RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555995.1

CCDC88C-210, Transcript of coiled-coil domain containing 88C, humanhuman

TSL 3

Gene CCDC88C, Length 689 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88C-210ENST00000555995 AKAP11Q9UKA4 1901 aa25.29■■□□□ 1.64
CCDC88C-210ENST00000555995 FOXN1O15353 648 aa25.28■■□□□ 1.64
CCDC88C-210ENST00000555995 PRKG1Q13976 671 aa25.28■■□□□ 1.64
CCDC88C-210ENST00000555995 LDLRAD1Q5T700 205 aa25.28■■□□□ 1.64
CCDC88C-210ENST00000555995 NBPF12Q5TAG4 269 aaPredicted RBP25.28■■□□□ 1.64
CCDC88C-210ENST00000555995 MOB2Q70IA6 237 aa25.28■■□□□ 1.64
CCDC88C-210ENST00000555995 CLASRPQ8N2M8 674 aaKnown RBP25.28■■□□□ 1.64
CCDC88C-210ENST00000555995 RHPN1Q8TCX5 695 aa25.28■■□□□ 1.64
CCDC88C-210ENST00000555995 EAF2Q96CJ1 260 aaPredicted RBP25.27■■□□□ 1.64
CCDC88C-210ENST00000555995 DBNLQ9UJU6 430 aaKnown RBP25.27■■□□□ 1.64
CCDC88C-210ENST00000555995 MAP4K4O95819 1239 aaPredicted RBP25.26■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 AACSQ86V21 672 aa25.26■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 TEPSINQ96N21 525 aa25.26■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 TMEM39BQ9GZU3 492 aa25.26■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 PRDM10Q9NQV6 1147 aa25.26■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 LRP2BPQ9P2M1 347 aa25.26■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 MROH7-TTC4A0A0A0MT08 1334 aa25.26■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 CACNB3P54284 484 aa25.25■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 CDC42EP5Q6NZY7 148 aa25.25■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 SIRT2Q8IXJ6 389 aa25.25■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 ANKRD13AQ8IZ07 590 aa25.25■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 FAM151AQ8WW52 585 aa25.25■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 CCDC8Q9H0W5 538 aaPredicted RBP25.25■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 RAI14Q9P0K7 980 aa25.25■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 OTOFQ9HC10 1997 aa25.25■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 AK9Q5TCS8 1911 aa25.24■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 LAMB1P07942 1786 aa25.24■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 KIF23Q02241 960 aaPredicted RBP25.24■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 MECOMQ03112 1051 aa25.24■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 DCAF15Q66K64 600 aa25.24■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 PI16Q6UXB8 463 aa25.24■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 NOL10Q9BSC4 688 aaKnown RBP25.24■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 USP40Q9NVE5 1235 aa25.24■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 SAGE1Q9NXZ1 904 aa25.24■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 TMED8Q6PL24 325 aaPredicted RBP25.23■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 SLC10A4Q96EP9 437 aa25.23■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 DOCK2Q92608 1830 aa25.22■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 IFIT2P09913 472 aaKnown RBP25.22■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 ZBTB48P10074 688 aaPredicted RBP25.22■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 BTDP43251 543 aa25.22■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 SREBF2Q12772 1141 aa25.22■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 NSUN4Q96CB9 384 aaKnown RBP25.22■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 IDI2Q9BXS1 227 aa25.22■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 IL1RAPL2Q9NP60 686 aa25.22■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 TLR7Q9NYK1 1049 aaKnown RBP25.22■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 ENTPD3O75355 529 aa25.21■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 USP2O75604 605 aaPredicted RBP25.21■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 HSPA8P11142 646 aaKnown RBP25.21■■□□□ 1.63
CCDC88C-210ENST00000555995 GPR75-ASB3A0A0A6YYF3 556 aa25.2■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 TBC1D9Q6ZT07 1266 aa25.2■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 SNRKQ9NRH2 765 aa25.2■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 CSADQ9Y600 493 aa25.2■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 RFX7Q2KHR2 1363 aa25.19■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 APBB1O00213 710 aa25.19■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 SPRYD7Q5W111 196 aa25.19■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 NAA16Q6N069 864 aaPredicted RBP25.19■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 ZIC5Q96T25 663 aa25.19■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 LRRCC1Q9C099 1032 aa25.19■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 BAG3O95817 575 aa25.18■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 CYP2E1P05181 493 aaPredicted RBP25.18■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 PLCG2P16885 1265 aa25.18■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 ZAP70P43403 619 aa25.18■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 LBX1P52954 281 aa25.18■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 CERS3Q8IU89 383 aa25.18■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 PPIL4Q8WUA2 492 aaKnown RBP eCLIP25.18■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 CSRNP1Q96S65 589 aa25.18■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 MANSC4A6NHS7 340 aaPredicted RBP25.17■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 NPM3O75607 178 aaKnown RBP25.17■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 INHBEP58166 350 aa25.17■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 MAP3K9P80192 1104 aa25.17■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 AAMPQ13685 434 aa25.17■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 TTF1Q15361 905 aaPredicted RBP25.17■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 DDX55Q8NHQ9 600 aaKnown RBP eCLIP25.17■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 ZNF341Q9BYN7 854 aa25.17■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 FZD1Q9UP38 647 aa25.17■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 MYO5AQ9Y4I1 1855 aaKnown RBP25.17■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 RGS3P49796 1198 aa25.16■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 TCP10Q12799 353 aa25.16■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 NFIAQ12857 509 aa25.16■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 CDAN1Q8IWY9 1227 aa25.16■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 WNK4Q96J92 1243 aa25.16■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 FAM198AQ9UFP1 575 aa25.16■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 COL2A1P02458 1487 aaPredicted RBP25.15■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 COL13A1Q5TAT6 717 aaPredicted RBP25.15■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 ZNF384Q8TF68 577 aa25.15■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 CLMNQ96JQ2 1002 aa25.15■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 WDHD1O75717 1129 aaPredicted RBP25.14■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 TM4SF4P48230 202 aa25.14■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 MAP3K12Q12852 859 aa25.14■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 WRNIP1Q96S55 665 aa25.14■■□□□ 1.62
CCDC88C-210ENST00000555995 IDH1O75874 414 aaKnown RBP25.13■■□□□ 1.61
CCDC88C-210ENST00000555995 ALDH1A1P00352 501 aa25.13■■□□□ 1.61
CCDC88C-210ENST00000555995 RHBDL3P58872 404 aa25.13■■□□□ 1.61
CCDC88C-210ENST00000555995 ZSCAN29Q8IWY8 852 aaPredicted RBP25.13■■□□□ 1.61
CCDC88C-210ENST00000555995 DCTPP1Q9H773 170 aa25.13■■□□□ 1.61
CCDC88C-210ENST00000555995 FOCADQ5VW36 1801 aa25.12■■□□□ 1.61
CCDC88C-210ENST00000555995 VGLL4Q14135 290 aa25.12■■□□□ 1.61
CCDC88C-210ENST00000555995 PPP1R3FQ6ZSY5 799 aaPredicted RBP25.12■■□□□ 1.61
CCDC88C-210ENST00000555995 ELP3Q9H9T3 547 aa25.12■■□□□ 1.61
CCDC88C-210ENST00000555995 PIH1D3Q9NQM4 214 aaKnown RBP25.12■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.9 ms