RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000409025.5

USP39-202, Transcript of ubiquitin specific peptidase 39, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene USP39, Length 1,946 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39-202ENST00000409025 FABP9Q0Z7S8 132 aa14.64□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 WFDC11Q8NEX6 87 aa14.64□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 MLST8Q9BVC4 326 aa14.64□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 CSPG4Q6UVK1 2322 aa14.64□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 A0A0G2JLM5 398 aa14.64□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 TRBV6-1A0A0K0K1D8 114 aa14.64□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 GATCO43716 136 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 NDUFA6P56556 154 aa14.64□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 PRR27Q6MZM9 219 aa14.64□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 Q86TA4 180 aa14.64□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 TMEM75Q8N9X5 138 aa14.64□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 KLK15Q9H2R5 256 aa14.64□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 SMAD5-AS1Q9Y6J3 95 aa14.64□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 RBM14-RBM4A0A0A0MSL8 147 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 ZNF253O75346 499 aa14.63□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 CSN1S1P47710 185 aa14.63□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 NUDT10Q8NFP7 164 aa14.63□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 NUDT11Q96G61 164 aa14.63□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 ABCA12Q86UK0 2595 aa14.63□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 TRAV8-1A0A0A6YYK1 113 aa14.62□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 DIRC3C9JPN6 131 aa14.62□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 IGLV2-11P01706 119 aa14.62□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 AKR1D1P51857 326 aa14.62□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 ACTL10Q5JWF8 245 aa14.62□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 C1orf194Q5T5A4 169 aa14.62□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 PRNTQ86SH4 94 aa14.62□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 CENPEQ02224 2701 aa14.62□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 ZNF785A8K8V0 405 aa14.62□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 RPL19P84098 196 aaKnown RBP14.62□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 TMEM95Q3KNT9 176 aa14.62□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 SMUG1Q53HV7 270 aa14.62□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 TMEM183AQ8IXX5 376 aa14.62□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 TENM4Q6N022 2769 aa14.62□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 CELSR1Q9NYQ6 3014 aa14.61□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 SMIM27A0A1W2PRY6 76 aa14.61□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 M0R3E3 92 aa14.61□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 IGHV3-11P01762 117 aa14.61□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 ARL6IP6Q8N6S5 226 aa14.61□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 OR4X2Q8NGF9 303 aa14.61□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 GRAMD2BQ96HH9 432 aa14.61□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 PRDM13Q9H4Q3 707 aa14.61□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 MAP1AP78559 2803 aaPredicted RBP14.61□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 A0A087X0K7 114 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 SERTM2A0A1B0GWG4 89 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 NDUFA4O00483 81 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 HOXA3O43365 443 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 TRBV12-3P01733 135 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 PSG3Q16557 428 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 TEX29Q8N6K0 151 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 PRSS22Q9GZN4 317 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 ZNF492Q9P255 531 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 TRAPPC1Q9Y5R8 145 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 SMAD7O15105 426 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 ZNF207O43670 478 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 CIARTQ8N365 385 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 PSG8Q9UQ74 426 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 ZFP30Q9Y2G7 519 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 U3KQE9 123 aa14.6□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 IGHV3-66A0A0C4DH42 116 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 IGHG4P01861 327 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 TCL1AP56279 114 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 LCNL1Q6ZST4 164 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 ZFHX3Q15911 3703 aa14.59□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 HELZ2Q9BYK8 2649 aaKnown RBP14.59□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 TMEM89A2RUT3 159 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 APOHP02749 345 aaPredicted RBP14.58□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 HOXA5P20719 270 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 DAZAP1Q96EP5 407 aaKnown RBP14.58□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 NPFFR1Q9GZQ6 430 aa14.58□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 ZNF331Q9NQX6 463 aaPredicted RBP14.58□□□□□ -0.07
USP39-202ENST00000409025 IGHV3OR16-13A0A075B7E8 117 aa14.58□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 IGHV3-74A0A0B4J1X5 117 aa14.58□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 CA1P00915 261 aaPredicted RBP14.58□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 FAM209BQ5JX69 171 aa14.58□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 APCP25054 2843 aa14.58□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 IGHV3-49A0A0A0MS15 119 aa14.57□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 C19orf71A6NCJ1 209 aa14.57□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 PSMB8P28062 276 aa14.57□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 IZUMO1RA6ND01 250 aa14.56□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 P01737 135 aa14.56□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 MEOX2P50222 304 aa14.56□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 UNQ5830/PRO19650/PRO19816Q6UY13 95 aa14.56□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 LINC00322Q6ZN03 302 aaPredicted RBP14.56□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 SLC50A1Q9BRV3 221 aa14.56□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 RPP21Q9H633 154 aaKnown RBP14.56□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 CHEK1O14757 476 aa14.56□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 GBGT1Q8N5D6 347 aa14.56□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 TSKUQ8WUA8 353 aa14.56□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 FOXC2Q99958 501 aa14.56□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 FBLL1A6NHQ2 334 aaKnown RBP14.55□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 SPINK4O60575 86 aa14.55□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 PRB4P10163 310 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 CDX1P47902 265 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 SLC35B1P78383 322 aa14.55□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 COX19Q49B96 90 aa14.55□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 CT83Q5H943 113 aa14.55□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 C16orf54Q6UWD8 224 aa14.55□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 UNQ9165/PRO28630Q6UXU0 137 aa14.55□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 ZNF702PQ9H963 129 aa14.55□□□□□ -0.08
USP39-202ENST00000409025 PEF1Q9UBV8 284 aaKnown RBP14.55□□□□□ -0.08
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 44.7 ms