RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637100.1

CLN3-255, Transcript of CLN3, battenin, human

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,284 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLN3-255	ENST00000637100	HAVCR1	Q96D42	359 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	C1QTNF5	Q9BXJ0	243 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	UNKL	Q9H9P5	680 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	NDRG4	Q9ULP0	352 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	MED31	Q9Y3C7	131 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	MMP24	Q9Y5R2	645 aa		13.81	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	FXYD1	O00168	92 aa		13.8	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	FBP2	O00757	339 aa		13.8	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	PLAT	P00750	562 aa		13.8	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	SCG5	P05408	212 aa		13.8	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	CD80	P33681	288 aa		13.8	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	ARHGDIA	P52565	204 aa		13.8	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	BTG1	P62324	171 aa		13.8	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	CD47	Q08722	323 aa		13.8	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	HNRNPA0	Q13151	305 aa	Known RBP	13.8	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	NFYC	Q13952	458 aa		13.8	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	ARMCX4	Q5H9R4	360 aa		13.8	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	TREML4	Q6UXN2	200 aa		13.8	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	CLDN22	Q8N7P3	220 aa		13.8	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	POLE4	Q9NR33	117 aa		13.8	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	IL20RA	Q9UHF4	553 aa		13.8	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100		A0A1B0GWJ7	208 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	C12orf71	A8MTZ7	269 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM178B	H3BS89	294 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	IFNL4	K9M1U5	179 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	AHCYL1	O43865	530 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	TNFRSF1B	P20333	461 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	MSR1	P21757	451 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	TAS2R41	P59536	307 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	BAMBI	Q13145	260 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	SLC9A3R2	Q15599	337 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	METTL21C	Q5VZV1	264 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	LEG1	Q6P5S2	330 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	OR8J3	Q8NGG0	315 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	C10orf82	Q8WW14	230 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	UPRT	Q96BW1	309 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF583	Q96ND8	569 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	DCLRE1C	Q96SD1	692 aa	Known RBP	13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	POFUT1	Q9H488	388 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	A4GNT	Q9UNA3	340 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	LRCH1	Q9Y2L9	728 aa		13.79	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100		A6NIZ1	184 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100		J3QW42	95 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	TIMM8A	O60220	97 aa	Predicted RBP	13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	NPPA	P01160	153 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	GSTM3	P21266	225 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	RBMX	P38159	391 aa	Known RBP	13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	MDH2	P40926	338 aa	Known RBP	13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	RAP1B	P61224	184 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	RAP1A	P62834	184 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	CYLC2	Q14093	348 aa	Predicted RBP	13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	RABL3	Q5HYI8	236 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	COQ5	Q5HYK3	327 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	PTP4A1	Q93096	173 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	SLC25A28	Q96A46	364 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	BPIFA2	Q96DR5	249 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	SH3GL1	Q99961	368 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	MRI1	Q9BV20	369 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	GCM1	Q9NP62	436 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	PPP1R3C	Q9UQK1	317 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	STARD10	Q9Y365	291 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	CMYA5	Q8N3K9	4069 aa		13.78	□□□□□ -0.2
CLN3-255	ENST00000637100	SURF4	O15260	269 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	PIP5K1C	O60331	668 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	RAC2	P15153	192 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	FUT4	P22083	530 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	TNFSF4	P23510	183 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	OR1E2	P47887	323 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	CTXN1	P60606	82 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	PRKCD	Q05655	676 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	ST3GAL3	Q11203	375 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF181	Q2M3W8	571 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	MUC20	Q8N307	709 aa	Predicted RBP	13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	ITLN1	Q8WWA0	313 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	COG8	Q96MW5	612 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	DUX5	Q96PT3	197 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	TMEM165	Q9HC07	324 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	ATPIF1	Q9UII2	106 aa		13.77	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	OR6C6	A6NF89	314 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	CEACAM18	A8MTB9	384 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	SHOX2	O60902	331 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	ABHD16A	O95870	558 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	IGHV4-38-2	P0DP08	117 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	KDELR2	P33947	212 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	GUCA1A	P43080	201 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	MTNR1A	P48039	350 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	SLC9A3	P48764	834 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	MMP16	P51512	607 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	SCRN3	Q0VDG4	424 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	ESCO2	Q56NI9	601 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	ERICH5	Q6P6B1	374 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	FBXW12	Q6X9E4	464 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	ZNF771	Q7L3S4	317 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	VASH1	Q7L8A9	365 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	POU5F2	Q8N7G0	328 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	PCYOX1L	Q8NBM8	494 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	OR2Z1	Q8NG97	314 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	OR52E2	Q8NGJ4	325 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	CMBL	Q96DG6	245 aa		13.76	□□□□□ -0.21
CLN3-255	ENST00000637100	ATP6V1G3	Q96LB4	118 aa		13.76	□□□□□ -0.21

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