RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568232.1

CLK3-222, Transcript of CDC like kinase 3, human

Gene CLK3, Length 958 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLK3-222	ENST00000568232	EXOSC6	Q5RKV6	272 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	TEX29	Q8N6K0	151 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	NUP37	Q8NFH4	326 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	OR4F15	Q8NGB8	312 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	DVL3	Q92997	716 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	YIPF5	Q969M3	257 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ARL8A	Q96BM9	186 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	C1orf147	Q96MC9	270 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	MS4A4E	Q96PG1	132 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	OR11A1	Q9GZK7	315 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SLITRK2	Q9H156	845 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	DPH5	Q9H2P9	285 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF442	Q9H7R0	627 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	NTN4	Q9HB63	628 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SLC52A3	Q9NQ40	469 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SERINC1	Q9NRX5	453 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF275	Q9NSD4	429 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SIRT5	Q9NXA8	310 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	PDP1	Q9P0J1	537 aa	Predicted RBP	10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	FLVCR1	Q9Y5Y0	555 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	KCNE3	Q9Y6H6	103 aa		10.12	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232		A8MT66	165 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	EIF3H	O15372	352 aa	Known RBP eCLIP	10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	PDPK1	O15530	556 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF264	O43296	627 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	PPIH	O43447	177 aa	Known RBP	10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	CYP7B1	O75881	506 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	MPZL1	O95297	269 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	LGI1	O95970	557 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	EFNA1	P20827	205 aa	Predicted RBP	10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ATP6V1C1	P21283	382 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	FPR2	P25090	351 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SERPINB8	P50452	374 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	OR2B6	P58173	313 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	IL13RA1	P78552	427 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	UNC50	Q53HI1	259 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF311	Q5JNZ3	666 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ZHX1-C8orf76	Q96EF9	292 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	C1QTNF3	Q9BXJ4	246 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	PARPBP	Q9NWS1	579 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SLC9A8	Q9Y2E8	581 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	DTNA	Q9Y4J8	743 aa		10.11	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232		A0A096LPE4	126 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232		A0A1W2PPZ6	126 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	OR6C65	A6NJZ3	312 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	NPIPB9	F8W1W9	429 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	EIF4E2	O60573	245 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SUPT7L	O94864	414 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	PMS2P2	O95744	297 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	HSPA4L	O95757	839 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	FSHB	P01225	129 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	IGLV1-44	P01699	117 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	UBL4A	P11441	157 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ACHE	P22303	614 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	STX2	P32856	288 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ATP12A	P54707	1039 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	H3F3A	P84243	136 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	GUCY2D	Q02846	1103 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SKP2	Q13309	424 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	NAB1	Q13506	487 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	MSMP	Q1L6U9	139 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ATP6AP1L	Q52LC2	224 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	C1QTNF12	Q5T7M4	302 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ACSM5	Q6NUN0	579 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	LEG1	Q6P5S2	330 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	RBMS3	Q6XE24	437 aa	Known RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	GPRIN3	Q6ZVF9	776 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	RIBC1	Q8N443	379 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	TMEM151A	Q8N4L1	468 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	OR1K1	Q8NGR3	316 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	RDH5	Q92781	318 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	AURKB	Q96GD4	344 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	BOD1	Q96IK1	185 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ANKRD27	Q96NW4	1050 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ZNF382	Q96SR6	550 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	HOXD1	Q9GZZ0	328 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	RRAGD	Q9NQL2	400 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	CTPS2	Q9NRF8	586 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	TMEM45A	Q9NWC5	275 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	CRNN	Q9UBG3	495 aa	Predicted RBP	10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	REV1	Q9UBZ9	1251 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	OPN4	Q9UHM6	478 aa		10.1	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232		A0A0G2JMP0	313 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	CENPVL1	A0A0U1RR11	272 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232		A0A0X1KG70	313 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	VSTM5	A8MXK1	200 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	DNAJA2	O60884	412 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	HMGN2	P05204	90 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	ANPEP	P15144	967 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	CCNA2	P20248	432 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	OMG	P23515	440 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	GCH1	P30793	250 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	MAGEA4	P43358	317 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SEC24C	P53992	1094 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	FOXA1	P55317	472 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	TMEM33	P57088	247 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	UBE2N	P61088	152 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	LASP1	Q14847	261 aa	Known RBP	10.09	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SLC17A1	Q14916	467 aa		10.09	□□□□□ -0.79
CLK3-222	ENST00000568232	SLC9B1	Q4ZJI4	515 aa		10.09	□□□□□ -0.79

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