RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000566472.1

CLN3-223, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 4

Gene CLN3, Length 551 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-223	ENST00000566472	GON4L	Q3T8J9	2241 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	IGKV1D-8	A0A087WSZ0	117 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	TRBV6-6	A0A0A6YYG2	114 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	PIGBOS1	A0A0B4J2F0	54 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472		A0A1W2PNU3	283 aa	Predicted RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	DUXB	A0A1W2PPF3	345 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	PMS2P1	A4D2B8	440 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF850	A8MQ14	1090 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	GEMIN2	O14893	280 aa	Known RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	DEDD	O75618	318 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	GAPDH	P04406	335 aa	Known RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	SP1	P08047	785 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	CTXN2	P0C2S0	81 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	PATE4	P0C8F1	98 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	CD79A	P11912	226 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	CD46	P15529	392 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	PI3	P19957	117 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	MEOX1	P50221	254 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	SOX8	P57073	446 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	FGF12	P61328	243 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	RND3	P61587	244 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	TAGLN	Q01995	201 aa	Known RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	PLP2	Q04941	152 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	PRDX4	Q13162	271 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	RAB32	Q13637	225 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	IL13RA2	Q14627	380 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM187	Q14656	261 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	IAH1	Q2TAA2	248 aa	Predicted RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	ABCA11P	Q4W5N1	156 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	BEX5	Q5H9J7	111 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	SLC22A25	Q6T423	547 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	TFAP2E	Q6VUC0	442 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	IL34	Q6ZMJ4	242 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	LIAT1	Q6ZQX7	453 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	MCEMP1	Q8IX19	187 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	MKX	Q8IYA7	352 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	ZDHHC23	Q8IYP9	409 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	LGI3	Q8N145	548 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	FBXL14	Q8N1E6	418 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF611	Q8N823	705 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	ZFP62	Q8NB50	900 aa	Predicted RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	RELL2	Q8NC24	303 aa	Predicted RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	CPEB3	Q8NE35	698 aa	Known RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	OR10AD1	Q8NGE0	317 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	OR56B2P	Q8NGI1	322 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	OR5A2	Q8NGI9	324 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	OR51F2	Q8NH61	342 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	MAFIP	Q8WZ33	124 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	GTF3A	Q92664	365 aa	Known RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	ARL11	Q969Q4	196 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	MARC2	Q969Z3	335 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	CCDC120	Q96HB5	630 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	OR10C1	Q96KK4	312 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	DMRTA2	Q96SC8	542 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	HDHD3	Q9BSH5	251 aa	Predicted RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	RSRP1	Q9BUV0	290 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	PRRG4	Q9BZD6	226 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	SLC6A15	Q9H2J7	730 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	RIMS4	Q9H426	269 aa	Predicted RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	LDAH	Q9H6V9	325 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	PLEKHA2	Q9HB19	425 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	SPACA1	Q9HBV2	294 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	FBXO9	Q9UK97	447 aa	Predicted RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	ST3GAL6	Q9Y274	331 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	TMA7	Q9Y2S6	64 aa	Known RBP	5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF175	Q9Y473	711 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	SPEF1	Q9Y4P9	236 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	MPC1	Q9Y5U8	109 aa		5.4	□□□□□ -1.54
CLN3-223	ENST00000566472	PCSK5	Q92824	1860 aa		5.4	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	RALGAPA1	Q6GYQ0	2036 aa		5.4	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	KIR2DS1	A0A191URI9	304 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	OR5B21	A6NL26	309 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	FAM166B	A8MTA8	275 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472		E5RGE8	158 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472		H7C1Q1	480 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	CDX4	O14627	284 aa	Predicted RBP	5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	KNG1	P01042	644 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	SFTPB	P07988	381 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	HOXB5	P09067	269 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	CELA3A	P09093	270 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF806	P0C7X5	589 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	HKR1	P10072	659 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	MAGEA5	P43359	124 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	KIR2DS4	P43632	304 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	RRAD	P55042	308 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	PIGP	P57054	158 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	S100A10	P60903	97 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	HERV-K104	P61576	105 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	KIR2DS1	Q14954	304 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	TUSC1	Q2TAM9	212 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	CEACAM21	Q3KPI0	293 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	PIGY	Q3MUY2	71 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	FAM74A1	Q5RGS3	127 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	HES3	Q5TGS1	186 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	GGNBP1	Q5YKI7	109 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	ZNF585A	Q6P3V2	769 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	SLC25A26	Q70HW3	274 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	TUSC5	Q8IXB3	177 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	FAM71E2	Q8N5Q1	922 aa		5.39	□□□□□ -1.55
CLN3-223	ENST00000566472	TMEM178A	Q8NBL3	297 aa		5.39	□□□□□ -1.55

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