RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000333496.14

CLN3-201, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,608 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-201ENST00000333496 ABCE1P61221 599 aaKnown RBP14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 HSF1Q00613 529 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 HLA-DQA1Q5Y7H0 255 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 SLC22A10Q63ZE4 541 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 TAGAPQ8N103 731 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 ZNF781Q8N8C0 355 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 OR7G2Q8NG99 324 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 OR10G3Q8NGC4 313 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 PPP1R14CQ8TAE6 165 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 SSC4DQ8WTU2 575 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 TSSK3Q96PN8 268 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 PSMG3-AS1Q96PY0 264 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 BBS4Q96RK4 519 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 SORT1Q99523 831 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 CCT7Q99832 543 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 SACM1LQ9NTJ5 587 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 RYDENQ9NUL5 291 aaKnown RBP14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 GIMAP4Q9NUV9 329 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 TMED5Q9Y3A6 229 aa14.57□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 TMEM114B3SHH9 223 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 LRRTM2O43300 516 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 PEX11AO75192 247 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 HSPA4LO95757 839 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 LDLRP01130 860 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 JUNP05412 331 aaKnown RBP14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 BGNP21810 368 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 MPIP34949 423 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 PIGAP37287 484 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 FOXO1Q12778 655 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 NNATQ16517 81 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 C4orf17Q53FE4 359 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 ZNF385BQ569K4 471 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 CMPK2Q5EBM0 449 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 ANKRD26P1Q6NSI1 321 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 FAM47EQ6ZV65 393 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 DND1Q8IYX4 353 aaKnown RBP14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 PRR22Q8IZ63 422 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 ANKRD42Q8N9B4 389 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 FAM13CQ8NE31 585 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 OR52N2Q8NGI0 321 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 CLHC1Q8NHS4 586 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 CCT8L2Q96SF2 557 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 FAM173AQ9BQD7 235 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 GLIPR2Q9H4G4 154 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 CFL2Q9Y281 166 aa14.56□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 GMNCA6NCL1 334 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 TFECO14948 347 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 PLOD3O60568 738 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 GLSO94925 669 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 LRATO95237 230 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 P04436 131 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 BCKDHAP12694 445 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 ABCD3P28288 659 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 SLC1A6P48664 564 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 FBXW4P57775 412 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 C6orf136Q5SQH8 315 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 PRAMEF20Q5VT98 475 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 C1QL3Q5VWW1 255 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 FGD2Q7Z6J4 655 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 FAM9CQ8IZT9 166 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 OR5M3Q8NGP4 307 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 ERP27Q96DN0 273 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 LCORQ96JN0 433 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 PPP3R2Q96LZ3 170 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 TTTY12Q9BZ98 90 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 TUBA8Q9NY65 449 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 CNOT11Q9UKZ1 510 aaKnown RBP14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 ZNF835Q9Y2P0 537 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 PCNX1Q96RV3 2341 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 AKAP10O43572 662 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 GRK2P25098 689 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 NCBP2P52298 156 aaKnown RBP eCLIP14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 PDE7AQ13946 482 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 RPS6KA2Q15349 733 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 DESI1Q6ICB0 168 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 BNC2Q6ZN30 1099 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 FJX1Q86VR8 437 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 GHDCQ8N2G8 530 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 FBXW8Q8N3Y1 598 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 RELTQ969Z4 430 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 ZNF764Q96H86 408 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 AMDHD1Q96NU7 426 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 PAIP2Q9BPZ3 127 aaKnown RBP14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 REEP4Q9H6H4 257 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 PLSCR2Q9NRY7 297 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 INTS9Q9NV88 658 aaKnown RBP14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 PRODH2Q9UF12 536 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 HAO1Q9UJM8 370 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 GPR55Q9Y2T6 319 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 RAP2CQ9Y3L5 183 aa14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 USP9YO00507 2555 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 NCOA6Q14686 2063 aaPredicted RBP14.55□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 SLC19A2O60779 497 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 TBX19O60806 448 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 FLNBO75369 2602 aaKnown RBP14.54□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 BCAS2O75934 225 aaPredicted RBP14.54□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 CT45A8P0DMV1 189 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 CT45A9P0DMV2 189 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 DRD5P21918 477 aa14.54□□□□□ -0.08
CLN3-201ENST00000333496 MC3RP41968 323 aa14.54□□□□□ -0.08
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 30.3 ms