RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000555905.5

TMEM260-208, Transcript of transmembrane protein 260, human

TSL 5

Gene TMEM260, Length 766 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TMEM260-208	ENST00000555905	ARAP2	Q8WZ64	1704 aa		13.5	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	SALL3	Q9BXA9	1300 aa		13.5	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	ERC2	O15083	957 aa		13.5	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	FGFR2	P21802	821 aa		13.5	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	UBE4A	Q14139	1066 aa		13.5	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	XAGE2	Q96GT9	111 aa		13.5	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	OSBPL3	Q9H4L5	887 aa		13.5	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	ECHDC1	Q9NTX5	307 aa		13.5	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	TLR7	Q9NYK1	1049 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	DBNL	Q9UJU6	430 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	KIAA1551	Q9HCM1	1747 aa		13.5	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	ATP2B4	P23634	1241 aa		13.49	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	GPSM2	P81274	684 aa		13.49	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	CCDC158	Q5M9N0	1113 aa		13.49	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	DBNDD2	Q9BQY9	259 aa		13.49	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	PIM2	Q9P1W9	311 aa		13.49	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	GGA1	Q9UJY5	639 aa		13.49	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	NSFL1C	Q9UNZ2	370 aa	Known RBP	13.49	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	LEMD3	Q9Y2U8	911 aa		13.49	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	ZNF804B	A4D1E1	1349 aa		13.48	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	PITPNM1	O00562	1244 aa		13.48	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	GLRX3	O76003	335 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	KCNA3	P22001	575 aa		13.48	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	ADORA1	P30542	326 aa		13.48	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	GRIPAP1	Q4V328	841 aa		13.48	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	CC2D2B	Q6DHV5	1058 aa		13.48	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	PODXL2	Q9NZ53	605 aa		13.48	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	UFL1	O94874	794 aa		13.47	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	ATP5J	P18859	108 aa		13.47	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	CAVIN4	Q5BKX8	364 aa		13.47	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	DALRD3	Q5D0E6	543 aa	Known RBP	13.47	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	TTC39A	Q5SRH9	613 aa		13.47	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	TTC22	Q5TAA0	569 aa		13.47	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	TSHZ3	Q63HK5	1081 aa		13.47	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	DPP8	Q6V1X1	898 aa	Predicted RBP	13.47	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	CHRDL2	Q6WN34	429 aa		13.47	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	MPND	Q8N594	471 aa		13.47	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	BRCA1	P38398	1863 aa	Known RBP	13.46	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	C6orf229	H3BNL8	230 aa		13.46	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	SNAP23	O00161	211 aa		13.46	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	SOGA3	Q5TF21	947 aa		13.46	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	VPS37D	Q86XT2	251 aa		13.46	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	PI4K2B	Q8TCG2	481 aa		13.46	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	GNL3L	Q9NVN8	582 aa	Known RBP	13.46	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	LTBP1	Q14766	1721 aa		13.46	□□□□□ -0.25
TMEM260-208	ENST00000555905	C21orf2	O43822	256 aa		13.45	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	UQCRFS1P1	P0C7P4	283 aa		13.45	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	BMP2KL	Q5H9B9	411 aa		13.45	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	OLFM4	Q6UX06	510 aa		13.45	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	SLC51A	Q86UW1	340 aa		13.45	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	RTKN2	Q8IZC4	609 aa		13.45	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	TBC1D16	Q8TBP0	767 aa		13.45	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	PPIL4	Q8WUA2	492 aa	Known RBP eCLIP	13.45	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	C7orf43	Q8WVR3	580 aa		13.45	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	FHDC1	Q9C0D6	1143 aa	Predicted RBP	13.45	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	WTIP	A6NIX2	430 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	TRIM6-TRIM34	B2RNG4	842 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	BCAM	P50895	628 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	CCDC93	Q567U6	631 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	CCDC102B	Q68D86	513 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	C15orf52	Q6ZUT6	534 aa	Known RBP	13.44	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	ZNF512B	Q96KM6	892 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	EYA3	Q99504	573 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	BOLA2	Q9H3K6	86 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	POLL	Q9UGP5	575 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	AK9	Q5TCS8	1911 aa		13.44	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	GSPT1	P15170	499 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	HIBADH	P31937	336 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	PHKA1	P46020	1223 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	GYG1	P46976	350 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	ZNF804A	Q7Z570	1209 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	CNTROB	Q8N137	903 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	SUPT20H	Q8NEM7	779 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	NLGN2	Q8NFZ4	835 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	FAM84B	Q96KN1	310 aa	Predicted RBP	13.43	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	HAUS7	Q99871	368 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	MED23	Q9ULK4	1368 aa		13.43	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	KLRK1	P26718	216 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	ARID4A	P29374	1257 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	FBXO33	Q7Z6M2	555 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	RILPL2	Q969X0	211 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	DNAJC2	Q99543	621 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	RTFDC1	Q9BY42	306 aa	Predicted RBP	13.42	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	ZC3H12C	Q9C0D7	883 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	BCS1L	Q9Y276	419 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	MYH13	Q9UKX3	1938 aa		13.42	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	DUOX1	Q9NRD9	1551 aa		13.41	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	SEMA3E	O15041	775 aa		13.41	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	FRAT2	O75474	233 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	MAP4K4	O95819	1239 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	SDS	P20132	328 aa		13.41	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	FKBP4	Q02790	459 aa	Known RBP eCLIP	13.41	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	WASHC4	Q2M389	1173 aa		13.41	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	EVI5L	Q96CN4	794 aa		13.41	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	GPR101	Q96P66	508 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	WWC3	Q9ULE0	1092 aa		13.41	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	ARFGEF1	Q9Y6D6	1849 aa		13.41	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	IRS2	Q9Y4H2	1338 aa		13.4	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905		G3V3G9	751 aa		13.4	□□□□□ -0.26
TMEM260-208	ENST00000555905	RIMBP2	O15034	1052 aa		13.4	□□□□□ -0.26

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 15.7 ms