RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520	HBG1	P69891	147 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	HBG2	P69892	147 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	DEFA5	Q01523	94 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	REL	Q04864	619 aa	Predicted RBP	6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	RAB31	Q13636	194 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	FHL3	Q13643	280 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	KIAA0141	Q14154	515 aa	Predicted RBP	6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	ATP6V1F	Q16864	119 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	BSX	Q3C1V8	233 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZNX1	250 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	INO80E	Q8NBZ0	244 aa	Predicted RBP	6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	MYOZ3	Q8TDC0	251 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	BSCL2	Q96G97	398 aa	Predicted RBP	6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	ACY3	Q96HD9	319 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	ELOVL1	Q9BW60	279 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP17-1	Q9BYP8	105 aa		6.66	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	hCG_2014768	A0A024R1R8	64 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	ZNF320	A2RRD8	509 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	MFSD2B	A6NFX1	497 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	FAM24A	A6NFZ4	105 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	ZFP92	A6NM28	416 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520		K7EIM0	57 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	TGOLN2	O43493	480 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	SAP30	O75446	220 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	YIF1A	O95070	293 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	OR2C1	O95371	312 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	TMEM50A	O95807	157 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	IGHV3-48	P01763	117 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	GP9	P14770	177 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	GPR183	P32249	361 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	SULT1A1	P50225	295 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	INSL3	P51460	131 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	MFAP2	P55001	183 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	PAX9	P55771	341 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP10-2	P60368	255 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	AKR1C1	Q04828	323 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	IL15RA	Q13261	267 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	PRSS54	Q6PEW0	395 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	LILRB2	Q8N423	598 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	OR11H7	Q8NGC8	314 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	OR4X1	Q8NH49	305 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	ZNF502	Q8TBZ5	544 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520		Q8WTZ3	238 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	NPIPB3	Q92617	1050 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	NPVF	Q9HCQ7	196 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	LYRM2	Q9NU23	88 aa	Predicted RBP	6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	PEMT	Q9UBM1	199 aa		6.65	□□□□□ -1.34
USP4-213	ENST00000488520	IGHV4OR15-8	A0A075B7B6	117 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520		A0A087WW49	117 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	C15orf62	A8K5M9	175 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	PPP5D1	E7EU14	171 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	OVOL1	O14753	267 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	CLN5	O75503	358 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	CCNK	O75909	580 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	CST7	O76096	145 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	RPL12	P30050	165 aa	Known RBP	6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	OR10J1	P30954	320 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	S100A7	P31151	101 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	FCGR2B	P31994	310 aa	Predicted RBP	6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	RND2	P52198	227 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	PVRIG	Q6DKI7	326 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	TMEM14EP	Q6UXP3	125 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	SLC16A13	Q7RTY0	426 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	ZNF546	Q86UE3	836 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	GPHB5	Q86YW7	130 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	TMEM217	Q8N7C4	229 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	NUDT10	Q8NFP7	164 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	OR1S2	Q8NGQ3	325 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	OR2T35	Q8NGX2	323 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	NUDT11	Q96G61	164 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	OR4C12	Q96R67	309 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	GGACT	Q9BVM4	153 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	DMRT1	Q9Y5R6	373 aa		6.64	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	IFNA5	P01569	189 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	RD3L	P0DJH9	198 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	AP2S1	P53680	142 aa	Predicted RBP	6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	SYNJ2BP	P57105	145 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	DLK1	P80370	383 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	BAX	Q07812	192 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	SLC38A11	Q08AI6	406 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	GAMT	Q14353	236 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	ZNF600	Q6ZNG1	722 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	S100A7A	Q86SG5	101 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	HAPLN4	Q86UW8	402 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	TMEM252	Q8N6L7	170 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	STPG3	Q8N7X2	389 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	TMEM116	Q8NCL8	245 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	SCGB1C1	Q8TD33	95 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	DLX4	Q92988	240 aa	Predicted RBP	6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	NARS2	Q96I59	477 aa	Known RBP	6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	TM2D3	Q9BRN9	247 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	GINS3	Q9BRX5	216 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	C20orf24	Q9BUV8	137 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	RNF126	Q9BV68	326 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	FNDC4	Q9H6D8	234 aa	Predicted RBP	6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	EDA2R	Q9HAV5	297 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	OR5AC2	Q9NZP5	309 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	UFC1	Q9Y3C8	167 aa		6.63	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	FXYD6-FXYD2	A0A087WZ82	144 aa		6.62	□□□□□ -1.35
USP4-213	ENST00000488520	IGHV3-35	A0A0C4DH35	117 aa		6.62	□□□□□ -1.35

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 283.4 ms