RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469511.1

PTPN4-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 476 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-209	ENST00000469511	DOK1	Q99704	481 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	RBBP8	Q99708	897 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	NAT9	Q9BTE0	207 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	LMF2	Q9BU23	707 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	KRTAP17-1	Q9BYP8	105 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TPK1	Q9H3S4	243 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	LZTFL1	Q9NQ48	299 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC35C2	Q9NQQ7	365 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PAQR5	Q9NXK6	330 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM53C	Q9NYF3	392 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TAS2R9	Q9NYW1	312 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PDP1	Q9P0J1	537 aa	Predicted RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF225	Q9UK10	706 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	USP22	Q9UPT9	525 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	WBP11	Q9Y2W2	641 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FKBP7	Q9Y680	259 aa		4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	EPPK1	P58107	5090 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	BIRC6	Q9NR09	4857 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511		A0A087WZY1	265 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	IGHV1-18	A0A0C4DH31	117 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF716	A6NP11	495 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	MYO1G	B0I1T2	1018 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511		B4DSR2	109 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	NR5A2	O00482	541 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CYTIP	O60759	359 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	BCAS2	O75934	225 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CELA3B	P08861	270 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	LTA4H	P09960	611 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	OR4A8	P0C604	315 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ACP2	P11117	423 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	GFAP	P14136	432 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	MDK	P21741	143 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	OMG	P23515	440 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CALCR	P30988	508 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ARL1	P40616	181 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	MAP3K8	P41279	467 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FNTA	P49354	379 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	HTR6	P50406	440 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	IDH3G	P51553	393 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CDH13	P55290	713 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	LMO4	P61968	165 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SNRPD2	P62316	118 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TUBA1B	P68363	451 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TUBA4A	P68366	448 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PHEX	P78562	749 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	MRPS25	P82663	173 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF117	Q03924	483 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	HGFAC	Q04756	655 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	HNRNPA0	Q13151	305 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FRG1	Q14331	258 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PPP1R7	Q15435	360 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	HIKESHI	Q53FT3	197 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	GLE1	Q53GS7	698 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PDSS1	Q5T2R2	415 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TTC19	Q6DKK2	380 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	KLHL17	Q6TDP4	642 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TUBA1A	Q71U36	451 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	RHOU	Q7L0Q8	258 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF551	Q7Z340	670 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	GLCCI1	Q86VQ1	547 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	P2RY8	Q86VZ1	359 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CDK20	Q8IZL9	346 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM9C	Q8IZT9	166 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	BCL6B	Q8N143	479 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF786	Q8N393	782 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SIGLECL1	Q8N7X8	197 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ZFP90	Q8TF47	636 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	C16orf78	Q8WTQ4	265 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	YIPF5	Q969M3	257 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	LRRC58	Q96CX6	371 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	C16orf58	Q96GQ5	468 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	APIP	Q96GX9	242 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	REXO5	Q96IC2	774 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	EBPL	Q9BY08	206 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	RACGAP1	Q9H0H5	632 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	QRSL1	Q9H0R6	528 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PLK3	Q9H4B4	646 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	GLIPR2	Q9H4G4	154 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	EQTN	Q9NQ60	294 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	G6PC2	Q9NQR9	355 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC17A5	Q9NRA2	495 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC7A10	Q9NS82	523 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CPSF2	Q9P2I0	782 aa	Known RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PSME2	Q9UL46	239 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	C19orf53	Q9UNZ5	99 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CARD8	Q9Y2G2	431 aa		4.55	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	GIMAP1-GIMAP5	A0A087WTJ2	511 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF724	A8MTY0	619 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511		B9A039	149 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511		E7ESA3	106 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	UGDH	O60701	494 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PDE5A	O76074	875 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	OR4F21	O95013	312 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	NKX2-2	O95096	273 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	MSMB	P08118	114 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	PABPC4L	P0CB38	370 aa	Known RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	GAA	P10253	952 aa		4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	CDH2	P19022	906 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	TCN1	P20061	433 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68
PTPN4-209	ENST00000469511	EFNA1	P20827	205 aa	Predicted RBP	4.54	□□□□□ -1.68

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