RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	MRGPRD	Q8TDS7	321 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	LOXL4	Q96JB6	756 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	AAMDC	Q9H7C9	122 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	PCOLCE2	Q9UKZ9	415 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	ICAM5	Q9UMF0	924 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM272	A0A1B0GTI8	110 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRC3C	A6NJW4	275 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	PTBP3	O95758	552 aa	Known RBP	11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	FTH1P19	P0C7X4	201 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	SPP1	P10451	314 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	GAL	P22466	123 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	PET117	Q6UWS5	81 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	SAP30L	Q9HAJ7	183 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	OR6C3	Q9NZP0	311 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC31A2	O15432	143 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	HIST1H3A	P68431	136 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM183B	Q1AE95	376 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	LINC00303	Q3SY05	128 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	ASB5	Q8WWX0	329 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	HGD	Q93099	445 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	IL36G	Q9NZH8	169 aa		11.64	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	TMPRSS2	O15393	492 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	MMP7	P09237	267 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	S100A4	P26447	101 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	KIR2DS2	P43631	304 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC17A5	Q9NRA2	495 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC35D1	Q9NTN3	355 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	NTM	Q9P121	344 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	DBX1	A6NMT0	343 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	ZFPL1	O95159	310 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF25	P17030	456 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	FPR2	P25090	351 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	LPAR6	P43657	344 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	OR13D1	Q8NGV5	346 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	DPF1	Q92782	380 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF275	Q9NSD4	429 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	OR5V1	Q9UGF6	321 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447		B4E171	279 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	NDUFB6	O95139	128 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	FGF2	P09038	288 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	TSPAN7	P41732	249 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	CNN1	P51911	297 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC37A1	P57057	533 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	PSG6	Q00889	435 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	C6orf201	Q7Z4U5	140 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	TMEM147	Q9BVK8	224 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	SEC11C	Q9BY50	192 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	OR2D2	Q9H210	308 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	THSD7A	Q9UPZ6	1657 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	RPLP1	P05386	114 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	OR4A8	P0C604	315 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	CRYBB2	P43320	205 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	IFITM2	Q01629	132 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF362	Q5T0B9	420 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	TIPARP	Q7Z3E1	657 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF441	Q8N8Z8	693 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	OR52B4	Q8NGK2	314 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	PTPMT1	Q8WUK0	201 aa	Predicted RBP	11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNRF4	Q8WWF5	429 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	MEGF10	Q96KG7	1140 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRC3B	Q96PB8	259 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	TREM2	Q9NZC2	230 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	TNKS1BP1	Q9C0C2	1729 aa	Known RBP	11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	PDCD6	O75340	191 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	LRRTM1	Q86UE6	522 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF383	Q8NA42	475 aa		11.63	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	ABCA3	Q99758	1704 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	F2RL2	O00254	374 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	SP1	P08047	785 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	INHBB	P09529	407 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	FOXO1	Q12778	655 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	THSD4	Q6ZMP0	1018 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	LINC00469	Q8N7U9	141 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	NECAP1	Q8NC96	275 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	GRAMD2B	Q96HH9	432 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	LOC105371267	A0A1B0GV96	52 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM157A	C9JC47	383 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	BRS3	P32247	399 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	OR3A1	P47881	315 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	SELENOP	P49908	381 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	SP6	Q3SY56	376 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	SEBOX	Q9HB31	216 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	THYN1	Q9P016	225 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A1B0GTH9	108 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	TCRBV16S1A1N1	A0A5B0	115 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447		G3V3Q6	166 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	C16orf97	H3BN30	126 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	MPG	P29372	298 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	RPL29	P47914	159 aa	Known RBP	11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	PRSS12	P56730	875 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM162B	Q5T6X4	162 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM24B	Q8N5W8	94 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	CHRDL1	Q9BU40	450 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	FKBP11	Q9NYL4	201 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	DNASE2	O00115	360 aa	Predicted RBP	11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	CYR61	O00622	381 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	CST7	O76096	145 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	LY86	O95711	162 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC6A1	P30531	599 aa		11.62	□□□□□ -0.55
PTPRF-215	ENST00000496447	MLF1	P58340	268 aa		11.62	□□□□□ -0.55

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