RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469529.6

TRAF4-208, Transcript of TNF receptor associated factor 4, human

TSL 2

Gene TRAF4, Length 788 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
TRAF4-208	ENST00000469529	MEP1B	Q16820	701 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	TMEM211	Q6ICI0	200 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	RPL22L1	Q6P5R6	122 aa	Known RBP	11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	PLXDC2	Q6UX71	529 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	PHC2	Q8IXK0	858 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	SLC22A24	Q8N4F4	322 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	OR2AJ1	Q8NGZ0	328 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	OR52N5	Q8NH56	324 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	SMAP2	Q8WU79	429 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	THEM6	Q8WUY1	208 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	RNF166	Q96A37	237 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	PELI1	Q96FA3	418 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	C4orf36	Q96KX1	117 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	TBX5	Q99593	518 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	COQ7	Q99807	217 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	VKORC1	Q9BQB6	163 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF416	Q9BWM5	594 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF629	Q9UEG4	869 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	GDF2	Q9UK05	429 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	KLHDC2	Q9Y2U9	406 aa		11.2	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	ACOD1	A6NK06	481 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	PRR32	B1ATL7	298 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529		J3QLW9	94 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNHIT1	O43257	154 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	FARS2	O95363	451 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	LALBA	P00709	142 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	SPARC	P09486	303 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	ZNF19	P17023	458 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	PAX7	P23759	505 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	PSMA1	P25786	263 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	OPRM1	P35372	400 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	TGFBR2	P37173	567 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	CD79B	P40259	229 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	MMP16	P51512	607 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	ARF1	P84077	181 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	TGFBR3	Q03167	851 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	ECH1	Q13011	328 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	DOC2B	Q14184	412 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	EIF2B1	Q14232	305 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	P2RY6	Q15077	328 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	PRR30	Q53SZ7	412 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	LIPN	Q5VXI9	398 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	DMKN	Q6E0U4	476 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	ANKRD16	Q6P6B7	361 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	CD200R1L	Q6Q8B3	271 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	DCXR	Q7Z4W1	244 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	BTLA	Q7Z6A9	289 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	KLB	Q86Z14	1044 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	BCL2L2	Q92843	193 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	MAP6	Q96JE9	813 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	AMELY	Q99218	206 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	PIGM	Q9H3S5	423 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	EMC7	Q9NPA0	242 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	PNRC2	Q9NPJ4	139 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	DDX28	Q9NUL7	540 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	NDUFB11	Q9NX14	153 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	SLCO1C1	Q9NYB5	712 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	ATPIF1	Q9UII2	106 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	SF3B6	Q9Y3B4	125 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	TIMM10B	Q9Y5J6	103 aa		11.19	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	KIAA1549	Q9HCM3	1950 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	BSN	Q9UPA5	3926 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	MSTN	O14793	375 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	GPRIN2	O60269	458 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	SRSF10	O75494	262 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	MMP7	P09237	267 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	TMIGD3	P0DMS9	266 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	CD36	P16671	472 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	COX5A	P20674	150 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	SCRN3	Q0VDG4	424 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	FOXF2	Q12947	444 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	TRAM1	Q15629	374 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	SSX1	Q16384	188 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	KRTAP27-1	Q3LI81	207 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	TIMM50	Q3ZCQ8	353 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	TP53I3	Q53FA7	332 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	BEND4	Q6ZU67	534 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	SKA3	Q8IX90	412 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	ALDH16A1	Q8IZ83	802 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	GABRG1	Q8N1C3	465 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	MS4A15	Q8N5U1	240 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	RFLNB	Q8N5W9	214 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	C1orf162	Q8NEQ5	155 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	OR10S1	Q8NGN2	331 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	RAB2B	Q8WUD1	216 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	UFD1	Q92890	307 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	FBXO17	Q96EF6	278 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	FOXN4	Q96NZ1	517 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	ALKBH3	Q96Q83	286 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	DMRTA2	Q96SC8	542 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	FUNDC2	Q9BWH2	189 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	KCNN2	Q9H2S1	579 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	ELOVL3	Q9HB03	270 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	ASH2L	Q9UBL3	628 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	PRSS50	Q9UI38	385 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	ST6GALNAC2	Q9UJ37	374 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	ENPP5	Q9UJA9	477 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	PROCR	Q9UNN8	238 aa		11.18	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529		E9PI62	339 aa		11.17	□□□□□ -0.62
TRAF4-208	ENST00000469529	GABARAP	O95166	117 aa		11.17	□□□□□ -0.62

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 35.9 ms