RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000601816.3

PNKP-216, Transcript of polynucleotide kinase 3'-phosphatase, human

TSL 3

Gene PNKP, Length 682 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PNKP-216	ENST00000601816	MAP3K2	Q9Y2U5	619 aa		33.47	■■■□□ 2.95
PNKP-216	ENST00000601816	PPIP5K2	O43314	1243 aa		33.46	■■■□□ 2.95
PNKP-216	ENST00000601816	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	33.46	■■■□□ 2.95
PNKP-216	ENST00000601816	DPP8	Q6V1X1	898 aa	Predicted RBP	33.46	■■■□□ 2.95
PNKP-216	ENST00000601816	KSR2	Q6VAB6	950 aa		33.45	■■■□□ 2.95
PNKP-216	ENST00000601816	NIM1K	Q8IY84	436 aa		33.45	■■■□□ 2.95
PNKP-216	ENST00000601816	GPC2	Q8N158	579 aa		33.45	■■■□□ 2.95
PNKP-216	ENST00000601816	MPND	Q8N594	471 aa		33.45	■■■□□ 2.95
PNKP-216	ENST00000601816	VPS33B	Q9H267	617 aa		33.45	■■■□□ 2.95
PNKP-216	ENST00000601816	SCN4A	P35499	1836 aa		33.44	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	PI4KAP2	A4QPH2	592 aa		33.44	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	PI4KAP1	Q8N8J0	262 aa		33.44	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	RTFDC1	Q9BY42	306 aa	Predicted RBP	33.44	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	TAF1D	Q9H5J8	278 aa	Predicted RBP	33.44	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	SLC4A2	P04920	1241 aa		33.43	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	PCCA	P05165	728 aa	Predicted RBP	33.43	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	AOC3	Q16853	763 aa		33.43	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	HACL1	Q9UJ83	578 aa		33.43	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	TAF1	P21675	1872 aa		33.42	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	HTRA3	P83110	453 aa		33.41	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	CHADL	Q6NUI6	762 aa		33.41	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	G2E3	Q7L622	706 aa		33.41	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	CELF1	Q92879	486 aa	Known RBP	33.41	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	GJA3	Q9Y6H8	435 aa		33.41	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	POTEI	P0CG38	1075 aa		33.4	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	POTEJ	P0CG39	1038 aa		33.4	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	NEXN	Q0ZGT2	675 aa		33.4	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	DNAJC5G	Q8N7S2	189 aa		33.4	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	EXOSC9	Q06265	439 aa	Known RBP	33.39	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	LDHD	Q86WU2	507 aa		33.39	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	LRRC37A	A6NMS7	1700 aa		33.39	■■■□□ 2.94
PNKP-216	ENST00000601816	EPHX2	P34913	555 aa		33.38	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	JARID2	Q92833	1246 aa	Predicted RBP	33.38	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	MYH16	Q9H6N6	1097 aa		33.38	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	PDE8A	O60658	829 aa		33.37	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	VAMP4	O75379	141 aa		33.37	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	IGKV5-2	P06315	115 aa		33.37	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	33.37	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	KIAA2012	Q0VF49	1180 aa		33.36	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	FLII	Q13045	1269 aa		33.36	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	EAPP	Q56P03	285 aa	Predicted RBP	33.36	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	CCDC152	Q4G0S7	254 aa		33.35	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	ZNRF3	Q9ULT6	936 aa		33.35	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	CDHR2	Q9BYE9	1310 aa		33.34	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	COL4A1	P02462	1669 aa		33.34	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	LMOD1	P29536	600 aa	Predicted RBP	33.34	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	RPS8	P62241	208 aa	Known RBP	33.34	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	DUOX1	Q9NRD9	1551 aa		33.34	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	FKBP5	Q13451	457 aa	Predicted RBP	33.33	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	PNMA8A	Q86V59	439 aa	Predicted RBP	33.33	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	NSFL1C	Q9UNZ2	370 aa	Known RBP	33.33	■■■□□ 2.93
