RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000292535.11

CUX1-201, Transcript of cut like homeobox 1, humanhuman

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene CUX1, Length 13,747 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Exosome, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1-201ENST00000292535 GNG4P50150 75 aa8.4□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 STAC2Q6ZMT1 411 aa8.4□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 CADM4Q8NFZ8 388 aa8.4□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 BLNKQ8WV28 456 aa8.4□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 PPP1R1CQ8WVI7 109 aa8.4□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 MRGPRX1Q96LB2 322 aa8.4□□□□□ -1.06
CUX1-201ENST00000292535 C7orf72A4D263 438 aa8.4□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 RPL30P62888 115 aaKnown RBP8.4□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 OR52L2PQ8NGH6 319 aa8.4□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 OR2V1Q8NHB1 315 aa8.4□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 OR13C5Q8NGS8 318 aa8.4□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 ZBTB42B2RXF5 422 aa8.4□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 KRTDAPP60985 99 aa8.4□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 SPACA5Q96QH8 159 aa8.4□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 FOXQ1Q9C009 403 aa8.4□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 HINT3Q9NQE9 182 aaKnown RBP8.4□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 A0A1W2PR48 441 aa8.4□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 BCL2L11O43521 198 aa8.4□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 ZNF750Q32MQ0 723 aa8.4□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 DHRS11Q6UWP2 260 aa8.4□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 TMEM102Q8N9M5 508 aaPredicted RBP8.4□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 RXFP4Q8TDU9 374 aa8.4□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 CYSLTR2Q9NS75 346 aa8.4□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 CYR61O00622 381 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 DHHO43323 396 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 PRSS45Q7RTY3 260 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 ANKRD33Q7Z3H0 272 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 OSR2Q8N2R0 312 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 OR4C16Q8NGL9 310 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 VSTM2AQ8TAG5 236 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 GLI4P10075 376 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 GABRB1P18505 474 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 XKR7Q5GH72 579 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 COL13A1Q5TAT6 717 aaPredicted RBP8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 UNQ5830/PRO19650/PRO19816Q6UY13 95 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 RFLNAQ6ZTI6 216 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 BAP18Q8IXM2 172 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 TMEM116Q8NCL8 245 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 SYT11Q9BT88 431 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 USF1P22415 310 aaPredicted RBP8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 HTR1DP28221 377 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 ZNF154Q13106 437 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 ANKRD53Q8N9V6 530 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 GPBAR1Q8TDU6 330 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 VAMP8Q9BV40 100 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 SLC25A1P53007 311 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 SLC25A5P05141 298 aaKnown RBP8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 PCSK6P29122 969 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 FOXF1Q12946 379 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 RPS19P39019 145 aaKnown RBP8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 PSMB2P49721 201 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 CELF2-AS1Q8N7Q2 184 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 TMEM99Q8N816 258 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 NPEPL1Q8NDH3 523 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 DEFB108BQ8NET1 73 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 ZNF596Q8TC21 504 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 A4GNTQ9UNA3 340 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 CHST2Q9Y4C5 530 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 SPRY1O43609 319 aaPredicted RBP8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 ID1P41134 155 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 HLXQ14774 488 aaPredicted RBP8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 BCDIN3DQ7Z5W3 292 aaKnown RBP8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 TRAV38-1A0A0B4J264 116 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 OR4E1P0C645 316 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 CEACAM6P40199 344 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 TMEM231Q9H6L2 316 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 C4AP0C0L4 1744 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 SPATA46Q5T0L3 261 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 NPAS1Q99742 590 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 PNPP00491 289 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 LIPAP38571 399 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 SNRPNP63162 240 aaKnown RBP8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 ZNF141Q15928 474 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 ZNF260Q3ZCT1 412 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 CA10Q9NS85 328 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 C1RLQ9NZP8 487 aa8.39□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 FITM1A5D6W6 292 aa8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 HSBP1O75506 76 aa8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 POLR2IP36954 125 aaKnown RBP8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 BATF2Q8N1L9 274 aa8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 LANCL1O43813 399 aa8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 TMEM267Q0VDI3 215 aaPredicted RBP8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 SSX8Q7RTT4 187 aa8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 FGF22Q9HCT0 170 aa8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 KIF13BQ9NQT8 1826 aa8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 MYOGP15173 224 aa8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 SULT1A2P50226 295 aa8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 KLHDC9Q8NEP7 349 aa8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 LILRB1Q8NHL6 650 aaPredicted RBP8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 MAFAQ8NHW3 353 aaPredicted RBP8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 OTOSQ8NHW6 89 aa8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 OR2A5Q96R48 311 aa8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 COA4Q9NYJ1 87 aa8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 NAT8BQ9UHF3 227 aa8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 CORO6Q6QEF8 472 aa8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 NT5CQ8TCD5 201 aa8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 SSC5DA1L4H1 1573 aa8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 ACSM6Q6P461 480 aa8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 ZNF574Q6ZN55 896 aaPredicted RBP8.38□□□□□ -1.07
CUX1-201ENST00000292535 RHOUQ7L0Q8 258 aa8.38□□□□□ -1.07
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 46.6 ms