RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000416417.5

USP4-204, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 2 BASIC

Gene USP4, Length 1,536 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-204ENST00000416417 FKBP1BP68106 108 aa14.66□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 PTPN12Q05209 780 aaKnown RBP14.66□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 ZNF521Q96K83 1311 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 ALDH1L1O75891 902 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 DLGAP5Q15398 846 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 C15orf52Q6ZUT6 534 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 ZNF804AQ7Z570 1209 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 SAGE1Q9NXZ1 904 aa14.65□□□□□ -0.06
USP4-204ENST00000416417 CACNA1FO60840 1977 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 TBC1D8O95759 1140 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 IL1R1P14778 569 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 GYG1P46976 350 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 CFAP100Q494V2 611 aa14.64□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 MRPL50Q8N5N7 158 aaKnown RBP14.64□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 NF2P35240 595 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 APOBEC3FQ8IUX4 373 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 PRMT6Q96LA8 375 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 DEFB129Q9H1M3 183 aa14.63□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 BICC1Q9H694 974 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 ANGEL1Q9UNK9 670 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 RBM5P52756 815 aaKnown RBP eCLIP14.62□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 VEZTQ9HBM0 779 aa14.62□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 IQSEC3Q9UPP2 1182 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 LRRC24Q50LG9 513 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 ARMC9Q7Z3E5 817 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 KLHDC4Q8TBB5 520 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 SPDYE2BA6NHP3 402 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 SPDYE6P0CI01 402 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 GRIK5Q16478 980 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 ANKRD44Q8N8A2 993 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 SSH1Q8WYL5 1049 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 CDCA7LQ96GN5 454 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 CLMNQ96JQ2 1002 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 R3HDMLQ9H3Y0 253 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 SSC5DA1L4H1 1573 aa14.61□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 AKAP11Q9UKA4 1901 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 HIBADHP31937 336 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 SOX10P56693 466 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 MLLT1Q03111 559 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 NBPF12Q5TAG4 269 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 TDRD7Q8NHU6 1098 aaKnown RBP14.6□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 FAM84BQ96KN1 310 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 RIPOR2Q9Y4F9 1068 aa14.6□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 MMP14P50281 582 aa14.59□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 CHAF1AQ13111 956 aaPredicted RBP14.59□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 UBE4AQ14139 1066 aa14.59□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 MFSD14BQ5SR56 506 aa14.59□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 LDLRAD1Q5T700 205 aa14.59□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 MTMR14Q8NCE2 650 aa14.59□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 ZNF296Q8WUU4 475 aaPredicted RBP14.59□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 UTYO14607 1347 aa14.59□□□□□ -0.07
USP4-204ENST00000416417 TM4SF4P48230 202 aa14.58□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 RGS19P49795 217 aa14.58□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 METTL24Q5JXM2 366 aa14.58□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 SPRYD7Q5W111 196 aa14.58□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 CTU1Q7Z7A3 348 aaKnown RBP14.58□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 CDAN1Q8IWY9 1227 aa14.58□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 REM2Q8IYK8 340 aaPredicted RBP14.58□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 TDRD3Q9H7E2 651 aaKnown RBP14.58□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 TTF2Q9UNY4 1162 aaKnown RBP14.58□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 FAM205AQ6ZU69 1335 aa14.58□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 MYO1BO43795 1136 aa14.57□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 FKBP1AP62942 108 aaKnown RBP14.57□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 SLFN5Q08AF3 891 aa14.57□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 RASA3Q14644 834 aa14.57□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 RABL6Q3YEC7 729 aaPredicted RBP14.57□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 SLC10A4Q96EP9 437 aa14.57□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 E9PSI1 815 aa14.56□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 USP44Q9H0E7 712 aa14.56□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 ZNF70Q9UC06 446 aaPredicted RBP14.56□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 MROH5Q6ZUA9 1318 aa14.56□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 TCP10L2B9ZVM9 353 aa14.56□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 GPR25O00155 361 aa14.56□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 COL1A1P02452 1464 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 USP2O75604 605 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 GJA5P36382 358 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 CRKP46108 304 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 BCAMP50895 628 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 CACNB3P54284 484 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 SREBF2Q12772 1141 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 FBXO33Q7Z6M2 555 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 VPS37DQ86XT2 251 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 DZIP1LQ8IYY4 767 aaKnown RBP14.55□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 VGLL2Q8N8G2 317 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 WNK4Q96J92 1243 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 PTPRCP08575 1304 aa14.55□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 PPP1R12BO60237 982 aaPredicted RBP14.54□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 FRAT2O75474 233 aaPredicted RBP14.54□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 SUPT20HL1Q3ZLR7 823 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 SPDYE2Q495Y8 402 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 TMEM39BQ9GZU3 492 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 SMC4Q9NTJ3 1288 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 HPS5Q9UPZ3 1129 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 PPP2R3BQ9Y5P8 575 aa14.54□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 ECM29Q5VYK3 1845 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 IGF2BP3O00425 579 aaKnown RBP eCLIP14.53□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 PDE8BO95263 885 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 MAP3K11Q16584 847 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 CNKSR2Q8WXI2 1034 aa14.53□□□□□ -0.08
USP4-204ENST00000416417 ELP3Q9H9T3 547 aa14.53□□□□□ -0.08
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 36.1 ms