PNKP-216	ENST00000601816	NEURL1B	A8MQ27	555 aa		33.32	■■■□□ 2.92
PNKP-216	ENST00000601816	CWF19L2	Q2TBE0	894 aa	Known RBP	33.32	■■■□□ 2.92
PNKP-216	ENST00000601816	SEC31B	Q9NQW1	1179 aa		33.32	■■■□□ 2.92
PNKP-216	ENST00000601816	KLRG1	Q96E93	195 aa		33.31	■■■□□ 2.92
PNKP-216	ENST00000601816	CLEC11A	Q9Y240	323 aa		33.31	■■■□□ 2.92
PNKP-216	ENST00000601816	CCDC85A	Q96PX6	553 aa	Predicted RBP	33.3	■■■□□ 2.92
PNKP-216	ENST00000601816	SCNN1D	P51172	638 aa		33.29	■■■□□ 2.92
PNKP-216	ENST00000601816	GPSM2	P81274	684 aa		33.29	■■■□□ 2.92
PNKP-216	ENST00000601816	CXCL9	Q07325	125 aa		33.29	■■■□□ 2.92
PNKP-216	ENST00000601816	CTSW	P56202	376 aa		33.28	■■■□□ 2.92
PNKP-216	ENST00000601816	DNAAF4	Q8WXU2	420 aa		33.28	■■■□□ 2.92
PNKP-216	ENST00000601816	CACNA1F	O60840	1977 aa		33.27	■■■□□ 2.92
PNKP-216	ENST00000601816	C6orf229	H3BNL8	230 aa		33.27	■■■□□ 2.92
PNKP-216	ENST00000601816	WASHC4	Q2M389	1173 aa		33.27	■■■□□ 2.92
PNKP-216	ENST00000601816	LTBP1	Q14766	1721 aa		33.27	■■■□□ 2.92
PNKP-216	ENST00000601816	ZNF521	Q96K83	1311 aa		33.27	■■■□□ 2.92
PNKP-216	ENST00000601816	ADAMTSL1	Q8N6G6	1762 aa		33.26	■■■□□ 2.92
PNKP-216	ENST00000601816	CIAPIN1	Q6FI81	312 aa		33.26	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	EPS15	P42566	896 aa		33.25	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	POLL	Q9UGP5	575 aa		33.25	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	GCKR	Q14397	625 aa		33.24	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	TNIP1	Q15025	636 aa		33.24	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	UBE3B	Q7Z3V4	1068 aa		33.24	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	ANKRD18A	Q8IVF6	992 aa		33.24	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	EYA3	Q99504	573 aa		33.24	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816		H7C1W4	665 aa		33.23	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	RAD17	O75943	681 aa		33.23	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	LINS1	Q8NG48	757 aa		33.23	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	PASK	Q96RG2	1323 aa		33.23	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	RIMBP2	O15034	1052 aa		33.22	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	TTLL11	Q8NHH1	800 aa		33.22	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	TBC1D16	Q8TBP0	767 aa		33.22	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	CDC5L	Q99459	802 aa	Known RBP	33.22	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	PODXL2	Q9NZ53	605 aa		33.22	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	GPRC5D	Q9NZD1	345 aa		33.22	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	YDJC	A8MPS7	323 aa		33.21	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	GMPS	P49915	693 aa	Predicted RBP	33.21	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	CREBZF	Q9NS37	354 aa		33.21	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	ANKIB1	Q9P2G1	1089 aa		33.21	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	ITGBL1	O95965	494 aa	Predicted RBP	33.2	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	MAP1S	Q66K74	1059 aa	Predicted RBP	33.2	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	USP50	Q70EL3	339 aa	Predicted RBP	33.2	■■■□□ 2.91
PNKP-216	ENST00000601816	CNTROB	Q8N137	903 aa		33.19	■■■□□ 2.9
PNKP-216	ENST00000601816	JMY	Q8N9B5	988 aa		33.19	■■■□□ 2.9
PNKP-216	ENST00000601816	GPR101	Q96P66	508 aa	Predicted RBP	33.19	■■■□□ 2.9
PNKP-216	ENST00000601816	BCL2L13	Q9BXK5	485 aa		33.19	■■■□□ 2.9
PNKP-216	ENST00000601816	GREM2	Q9H772	168 aa		33.19	■■■□□ 2.9
PNKP-216	ENST00000601816	DBNDD1	Q9H9R9	158 aa		33.19	■■■□□ 2.9
PNKP-216	ENST00000601816	GGA1	Q9UJY5	639 aa		33.19	■■■□□ 2.9

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