RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000496447.5

PTPRF-215, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 1 (best)

Gene PTPRF, Length 5,887 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-215	ENST00000496447	PMP2	P02689	132 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	RPA2	P15927	270 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SDHB	P21912	280 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	GSK3A	P49840	483 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	RBP2	P50120	134 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	HBG1	P69891	147 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	HBG2	P69892	147 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	BEX5	Q5H9J7	111 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF468	Q5VIY5	522 aa	Predicted RBP	11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ANKRD16	Q6P6B7	361 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	NUDT8	Q8WV74	236 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	PHYHIP	Q92561	330 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	KCNJ15	Q99712	375 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	BCO1	Q9HAY6	547 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	CLEC1B	Q9P126	229 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC5A6	Q9Y289	635 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	POLDIP2	Q9Y2S7	368 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHV3-15	A0A0B4J1V0	119 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	NME1	P15531	152 aa	Known RBP	11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	APEX1	P27695	318 aa	Known RBP	11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SDHA	P31040	664 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	BAMBI	Q13145	260 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	EIF3I	Q13347	325 aa	Known RBP	11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	IGSF11	Q5DX21	431 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	C1orf210	Q8IVY1	113 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	DND1	Q8IYX4	353 aa	Known RBP	11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	OR2A1	Q8NGT9	310 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SHARPIN	Q9H0F6	387 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	TAF1	P21675	1872 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447		A0A087WZY1	265 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	RAB27B	O00194	218 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	MB	P02144	154 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SRM	P19623	302 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	GP2	P55259	537 aa	Known RBP	11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	NDUFA6	P56556	154 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	COTL1	Q14019	142 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	EMC4	Q5J8M3	183 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	C17orf107	Q6ZR85	190 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	TMUB2	Q71RG4	321 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	DEFB108B	Q8NET1	73 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	OLIG1	Q8TAK6	271 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	H3F3C	Q6NXT2	135 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	HIST2H3A	Q71DI3	136 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	KLHDC8B	Q8IXV7	354 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	OR52H1	Q8NGJ2	320 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	OR51E1	Q8TCB6	317 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	UHRF2	Q96PU4	802 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	OR5M11	Q96RB7	305 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SLC25A32	Q9H2D1	315 aa		11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	EXOSC5	Q9NQT4	235 aa	Known RBP eCLIP	11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	CGGBP1	Q9UFW8	167 aa	Predicted RBP	11.97	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	APEH	P13798	732 aa	Known RBP	11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	CTGF	P29279	349 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	LIPA	P38571	399 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ZBTB37	Q5TC79	503 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	DLEU7	Q6UYE1	221 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	C1orf87	Q8N0U7	546 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	TEAD3	Q99594	435 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	IGHV3-64D	A0A0J9YX35	117 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	CBR3	O75828	277 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM157B	P0CG42	384 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	TGM1	P22735	817 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	RPL11	P62913	178 aa	Known RBP	11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	HIST2H3PS2	Q5TEC6	136 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	GUSBP11	Q6P575	273 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SMIM15	Q7Z3B0	74 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	RPP25	Q9BUL9	199 aa	Known RBP	11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	HEYL	Q9NQ87	328 aa	Predicted RBP	11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	LRP5L	A4QPB2	252 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	FBXO24	O75426	580 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SOD1	P00441	154 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	SNRPG	P62308	76 aa	Known RBP	11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	PLA2G7	Q13093	441 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	TRA2A	Q13595	282 aa	Known RBP eCLIP	11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	NLRC3	Q7RTR2	1065 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	FAM185A	Q8N0U4	392 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ZFP82	Q8N141	532 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	OR10J5	Q8NHC4	309 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	C2CD4C	Q8TF44	421 aa		11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	ZMAT3	Q9HA38	289 aa	Known RBP	11.96	□□□□□ -0.49
PTPRF-215	ENST00000496447	LOC107986453	A0A1B0GWG9	222 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	FZD6	O60353	706 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	UBL3	O95164	117 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	PPT1	P50897	306 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ARIH2OS	Q8N7S6	290 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	C14orf79	Q96F83	325 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ASB1	Q9Y576	335 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SCN7A	Q01118	1682 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447		M0R135	149 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	FCMR	O60667	390 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	SIX6	O95475	246 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	GNB3	P16520	340 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	UBE2K	P61086	200 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	RPL18	Q07020	188 aa	Known RBP	11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	EXOSC2	Q13868	293 aa	Known RBP	11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	STEAP1B	Q6NZ63	245 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	CYHR1	Q6ZMK1	362 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	USP51	Q70EK9	711 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	OVCH1	Q7RTY7	1134 aa		11.96	□□□□□ -0.5
PTPRF-215	ENST00000496447	ZNF799	Q96GE5	643 aa		11.96	□□□□□ -0.5

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