RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000546279.5

LMO3-233, Transcript of LIM domain only 3, human

TSL 4

Gene LMO3, Length 590 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LMO3-233	ENST00000546279	VEGFB	P49765	207 aa		13.44	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	ST5	P78524	1137 aa		13.44	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	MAP2K1	Q02750	393 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	RABL6	Q3YEC7	729 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	LDHD	Q86WU2	507 aa		13.44	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		13.44	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	PASK	Q96RG2	1323 aa		13.43	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	PDE8A	O60658	829 aa		13.43	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	PDE6B	P35913	854 aa		13.43	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	MVP	Q14764	893 aa	Known RBP	13.43	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	CCDC88A	Q3V6T2	1871 aa		13.43	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	TIAM2	Q8IVF5	1701 aa		13.43	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	LTBP3	Q9NS15	1303 aa		13.42	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	DUOX1	Q9NRD9	1551 aa		13.42	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	RGS19	P49795	217 aa		13.42	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	CTSW	P56202	376 aa		13.42	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	C7orf43	Q8WVR3	580 aa		13.42	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	SUPT16H	Q9Y5B9	1047 aa	Known RBP	13.42	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	SOGA3	Q5TF21	947 aa		13.41	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	STYK1	Q6J9G0	422 aa		13.41	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	ZNF622	Q969S3	477 aa	Known RBP eCLIP	13.41	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	CRAMP1	Q96RY5	1269 aa		13.41	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	TAOK3	Q9H2K8	898 aa		13.41	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	ZBTB40	Q9NUA8	1239 aa		13.41	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	C9orf78	Q9NZ63	289 aa	Predicted RBP	13.41	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	FBXO3	Q9UK99	471 aa		13.41	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	COG6	Q9Y2V7	657 aa		13.41	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	DICER1	Q9UPY3	1922 aa	Known RBP	13.41	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	C21orf2	O43822	256 aa		13.4	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	DDN	O94850	711 aa	Predicted RBP	13.4	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	HSPA8	P11142	646 aa	Known RBP	13.4	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	NPR1	P16066	1061 aa		13.4	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	RFX5	P48382	616 aa	Predicted RBP	13.4	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	MTX1	Q13505	466 aa		13.4	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	DEFB115	Q30KQ5	88 aa		13.4	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	FTSJ3	Q8IY81	847 aa	Known RBP	13.4	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	MASTL	Q96GX5	879 aa		13.4	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	NLRP3	Q96P20	1036 aa		13.4	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	BICC1	Q9H694	974 aa	Known RBP	13.4	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	GREM2	Q9H772	168 aa		13.4	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	SEC31B	Q9NQW1	1179 aa		13.4	□□□□□ -0.26
LMO3-233	ENST00000546279	CCDC85C	A6NKD9	419 aa		13.39	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	POTEI	P0CG38	1075 aa		13.39	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	POTEJ	P0CG39	1038 aa		13.39	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	MS4A1	P11836	297 aa		13.39	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	13.39	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	ITPRIP	Q8IWB1	547 aa		13.39	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	GOLGA6L2	Q8N9W4	650 aa	Predicted RBP	13.39	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	CELF1	Q92879	486 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	L3MBTL3	Q96JM7	780 aa	Predicted RBP	13.39	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	TAF1D	Q9H5J8	278 aa	Predicted RBP	13.39	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	LRRFIP2	Q9Y608	721 aa	Known RBP	13.39	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	ZNF646	O15015	1829 aa	Predicted RBP	13.39	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	RASSF10	A6NK89	507 aa		13.38	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	ITGBL1	O95965	494 aa	Predicted RBP	13.38	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	GNAI3	P08754	354 aa		13.38	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	UBTFL1	P0CB47	393 aa	Predicted RBP	13.38	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	LMBR1L	Q6UX01	489 aa		13.38	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	CNKSR1	Q969H4	720 aa		13.38	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	BEGAIN	Q9BUH8	593 aa		13.38	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	DDX19B	Q9UMR2	479 aa		13.38	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	PRPF40B	Q6NWY9	871 aa	Known RBP	13.37	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	SIRT2	Q8IXJ6	389 aa		13.37	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	CRBN	Q96SW2	442 aa		13.37	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	CLEC11A	Q9Y240	323 aa		13.37	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	GRAP	Q13588	217 aa		13.36	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	CCDC152	Q4G0S7	254 aa		13.36	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	OLFM4	Q6UX06	510 aa		13.36	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	PNMA8A	Q86V59	439 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	GRAPL	Q8TC17	118 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	13.36	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	C1orf115	Q9H7X2	142 aa		13.36	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	WDR33	Q9C0J8	1336 aa	Known RBP	13.36	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	COL4A5	P29400	1685 aa		13.35	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	PNMA6E	A0A0J9YXQ4	647 aa		13.35	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	NPHP1	O15259	732 aa		13.35	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	GNAI2	P04899	355 aa		13.35	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	13.35	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	ITGA6	P23229	1130 aa		13.35	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	EAPP	Q56P03	285 aa	Predicted RBP	13.35	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	RBM17	Q96I25	401 aa	Known RBP	13.35	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	HACL1	Q9UJ83	578 aa		13.35	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	ARAP2	Q8WZ64	1704 aa		13.35	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	SCN4A	P35499	1836 aa		13.34	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	ALDH1B1	P30837	517 aa		13.34	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	ECE1	P42892	770 aa		13.34	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	PTPN12	Q05209	780 aa	Known RBP	13.34	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	CEP85	Q6P2H3	762 aa		13.34	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	SSH3	Q8TE77	659 aa		13.34	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	RPGR	Q92834	1020 aa	Known RBP	13.34	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	ZNF594	Q96JF6	807 aa	Predicted RBP	13.34	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	ABT1	Q9ULW3	272 aa	Known RBP	13.34	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	PSME4	Q14997	1843 aa		13.34	□□□□□ -0.27
LMO3-233	ENST00000546279	RPS8	P62241	208 aa	Known RBP	13.33	□□□□□ -0.28
LMO3-233	ENST00000546279	ATP8B2	P98198	1209 aa		13.33	□□□□□ -0.28
LMO3-233	ENST00000546279	DDX46	Q7L014	1031 aa	Known RBP	13.33	□□□□□ -0.28
LMO3-233	ENST00000546279	CNTROB	Q8N137	903 aa		13.33	□□□□□ -0.28
LMO3-233	ENST00000546279	EXOC6	Q8TAG9	804 aa		13.33	□□□□□ -0.28
LMO3-233	ENST00000546279	SCN9A	Q15858	1988 aa		13.32	□□□□□ -0.28
LMO3-233	ENST00000546279	BBOX1	O75936	387 aa		13.32	□□□□□ -0.28

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