RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000466048.6

USP54-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 5

Gene USP54, Length 4,674 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-210ENST00000466048 ORAI3Q9BRQ5 295 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 C11orf54Q9H0W9 315 aaPredicted RBP7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 OPA3Q9H6K4 179 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 NOX3Q9HBY0 568 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 RHCGQ9UBD6 479 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 FBXL3Q9UKT7 428 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 SLC6A5Q9Y345 797 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 EMC9Q9Y3B6 208 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 ATG2BQ96BY7 2078 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 HEATR5BQ9P2D3 2071 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 TMEM229AB2RXF0 380 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 H7C1Q1 480 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 SLC33A1O00400 549 aaPredicted RBP7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 CDK2AP1O14519 115 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 EIF1BO60739 113 aaKnown RBP7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 LDB3O75112 727 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 UBL3O95164 117 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 GASTP01350 101 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 SCG5P05408 212 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 PYCR1P32322 319 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 PPICP45877 212 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 UBE2NP61088 152 aaKnown RBP7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 HERV-K104P61576 105 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 DEFB109BQ30KR1 87 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 ZNF750Q32MQ0 723 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 ARHGAP11AQ6P4F7 1023 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 SPIN2AQ99865 258 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 MICU1Q9BPX6 476 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 SPIN2BQ9BPZ2 258 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 GRHPRQ9UBQ7 328 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 COPS3Q9UNS2 423 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 BOLA1Q9Y3E2 137 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 FIGNL2A6NMB9 653 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 ZNF705GA8MUZ8 300 aaPredicted RBP7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 HSBP1L1C9JCN9 74 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 K7ESF4 209 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 FGF17O60258 216 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 SERPINA7P05543 415 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 CELA2BP08218 269 aaPredicted RBP7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 GIPP09681 153 aaPredicted RBP7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 LIPCP11150 499 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 ZP3P21754 424 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 ACP1P24666 158 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 SSTR2P30874 369 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 GABRA5P31644 462 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 PTH2RP49190 550 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 MECP2P51608 486 aaKnown RBP7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 TLE3Q04726 772 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 TSPAN31Q12999 210 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 FCN2Q15485 313 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 ENTPD8Q5MY95 495 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 WBP2NLQ6ICG8 309 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 C1orf94Q6P1W5 598 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 GDPD3Q7L5L3 318 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 GPAT4Q86UL3 456 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 C17orf82Q86X59 251 aaPredicted RBP7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 SKA3Q8IX90 412 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 ZNF680Q8NEM1 530 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 OR4Q3Q8NH05 313 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 DCUN1D4Q92564 292 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 GGHQ92820 318 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 MAP6Q96JE9 813 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 CSF3RQ99062 836 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 SLC25A19Q9HC21 320 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 MED17Q9NVC6 651 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 A4GNTQ9UNA3 340 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 A0A087WZY1 265 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 PRAMEF25A6NGN4 478 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 AMY2AP04746 511 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 SFTPBP07988 381 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 ADORA3P0DMS8 318 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 POLR2IP36954 125 aaKnown RBP7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 KCNAB1Q14722 419 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 RBMS2Q15434 407 aaKnown RBP7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 ZNF585AQ6P3V2 769 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 IL20RBQ6UXL0 311 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 TMPPEQ6ZT21 453 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 ZNF561Q8N587 486 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 DYNC2LI1Q8TCX1 351 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 GIMAP1Q8WWP7 306 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 NSMAFQ92636 917 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 RAB3CQ96E17 227 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 SDF2Q99470 211 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 NIPSNAP1Q9BPW8 284 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 FBXL4Q9UKA2 621 aa7□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 LRP4O75096 1905 aa6.99□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 TRBV2A0A0J9YWF9 115 aa6.99□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 A0A1W2PS29 197 aa6.99□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 CDHR4A6H8M9 788 aa6.99□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 RAB3DO95716 219 aa6.99□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 F10P00742 488 aa6.99□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 PTHP01270 115 aa6.99□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 SUMO3P55854 103 aaPredicted RBP6.99□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 TMPRSS3P57727 454 aa6.99□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 PRPS1P60891 318 aa6.99□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 C19orf57Q0VDD7 668 aa6.99□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 PIN1Q13526 163 aaPredicted RBP6.99□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 PRICKLE4Q2TBC4 344 aa6.99□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 FIGNL1Q6PIW4 674 aa6.99□□□□□ -1.29
USP54-210ENST00000466048 ALKAL2Q6UX46 152 aa6.99□□□□□ -1.29
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 27.6 ms