RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464168.5

USP4-208, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 4

Gene USP4, Length 601 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-208	ENST00000464168	ZCCHC17	Q9NP64	241 aa	Known RBP	28.27	■■■□□ 2.12
USP4-208	ENST00000464168	TLR2	O60603	784 aa		28.26	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	FAM151A	Q8WW52	585 aa		28.26	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	ZNF341	Q9BYN7	854 aa		28.26	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	SMC4	Q9NTJ3	1288 aa		28.26	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	DAGLA	Q9Y4D2	1042 aa		28.26	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	PTCH2	Q9Y6C5	1203 aa		28.26	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	CDC42EP5	Q6NZY7	148 aa		28.25	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	SIL1	Q9H173	461 aa		28.25	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	WDHD1	O75717	1129 aa	Predicted RBP	28.24	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	INPP5B	P32019	993 aa		28.24	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	DIXDC1	Q155Q3	683 aa		28.24	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	FBXO3	Q9UK99	471 aa		28.24	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	CIAO1	O76071	339 aa		28.23	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	UBTFL1	P0CB47	393 aa	Predicted RBP	28.23	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	PRDX5	P30044	214 aa		28.23	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	PPAT	Q06203	517 aa		28.23	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	ATP2B3	Q16720	1220 aa		28.23	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	SLC9C1	Q4G0N8	1177 aa		28.23	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	TRMT2A	Q8IZ69	625 aa	Known RBP	28.23	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	ARHGAP39	Q9C0H5	1083 aa		28.23	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	CEP126	Q9P2H0	1117 aa		28.23	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	ZNF112	Q9UJU3	913 aa		28.23	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	LACTB	P83111	547 aa	Predicted RBP	28.22	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	TCP10	Q12799	353 aa		28.22	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	NFIA	Q12857	509 aa		28.22	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	NBPF11	Q86T75	865 aa		28.22	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	TMEM106C	Q9BVX2	250 aa		28.22	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	RBBP6	Q7Z6E9	1792 aa	Known RBP	28.21	■■■□□ 2.11
USP4-208	ENST00000464168	LDHB	P07195	334 aa	Known RBP	28.2	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	28.2	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	GCC1	Q96CN9	775 aa		28.2	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	GNL3L	Q9NVN8	582 aa	Known RBP	28.2	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	FAM198A	Q9UFP1	575 aa		28.2	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	NOB1	Q9ULX3	412 aa	Known RBP	28.2	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	KIF22	Q14807	665 aa		28.19	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	USP40	Q9NVE5	1235 aa		28.19	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	SALL1	Q9NSC2	1324 aa		28.18	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	PHKA1	P46020	1223 aa		28.18	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	C17orf99	Q6UX52	265 aa		28.18	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	KCNH4	Q9UQ05	1017 aa		28.18	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	PA2G4	Q9UQ80	394 aa	Known RBP	28.18	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	IL15	P40933	162 aa	Predicted RBP	28.17	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	ANKRD23	Q86SG2	305 aa		28.17	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	ZFPM1	Q8IX07	1006 aa		28.17	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	DENND2A	Q9ULE3	1009 aa		28.17	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	LRRFIP2	Q9Y608	721 aa	Known RBP	28.17	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	SEMA3E	O15041	775 aa		28.16	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	GNRH1	P01148	92 aa		28.16	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	PDHX	O00330	501 aa		28.15	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	CT47B1	P0C2W7	299 aa	Predicted RBP	28.15	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	MOGS	Q13724	837 aa		28.15	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	SLC4A8	Q2Y0W8	1093 aa		28.15	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	NOL9	Q5SY16	702 aa	Known RBP	28.15	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	SH3TC2	Q8TF17	1288 aa		28.15	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	CPA4	Q9UI42	421 aa		28.15	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	MYH13	Q9UKX3	1938 aa		28.14	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	ZBTB22	O15209	634 aa		28.14	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	MYC	P01106	439 aa	Predicted RBP	28.14	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	CTGF	P29279	349 aa		28.14	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	ADORA1	P30542	326 aa		28.14	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	API5	Q9BZZ5	524 aa	Known RBP	28.14	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	COPRS	Q9NQ92	184 aa		28.14	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	HDAC5	Q9UQL6	1122 aa		28.14	■■■□□ 2.1
USP4-208	ENST00000464168	CEP290	O15078	2479 aa		28.13	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	PRMT2	P55345	433 aa		28.13	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	HABP4	Q5JVS0	413 aa	Known RBP	28.13	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	CCDC102B	Q68D86	513 aa		28.13	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	ADGRA2	Q96PE1	1338 aa		28.13	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	ZSWIM8	A7E2V4	1837 aa		28.13	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	ECM2	O94769	699 aa	Predicted RBP	28.12	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	MEIS3	Q99687	375 aa		28.12	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	PHF20L1	A8MW92	1017 aa		28.11	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	PSMC4	P43686	418 aa		28.11	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	TIMM10	P62072	90 aa		28.11	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	TRIM47	Q96LD4	638 aa		28.11	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	IDI2	Q9BXS1	227 aa		28.11	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	ATRNL1	Q5VV63	1379 aa		28.11	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	RGS3	P49796	1198 aa		28.1	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	GAK	O14976	1311 aa		28.1	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	CXCL11	O14625	94 aa		28.09	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	ENTPD3	O75355	529 aa		28.09	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	RASGRF1	Q13972	1273 aa		28.09	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	GPAT2	Q6NUI2	795 aa		28.09	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	SH3BP5L	Q7L8J4	393 aa		28.09	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	ZGPAT	Q8N5A5	531 aa	Known RBP	28.09	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	SRRD	Q9UH36	339 aa		28.09	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	AK9	Q5TCS8	1911 aa		28.08	■■■□□ 2.09
USP4-208	ENST00000464168	OSBP	P22059	807 aa		28.07	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	RARS	P54136	660 aa	Known RBP	28.07	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	MAP3K10	Q02779	954 aa		28.07	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	FAM163A	Q96GL9	167 aa	Predicted RBP	28.07	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	PDS5A	Q29RF7	1337 aa	Known RBP	28.07	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	FMNL1	O95466	1100 aa	Predicted RBP	28.06	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	DZIP1	Q86YF9	867 aa	Known RBP	28.06	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	SCYL3	Q8IZE3	742 aa		28.06	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	ABCF2	Q9UG63	623 aa		28.06	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	ZHX2	Q9Y6X8	837 aa		28.06	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	RFX7	Q2KHR2	1363 aa		28.06	■■■□□ 2.08
USP4-208	ENST00000464168	PTPRA	P18433	802 aa		28.05	■■■□□ 2.08

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