RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637100.1

CLN3-255, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,284 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-255	ENST00000637100	ERVK11-1	P61568	191 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	CDK5	Q00535	292 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	ROM1	Q03395	351 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	LCN1P1	Q5VSP4	162 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	ARHGAP24	Q8N264	748 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	OR4F17	Q8NGA8	305 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	OR10G2	Q8NGC3	310 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	MRAP	Q8TCY5	172 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	PHF21A	Q96BD5	680 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	OR4F4	Q96R69	305 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	OR8B4	Q96RC9	309 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	NRIP2	Q9BQI9	281 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	YIPF3	Q9GZM5	350 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100		U3KQV3	271 aa		13.25	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	E2F6	O75461	281 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	SRSF10	O75494	262 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	CCL3L1	P16619	93 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	FAH	P16930	419 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	CD83	Q01151	205 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	RIPPLY1	Q0D2K3	151 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	HABP2	Q14520	560 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF273	Q14593	569 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	CNN3	Q15417	329 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	SMIM21	Q3B7S5	101 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	CEP78	Q5JTW2	689 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF626	Q68DY1	528 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	PLBD1	Q6P4A8	553 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	HAGHL	Q6PII5	290 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	OR2T27	Q8NH04	317 aa		13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	CITED2	Q99967	270 aa	Predicted RBP	13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	NUFIP1	Q9UHK0	495 aa	Known RBP	13.24	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	PQLC2L	A1A4F0	135 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	FAM90A22P	A8MWA6	464 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100		J3QT63	122 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100		K7N7A8	449 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	SLC1A7	O00341	560 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF254	O75437	659 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	TK1	P04183	234 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	HMGN1	P05114	100 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	LGALS4	P56470	323 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	MS4A2	Q01362	244 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	TRIM25	Q14258	630 aa	Known RBP	13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	GINS1	Q14691	196 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	HSP90B2P	Q58FF3	399 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF573	Q86YE8	665 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	CPO	Q8IVL8	374 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	LYG1	Q8N1E2	194 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	GIPC3	Q8TF64	312 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	FOXRED1	Q96CU9	486 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	R3HDM4	Q96D70	268 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	TEAD3	Q99594	435 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	OCSTAMP	Q9BR26	566 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	PBOV1	Q9GZY1	135 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	SEBOX	Q9HB31	216 aa	Predicted RBP	13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	DNAJB9	Q9UBS3	223 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	PITPNC1	Q9UKF7	332 aa		13.23	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM269	A0A1B0GVZ9	245 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	PRR32	B1ATL7	298 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100		H3BN98	237 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	SYNGR1	O43759	233 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF737	O75373	536 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	RAB13	P51153	203 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	NSUN5P1	Q3KNT7	163 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	FAM98B	Q52LJ0	330 aa	Known RBP	13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	DMRTC1	Q5HYR2	192 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	FOXB2	Q5VYV0	432 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	KCTD18	Q6PI47	426 aa	Predicted RBP	13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100		Q6ZS46	218 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	MOB3C	Q70IA8	216 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	KRT77	Q7Z794	578 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	PIGW	Q7Z7B1	504 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	FAM81A	Q8TBF8	368 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	RPS4Y2	Q8TD47	263 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF488	Q96MN9	340 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	PRSS22	Q9GZN4	317 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	GPR84	Q9NQS5	396 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	ENPP5	Q9UJA9	477 aa		13.22	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	TENM3	Q9P273	2699 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	DLGAP1	O14490	977 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	DHRS3	O75911	302 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	NRAS	P01111	189 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	TTR	P02766	147 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	RAP2A	P10114	183 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	CAPZA1	P52907	286 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	HCCS	P53701	268 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM179B	Q7Z7N9	219 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	DHFR2	Q86XF0	187 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF679	Q8IYX0	411 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	BBS1	Q8NFJ9	593 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	OR51E1	Q8TCB6	317 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	OTULIN	Q96BN8	352 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	LAMP5	Q9UJQ1	280 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	PIGL	Q9Y2B2	252 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100	POLDIP2	Q9Y2S7	368 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100		V9GYS6	101 aa		13.21	□□□□□ -0.29
CLN3-255	ENST00000637100		A0A1B0GTI1	187 aa		13.2	□□□□□ -0.3
CLN3-255	ENST00000637100	DHRS7C	A6NNS2	312 aa		13.2	□□□□□ -0.3
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF728	P0DKX0	622 aa		13.2	□□□□□ -0.3
CLN3-255	ENST00000637100	OSM	P13725	252 aa		13.2	□□□□□ -0.3
CLN3-255	ENST00000637100	COX7A1	P24310	79 aa		13.2	□□□□□ -0.3

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 32.9 ms