RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000414879.5

PTPRF-205, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 2

Gene PTPRF, Length 4,836 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-205	ENST00000414879	GKN3P	P0CG01	181 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	BCL6	P41182	706 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	SSR4	P51571	173 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	MRPS10	P82664	201 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	HNRNPA0	Q13151	305 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	RNASE12	Q5GAN4	147 aa	Known RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	TMEM244	Q5VVB8	128 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	LIPK	Q5VXJ0	399 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	TMEM207	Q6UWW9	146 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	OR5D16	Q8NGK9	328 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	BAHD1	Q8TBE0	780 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	TMEM163	Q8TC26	289 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	NEDD4L	Q96PU5	975 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ENAM	Q9NRM1	1142 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	MGAT4A	Q9UM21	535 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	IGLV3-16	A0A075B6K0	115 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CLIC3	O95833	236 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	HRG	P04196	525 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	PSKH1	P11801	424 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	IGFBP6	P24592	240 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	NAA10	P41227	235 aa	Predicted RBP	11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	PGGHG	Q32M88	737 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	LHFPL3	Q86UP9	236 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	SLC35F2	Q8IXU6	374 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	MAP3K3	Q99759	626 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	DPH1	Q9BZG8	443 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	C20orf27	Q9GZN8	174 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	PFDN2	Q9UHV9	154 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	GMEB1	Q9Y692	573 aa		11.19	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	UBFD1	O14562	309 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF749	O43361	778 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	HCRTR1	O43613	425 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	SIGLEC6	O43699	453 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	EIF1B	O60739	113 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	MRPL3	P09001	348 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	HOXB9	P17482	250 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	HERV-K104	P61576	105 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	FAM53B	Q14153	422 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	TMEM201	Q5SNT2	666 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ARMC10	Q8N2F6	343 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	FAM46B	Q96A09	425 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	RFT1	Q96AA3	541 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	FOXRED1	Q96CU9	486 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	MS4A6E	Q96DS6	147 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ELP4	Q96EB1	424 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	FOLH1B	Q9HBA9	442 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	GPRIN2	O60269	458 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	PPP1R3D	O95685	299 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	TACR1	P25103	407 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	GALK2	Q01415	458 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	MFSD12	Q6NUT3	480 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	LRFN4	Q6PJG9	635 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	SPRED1	Q7Z699	444 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ZNF683	Q8IZ20	524 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ESX1	Q8N693	406 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	OR5AK2	Q8NH90	309 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	SLC25A43	Q8WUT9	341 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	SLC38A5	Q8WUX1	472 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	DAPP1	Q9UN19	280 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	HEMK1	Q9Y5R4	338 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	MYOCOS	A0A1B0GUC4	107 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	TMEM202	A6NGA9	273 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	ATE1	O95260	518 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	THBS1	P07996	1170 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	HNRNPF	P52597	415 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	C4orf46	Q504U0	113 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	EEF1A1P5	Q5VTE0	462 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	KIAA1211L	Q6NV74	962 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CYHR1	Q6ZMK1	362 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	GALNTL5	Q7Z4T8	443 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	KLB	Q86Z14	1044 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CPO	Q8IVL8	374 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	MMP21	Q8N119	569 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	SLC7A13	Q8TCU3	470 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	GPR148	Q8TDV2	347 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	NINJ1	Q92982	152 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	INTS14	Q96SY0	518 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	OR52D1	Q9H346	318 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	GLIPR2	Q9H4G4	154 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	SMURF1	Q9HCE7	757 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	C2CD4D	B7Z1M9	353 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	CISD3	P0C7P0	127 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	GLB1	P16278	677 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	PBX2	P40425	430 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	HTR4	Q13639	388 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	EXOSC7	Q15024	291 aa	Known RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	SYPL1	Q16563	259 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	PRSS36	Q5K4E3	855 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	PODNL1	Q6PEZ8	512 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	BORA	Q6PGQ7	559 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	RETREG3	Q86VR2	466 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	RSC1A1	Q92681	617 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	OR6C1	Q96RD1	312 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	SAP130	Q9H0E3	1048 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	STARD5	Q9NSY2	213 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	TEX10	Q9NXF1	929 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	TBC1D29	Q9UFV1	150 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	C19orf53	Q9UNZ5	99 aa	Predicted RBP	11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	PCDHGA8	Q9Y5G5	932 aa		11.18	□□□□□ -0.62
PTPRF-205	ENST00000414879	WIF1	Q9Y5W5	379 aa		11.18	□□□□□ -0.62

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