 aa		3.37	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288		A0A0J9YX75	114 aa		3.37	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	C3orf84	H3BNL1	204 aa		3.37	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288		M0R2Z0	102 aa		3.37	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	SCGB1D1	O95968	90 aa		3.37	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	NBEAP1	P0C6P0	100 aa		3.37	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	HIST1H1E	P10412	219 aa	Known RBP	3.37	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	HLA-DRB4	P13762	266 aa		3.37	□□□□□ -1.87
ATXN3-238	ENST00000556288	KRTAP5-9	P26371	169 aa		3.37	□□□□□ -1.87

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 56.8 ms