RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000414879.5

PTPRF-205, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 2

Gene PTPRF, Length 4,836 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-205	ENST00000414879	APOBEC1	P41238	236 aa	Known RBP	11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	PPP2CB	P62714	309 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	PPP2CA	P67775	309 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	PRKCD	Q05655	676 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	NFATC3	Q12968	1075 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	SELPLG	Q14242	412 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	NXNL2	Q5VZ03	156 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	ASTL	Q6HA08	431 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	GRINA	Q7Z429	371 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	DOK4	Q8TEW6	326 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	SLC6A17	Q9H1V8	727 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	CARD8	Q9Y2G2	431 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	KIAA1217	Q5T5P2	1943 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	INMT-MINDY4	F8WBC2	141 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879		H3BML4	177 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	TSPAN12	O95859	305 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	IFNA7	P01567	189 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	CD22	P20273	847 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	MAP2K3	P46734	347 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	CAMK2D	Q13557	499 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	WDR88	Q6ZMY6	472 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	MED25	Q71SY5	747 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	LNX2	Q8N448	690 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	B3GNT7	Q8NFL0	401 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	OR5D14	Q8NGL3	314 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	IFI44	Q8TCB0	444 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	SLC19A3	Q9BZV2	496 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	ENPP5	Q9UJA9	477 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	LOC285556	D6RIA3	1793 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	WDR90	Q96KV7	1748 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	ADAM23	O75077	832 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	NID1	P14543	1247 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	ETV6	P41212	452 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	GXYLT1	Q4G148	440 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	FAM180B	Q6P0A1	224 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	TMEM205	Q6UW68	189 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	DLEU7	Q6UYE1	221 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	RNF175	Q8N4F7	328 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	TP53I13	Q8NBR0	393 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	GALNT6	Q8NCL4	622 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	CHDH	Q8NE62	594 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	VRK1	Q99986	396 aa	Predicted RBP	11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	GAL3ST1	Q99999	423 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	KCNIP1	Q9NZI2	227 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	ABRACL	Q9P1F3	81 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	SH2B3	Q9UQQ2	575 aa		11.12	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	PRAMEF25	A6NGN4	478 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	RRP8	O43159	456 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	SUSD5	O60279	629 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	CCNJ	Q5T5M9	372 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	KLHDC8B	Q8IXV7	354 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	SPART	Q8N0X7	666 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879		Q8N402	240 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	IQCF1	Q8N6M8	205 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	WAC	Q9BTA9	647 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	PAQR5	Q9NXK6	330 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	SLAMF8	Q9P0V8	285 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	TMEM184B	Q9Y519	407 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	CDHR4	A6H8M9	788 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	ARRDC5	A6NEK1	342 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	NUDT21	O43809	227 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	IL1A	P01583	271 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	CLU	P10909	449 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF35	P13682	527 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	RAB3A	P20336	220 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	CRHBP	P24387	322 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	TRIM23	P36406	574 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	FAM160A2	Q8N612	972 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	OR2A1	Q8NGT9	310 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	OR8S1	Q8NH09	359 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	AKAP1	Q92667	903 aa	Known RBP eCLIP	11.11	□□□□□ -0.63	5e-7	■■■□□ 15.9
PTPRF-205	ENST00000414879	RELT	Q969Z4	430 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	WDR34	Q96EX3	536 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	USP36	Q9P275	1121 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	KLHL9	Q9P2J3	617 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	TP53	P04637	393 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	CHM	P24386	653 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	TACR3	P29371	465 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	ERVK-25	P63136	954 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	GPR176	Q14439	515 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	ZMYND11	Q15326	602 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	RSU1	Q15404	277 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	ODF4	Q2M2E3	257 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	RAB12	Q6IQ22	244 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF322	Q6U7Q0	402 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	IL20RB	Q6UXL0	311 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	MRPL21	Q7Z2W9	205 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	SLC22A16	Q86VW1	577 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	SIDT1	Q9NXL6	827 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	TBC1D24	Q9ULP9	559 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	GPR52	Q9Y2T5	361 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	METTL15	A6NJ78	407 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	OR6C65	A6NJZ3	312 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879		I6L893	689 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	FRS3	O43559	492 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	GCH1	P30793	250 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	ENTPD1	P49961	510 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	MAT1A	Q00266	395 aa	Known RBP	11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	DUSP8	Q13202	625 aa		11.11	□□□□□ -0.63
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF791	Q3KP31	576 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63

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