RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488905.1

HDAC6-231, Transcript of histone deacetylase 6, human

TSL 4

Gene HDAC6, Length 492 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
HDAC6-231	ENST00000488905	CCDC190	Q86UF4	302 aa		12.91	□□□□□ -0.34
HDAC6-231	ENST00000488905	PPP1R14D	Q9NXH3	145 aa		12.91	□□□□□ -0.34
HDAC6-231	ENST00000488905	TNP2	Q05952	138 aa		12.9	□□□□□ -0.34
HDAC6-231	ENST00000488905	TMEM14EP	Q6UXP3	125 aa		12.9	□□□□□ -0.34
HDAC6-231	ENST00000488905	LRRC20	Q8TCA0	184 aa		12.9	□□□□□ -0.34
HDAC6-231	ENST00000488905	SMIM8	Q96KF7	97 aa		12.9	□□□□□ -0.34
HDAC6-231	ENST00000488905	ARL6	Q9H0F7	186 aa		12.9	□□□□□ -0.34
HDAC6-231	ENST00000488905	CBY3	A6NI87	242 aa		12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	FNDC10	F2Z333	226 aa		12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905		K7EPK0	472 aa		12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	MRPS12	O15235	138 aa	Known RBP	12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	METTL15P1	P0C7V9	234 aa		12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	PRB4	P10163	310 aa	Predicted RBP	12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	HTN1	P15515	57 aa		12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	CXCL2	P19875	107 aa		12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	CDKN1B	P46527	198 aa		12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	CCL18	P55774	89 aa		12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	SLC38A11	Q08AI6	406 aa		12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	C6orf223	Q8N319	242 aa		12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	RNF141	Q8WVD5	230 aa		12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	RPUSD4	Q96CM3	377 aa	Known RBP	12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	ARV1	Q9H2C2	271 aa		12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	NPVF	Q9HCQ7	196 aa		12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	MGAT4C	Q9UBM8	478 aa		12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	RNF24	Q9Y225	148 aa		12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	TIMM8B	Q9Y5J9	83 aa	Predicted RBP	12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	DNAH5	Q8TE73	4624 aa		12.89	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	C16orf90	A8MZG2	172 aa		12.88	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	NDUFB6	O95139	128 aa		12.88	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	TEPP	Q6URK8	271 aa		12.88	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	LCN15	Q6UWW0	184 aa		12.88	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	PATE2	Q6UY27	113 aa		12.88	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	RNASE8	Q8TDE3	154 aa	Known RBP	12.88	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	TMEM263	Q8WUH6	116 aa	Known RBP	12.88	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	KRTAP4-5	Q9BYR2	181 aa		12.88	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	SRR	Q9GZT4	340 aa		12.88	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	LINC00588	Q9Y4M8	146 aa		12.88	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	SCGB1D2	O95969	90 aa		12.87	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	OR4E1	P0C645	316 aa		12.87	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	ZNF493	Q6ZR52	646 aa		12.87	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	ZNF546	Q86UE3	836 aa		12.87	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	OR10P1	Q8NGE3	313 aa		12.87	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	ZNF331	Q9NQX6	463 aa	Predicted RBP	12.87	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	FLVCR2	Q9UPI3	526 aa		12.87	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	NAP1L6	A6NFF2	107 aa		12.86	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	CCDC160	A6NGH7	325 aa		12.86	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905		H7BYZ3	331 aa		12.86	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	ANXA7	P20073	488 aa	Known RBP	12.86	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	INPP1	P49441	399 aa		12.86	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	SPANXN2	Q5MJ10	180 aa		12.86	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	PXDC1	Q5TGL8	231 aa		12.86	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	TRIQK	Q629K1	86 aa		12.86	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	LINC00305	Q7Z4B0	112 aa		12.86	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	SLC50A1	Q9BRV3	221 aa		12.86	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	NOP10	Q9NPE3	64 aa	Known RBP	12.86	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	RCL1	Q9Y2P8	373 aa	Known RBP	12.86	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	TSC22D2	O75157	780 aa		12.85	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	TAS2R30	P59541	319 aa		12.85	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	CLINT1	Q14677	625 aa		12.85	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	IAH1	Q2TAA2	248 aa	Predicted RBP	12.85	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	C20orf144	Q9BQM9	153 aa		12.85	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	GOSR2	O14653	212 aa		12.84	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	CDK2AP2	O75956	126 aa		12.84	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	KIR3DS1	Q14943	382 aa		12.84	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	C4orf46	Q504U0	113 aa		12.84	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	SSX7	Q7RTT5	188 aa		12.84	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	BPIFA4P	Q86YQ2	179 aa		12.84	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	OR10J6P	Q8NGY7	276 aa		12.84	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	PARD6G	Q9BYG4	376 aa	Predicted RBP	12.84	□□□□□ -0.35
HDAC6-231	ENST00000488905	SLC17A3	O00476	420 aa		12.83	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	AGPAT2	O15120	278 aa		12.83	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	COX7A2P2	O60397	106 aa		12.83	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	SNRPC	P09234	159 aa	Known RBP	12.83	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	ARL16	Q0P5N6	197 aa		12.83	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	BAK1	Q16611	211 aa		12.83	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	GFI1B	Q5VTD9	330 aa		12.83	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	ZBTB8B	Q8NAP8	495 aa	Predicted RBP	12.83	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	BTC	P35070	178 aa		12.82	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	LINC00612	Q8N6U2	182 aa		12.82	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	MGST2	Q99735	147 aa		12.82	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	GGACT	Q9BVM4	153 aa		12.82	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	TRAV26-1	A0A087WT03	109 aa		12.81	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	PRAC2	D3DTV9	90 aa		12.81	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905		H3BTX0	84 aa		12.81	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	IGLC2	P0DOY2	106 aa		12.81	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	OR5I1	Q13606	314 aa		12.81	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	OPCML	Q14982	345 aa		12.81	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	MORN5	Q5VZ52	161 aa		12.81	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	TMEM37	Q8WXS4	190 aa		12.81	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	GNPNAT1	Q96EK6	184 aa	Predicted RBP	12.81	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	RBM38	Q9H0Z9	239 aa	Known RBP	12.81	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	GSKIP	Q9P0R6	139 aa		12.81	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	PXMP4	Q9Y6I8	212 aa		12.81	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	LINC00854	A0A1B0GVQ3	168 aa		12.8	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	C7orf66	A4D0T2	115 aa		12.8	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	MBP	P02686	304 aa	Predicted RBP	12.8	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	M6PR	P20645	277 aa		12.8	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	TTC32	Q5I0X7	151 aa		12.8	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	C10orf113	Q5VZT2	155 aa		12.8	□□□□□ -0.36
HDAC6-231	ENST00000488905	CCDC28A	Q8IWP9	274 aa		12.8	□□□□□ -0.36

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