RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000489247.1

ATG4A-208, Transcript of autophagy related 4A cysteine peptidase, human

TSL 2

Gene ATG4A, Length 623 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ATG4A-208	ENST00000489247	BCAR3	O75815	825 aa		7.12	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	STAU1	O95793	577 aa	Known RBP	7.12	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	LMOD1	P29536	600 aa	Predicted RBP	7.12	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	GNAI1	P63096	354 aa		7.12	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	SCARF1	Q14162	830 aa		7.12	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		7.12	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	TSEN34	Q9BSV6	310 aa	Known RBP	7.12	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	MAP2	P11137	1827 aa	Known RBP	7.12	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	PPM1G	O15355	546 aa	Predicted RBP	7.11	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	SPINT1	O43278	529 aa		7.11	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	UPP2	O95045	317 aa		7.11	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	HMOX1	P09601	288 aa		7.11	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	PTGIR	P43119	386 aa		7.11	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	CENPQ	Q7L2Z9	268 aa	Predicted RBP	7.11	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	CCDC125	Q86Z20	511 aa		7.11	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	KCNH5	Q8NCM2	988 aa		7.11	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	INSM2	Q96T92	566 aa	Predicted RBP	7.11	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	TMEM94	Q12767	1356 aa		7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	KIAA0232	Q92628	1395 aa		7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	KIF16B	Q96L93	1317 aa		7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	USP17L5	A8MUK1	530 aa		7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	ATP5J2-PTCD1	G3V325	749 aa		7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	HOXC9	P31274	260 aa		7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	CTSO	P43234	321 aa	Predicted RBP	7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	NCOA4	Q13772	614 aa		7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	MAP7D1	Q3KQU3	841 aa		7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	LCE3B	Q5TA77	95 aa		7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	SULT6B1	Q6IMI4	303 aa		7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	ABTB2	Q8N961	1025 aa		7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	IP6K1	Q92551	441 aa		7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	ARHGAP45	Q92619	1136 aa		7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	RAB6B	Q9NRW1	208 aa		7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	ABCC6	O95255	1503 aa		7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	TRPM3	Q9HCF6	1732 aa	Predicted RBP	7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	CRB1	P82279	1406 aa		7.1	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	SOS2	Q07890	1332 aa	Predicted RBP	7.09	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	FIGNL2	A6NMB9	653 aa		7.09	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	CHL1	O00533	1208 aa		7.09	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	TCERG1	O14776	1098 aa	Known RBP	7.09	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	ATP9B	O43861	1147 aa		7.09	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	MYC	P01106	439 aa	Predicted RBP	7.09	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	USP4	Q13107	963 aa		7.09	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		7.09	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	RETREG2	Q8NC44	543 aa		7.09	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	NFATC2IP	Q8NCF5	419 aa		7.09	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	SSH1	Q8WYL5	1049 aa		7.09	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	TSR2	Q969E8	191 aa	Known RBP	7.09	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	PBXIP1	Q96AQ6	731 aa		7.09	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	ARHGEF10L	Q9HCE6	1279 aa		7.09	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	BABAM1	Q9NWV8	329 aa		7.09	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	DNMT3L	Q9UJW3	386 aa		7.09	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	MAFB	Q9Y5Q3	323 aa	Predicted RBP	7.09	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	RGPD8	O14715	1765 aa	Predicted RBP	7.09	□□□□□ -1.27
ATG4A-208	ENST00000489247	SOS1	Q07889	1333 aa	Predicted RBP	7.08	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247		A0A1W2PRU2	124 aa		7.08	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	VAMP4	O75379	141 aa		7.08	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	PDIA4	P13667	645 aa	Known RBP	7.08	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	IRS1	P35568	1242 aa		7.08	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	AMPH	P49418	695 aa		7.08	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	ZKSCAN2	Q63HK3	967 aa		7.08	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	CYP2U1	Q7Z449	544 aa		7.08	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	ARHGEF25	Q86VW2	580 aa		7.08	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	GAS2L2	Q8NHY3	880 aa		7.08	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	ORAI2	Q96SN7	254 aa		7.08	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	POLM	Q9NP87	494 aa	Predicted RBP	7.08	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	RBM19	Q9Y4C8	960 aa	Known RBP	7.08	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	LRRC37A3	O60309	1634 aa		7.08	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	MED1	Q15648	1581 aa	Predicted RBP	7.08	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	CAMTA1	Q9Y6Y1	1673 aa		7.07	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	USP17L3	A6NCW0	530 aa		7.07	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	USP17L4	A6NCW7	530 aa		7.07	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	TTLL8	A6PVC2	850 aa		7.07	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	MEN1	O00255	615 aa		7.07	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	IPO8	O15397	1037 aa	Known RBP	7.07	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	PSME1	Q06323	249 aa		7.07	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	MVP	Q14764	893 aa	Known RBP	7.07	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	EML3	Q32P44	896 aa		7.07	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	FOXD4L5	Q5VV16	416 aa	Predicted RBP	7.07	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	USP17L2	Q6R6M4	530 aa		7.07	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	ATF7IP	Q6VMQ6	1270 aa		7.07	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	USP17L1	Q7RTZ2	530 aa		7.07	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	MBIP	Q9NS73	344 aa		7.07	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	OVOS2	A0A0G2JMS6	1433 aa		7.07	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	MSH6	P52701	1360 aa		7.07	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	ALS2	Q96Q42	1657 aa		7.06	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	PXDN	Q92626	1479 aa		7.06	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	STRCP1	A6NGW2	1772 aa		7.06	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	IL2RA	P01589	272 aa		7.06	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	GC	P02774	474 aa		7.06	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	RLBP1	P12271	317 aa		7.06	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	TRIM27	P14373	513 aa		7.06	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	ATF3	P18847	181 aa		7.06	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	MTHFSD	Q2M296	383 aa	Known RBP	7.06	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	KRT28	Q7Z3Y7	464 aa		7.06	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	DZIP1L	Q8IYY4	767 aa	Known RBP	7.06	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	PANK1	Q8TE04	598 aa		7.06	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	ETNK1	Q9HBU6	452 aa		7.06	□□□□□ -1.28
ATG4A-208	ENST00000489247	SMC4	Q9NTJ3	1288 aa		7.06	□□□□□ -1.28

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