RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464635.1

USP54-209, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 2

Gene USP54, Length 531 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-209ENST00000464635 BBOX1O75936 387 aa14.69□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 SCNN1DP51172 638 aa14.69□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 TRIM28Q13263 835 aaKnown RBP14.69□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 DPP8Q6V1X1 898 aaPredicted RBP14.69□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 SP8Q8IXZ3 490 aa14.69□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 CELF1Q92879 486 aaKnown RBP14.69□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 RTFDC1Q9BY42 306 aaPredicted RBP14.69□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 PASKQ96RG2 1323 aa14.68□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 IRS4O14654 1257 aaPredicted RBP14.68□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 SF3B3Q15393 1217 aaKnown RBP14.68□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 MPNDQ8N594 471 aa14.68□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 ANKRD44Q8N8A2 993 aa14.68□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 DNAAF4Q8WXU2 420 aa14.68□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 JARID2Q92833 1246 aaPredicted RBP14.68□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 TRPM7Q96QT4 1865 aa14.67□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 ITGBL1O95965 494 aaPredicted RBP14.67□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 EPS15P42566 896 aa14.67□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 MAP1SQ66K74 1059 aaPredicted RBP14.67□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 SRCIN1Q9C0H9 1055 aa14.67□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 TMX4Q9H1E5 349 aaPredicted RBP14.67□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 CLEC11AQ9Y240 323 aa14.67□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 SCN9AQ15858 1988 aa14.67□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 HMMRO75330 724 aa14.66□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 CXCL9Q07325 125 aa14.66□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 KIAA2012Q0VF49 1180 aa14.66□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 BEND3Q5T5X7 828 aa14.66□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 ZBTB38Q8NAP3 1195 aaPredicted RBP14.66□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 SUPT20HQ8NEM7 779 aa14.66□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 METTL22Q9BUU2 404 aaPredicted RBP14.66□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 CREBZFQ9NS37 354 aa14.66□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 PCNTO95613 3336 aa14.65□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 PI4KAP2A4QPH2 592 aa14.65□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 YDJCA8MPS7 323 aa14.65□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 GNAI2P04899 355 aa14.65□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 LMOD1P29536 600 aaPredicted RBP14.65□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 PI4KAP1Q8N8J0 262 aa14.65□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 DCTPP1Q9H773 170 aa14.65□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 SEC31BQ9NQW1 1179 aa14.65□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 TSHZ2Q9NRE2 1034 aa14.65□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 MKRN1Q9UHC7 482 aaKnown RBP14.65□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 ZNRF3Q9ULT6 936 aa14.65□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 MAP3K2Q9Y2U5 619 aa14.65□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 UTYO14607 1347 aa14.65□□□□□ -0.06
USP54-209ENST00000464635 RAD17O75943 681 aa14.64□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 PCCAP05165 728 aaPredicted RBP14.64□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 IGKV5-2P06315 115 aa14.64□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 GPSM2P81274 684 aa14.64□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 TMC4Q7Z404 712 aa14.64□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 PNMA8AQ86V59 439 aaPredicted RBP14.64□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 CCDC191Q8NCU4 936 aa14.64□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 LINS1Q8NG48 757 aa14.64□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 GPR101Q96P66 508 aaPredicted RBP14.64□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 CCDC85AQ96PX6 553 aaPredicted RBP14.64□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 VPS33BQ9H267 617 aa14.64□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 CWC25Q9NXE8 425 aaPredicted RBP14.64□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 PSME4Q14997 1843 aa14.64□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 F6X3S4 739 aa14.63□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 GMPSP49915 693 aaPredicted RBP14.63□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 NUCB1Q02818 461 aa14.63□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 FMR1Q06787 632 aaKnown RBP eCLIP14.63□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 IFFO2Q5TF58 517 aa14.63□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 CIAPIN1Q6FI81 312 aa14.63□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 SLC4A10Q6U841 1118 aa14.63□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 CNTROBQ8N137 903 aa14.63□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 USP44Q9H0E7 712 aa14.63□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 GPRC5DQ9NZD1 345 aa14.63□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 POLLQ9UGP5 575 aa14.63□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 NSFL1CQ9UNZ2 370 aaKnown RBP14.63□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 CNTNAP1P78357 1384 aa14.62□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 SHTN1A0MZ66 631 aa14.62□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 HSPA1AP0DMV8 641 aaKnown RBP14.62□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 HSPA1BP0DMV9 641 aaKnown RBP14.62□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 ATP8B2P98198 1209 aa14.62□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 CWF19L2Q2TBE0 894 aaKnown RBP14.62□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 CEP85Q6P2H3 762 aa14.62□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 SIRT2Q8IXJ6 389 aa14.62□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 MEIS3Q99687 375 aa14.62□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 ZNF646O15015 1829 aaPredicted RBP14.62□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 TMEM88BA6NKF7 163 aa14.61□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 RIMBP2O15034 1052 aa14.61□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 RPS8P62241 208 aaKnown RBP14.61□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 MTX1Q13505 466 aa14.61□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 DBNDD1Q9H9R9 158 aa14.61□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 A0A1B0GUL6 1792 aa14.6□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 C6orf229H3BNL8 230 aa14.6□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 TRAF5O00463 557 aa14.6□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 PDE8AO60658 829 aa14.6□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 NEXNQ0ZGT2 675 aa14.6□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 USP50Q70EL3 339 aaPredicted RBP14.6□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 CDHR2Q9BYE9 1310 aa14.6□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 THSD7BQ9C0I4 1608 aa14.59□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 NEURL1BA8MQ27 555 aa14.59□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 UBTFL1P0CB47 393 aaPredicted RBP14.59□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 CTSWP56202 376 aa14.59□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 DOK7Q18PE1 504 aa14.59□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 WASHC4Q2M389 1173 aa14.59□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 CCDC152Q4G0S7 254 aa14.59□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 COL13A1Q5TAT6 717 aaPredicted RBP14.59□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 TBC1D16Q8TBP0 767 aa14.59□□□□□ -0.07
USP54-209ENST00000464635 TRPM4Q8TD43 1214 aa14.59□□□□□ -0.07
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 21.9 ms