RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	OR10J1	P30954	320 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	CA7	P43166	264 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	PPOX	P50336	477 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	PDLIM4	P50479	330 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	PRRX1	P54821	245 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	BPIFB3	P59826	476 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	SELENOT	P62341	195 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	GAMT	Q14353	236 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	PRR30	Q53SZ7	412 aa	Predicted RBP	5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	FAM78B	Q5VT40	261 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	SPATA31B1P	Q5VZV4	182 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	ETFRF1	Q6IPR1	90 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	LYPD2	Q6UXB3	125 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM183A	Q8IXX5	376 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF114	Q8NC26	417 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	ST6GALNAC3	Q8NDV1	305 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	BEND2	Q8NDZ0	799 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	OR4P4	Q8NGL7	312 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	OR10G8	Q8NGN5	311 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	OR1L4	Q8NGR5	311 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	C8orf46	Q8TAG6	207 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	SFRP2	Q96HF1	295 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	PFDN5	Q99471	154 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	SCNM1	Q9BWG6	230 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM133	Q9H2Q1	129 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF430	Q9H8G1	570 aa	Predicted RBP	5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	SEPSECS	Q9HD40	501 aa	Known RBP	5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	SH3BGRL2	Q9UJC5	107 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	AMMECR1	Q9Y4X0	333 aa	Predicted RBP	5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	YTHDF2	Q9Y5A9	579 aa	Known RBP	5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	DMRT1	Q9Y5R6	373 aa		5.07	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1W2PPQ1	181 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	CORT	O00230	105 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV2-70	P01814	119 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	SOD3	P08294	240 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	OR10J4	P0C629	311 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	COMP	P49747	757 aa	Predicted RBP	5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	RPL19	P84098	196 aa	Known RBP	5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	PSG5	Q15238	335 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	COX19	Q49B96	90 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	TEX38	Q6PEX7	206 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	MIR17HG	Q75NE6	70 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	MMD2	Q8IY49	270 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	NECAP1	Q8NC96	275 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	OR1P1	Q8NH06	330 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	EAF1	Q96JC9	268 aa	Predicted RBP	5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	RNF5	Q99942	180 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	SRSF8	Q9BRL6	282 aa	Known RBP	5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	ELOVL1	Q9BW60	279 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	GSN-AS1	Q9NRJ2	163 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	IL36B	Q9NZH7	164 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	ZNRD1	Q9P1U0	126 aa		5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	RALY	Q9UKM9	306 aa	Known RBP	5.06	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	INTS1	Q8N201	2190 aa	Known RBP	5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	CACNA1H	O95180	2353 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	TRBV20OR9-2	A0A075B6H5	130 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	IGKV1OR2-108	A0A075B7D4	117 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	TRBV9	A0A0B4J1U6	114 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	IGHV2-26	A0A0B4J1V2	119 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	TCRBV4S1A1T	A0A5B7	111 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	PSMB11	A5LHX3	300 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	CGB1	A6NKQ9	187 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	IGLV1-47	P01700	117 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	CRYGC	P07315	174 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	CRYGB	P07316	175 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	PLA2G5	P39877	138 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	RPL27A	P46776	148 aa	Known RBP	5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	TAS2R60	P59551	318 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	YPEL3	P61236	119 aa	Predicted RBP	5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	RPL15	P61313	204 aa	Known RBP	5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	WT1-AS	Q06250	92 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	KLRB1	Q12918	225 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF672	Q499Z4	452 aa	Predicted RBP	5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	PYY3	Q5JQD4	70 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	ZCCHC24	Q8N2G6	241 aa	Known RBP	5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	C11orf42	Q8N5U0	333 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	STXBP6	Q8NFX7	210 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	OR8B3	Q8NGG8	313 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	OR10D4P	Q8NGN7	298 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	OR5R1	Q8NH85	324 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	C22orf15	Q8WYQ4	148 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	OR8B2	Q96RD0	313 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	TRGV9	Q99603	122 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	SLC25A33	Q9BSK2	321 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	CLEC7A	Q9BXN2	247 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	GPR61	Q9BZJ8	451 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	DNAJC4	Q9NNZ3	241 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	OSTC	Q9NRP0	149 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	MIOX	Q9UGB7	285 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	VCAN	P13611	3396 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472		A0A0C4DFX4	3053 aa		5.05	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	RAI1	Q7Z5J4	1906 aa	Predicted RBP	5.04	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472		A0A0U1RQK1	487 aa		5.04	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1W2PPI3	338 aa		5.04	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF320	A2RRD8	509 aa		5.04	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	XKRY2	A2RUG3	117 aa		5.04	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	COX7A2P2	O60397	106 aa		5.04	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	OR7C2	O60412	319 aa		5.04	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	FOXH1	O75593	365 aa		5.04	□□□□□ -1.6
CLN3-223	ENST00000566472	ACTL6B	O94805	426 aa		5.04	□□□□□ -1.6

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