RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000544547.5

LIMS1-215, Transcript of LIM zinc finger domain containing 1, human

APPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMS1, Length 4,461 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LIMS1-215	ENST00000544547	HTATIP2	Q9BUP3	242 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	DISC1	C4P0D8	188 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	PITPNM1	O00562	1244 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	INPPL1	O15357	1258 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	ARPC5	O15511	151 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	RPS13	P62277	151 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	C9orf64	Q5T6V5	341 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	ZNF782	Q6ZMW2	699 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	IDO2	Q6ZQW0	420 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	UMODL1-AS1	Q8N2C9	162 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	TSNAX	Q99598	290 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	ACPT	Q9BZG2	426 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	ARHGAP39	Q9C0H5	1083 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	SLC28A3	Q9HAS3	691 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	TRPS1	Q9UHF7	1281 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547		A0A1B0GVM2	712 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	LOC285095	A0A1B0GVY8	99 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	SH3D21	A4FU49	640 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	ASPDH	A6ND91	283 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	PRAMEF11	O60813	436 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	RP2	O75695	350 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	WAS	P42768	502 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	LRRC37A5P	Q49AS3	106 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	FAM124A	Q86V42	546 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	DBF4B	Q8NFT6	615 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	CCDC115	Q96NT0	180 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	ZIC5	Q96T25	663 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	CPPED1	Q9BRF8	314 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	NIPAL2	Q9H841	368 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	A3GALT2	U3KPV4	340 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	HOXD8	P13378	290 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	JUND	P17535	347 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	PCMT1	P22061	227 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	GIF	P27352	417 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	SELENOW	P63302	87 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	SF3A2	Q15428	464 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	UPP1	Q16831	310 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	MPPE1	Q53F39	396 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	ALKAL2	Q6UX46	152 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	TMIGD1	Q6UXZ0	262 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	GDPGP1	Q6ZNW5	385 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	RLIM	Q9NVW2	624 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	SLC25A37	Q9NYZ2	338 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	MSRA	Q9UJ68	235 aa		13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	NDRG4	Q9ULP0	352 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	NDRG2	Q9UN36	371 aa	Known RBP	13.6	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	OR6C74	A6NCV1	312 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	GRXCR2	A6NFK2	248 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	URAD	A6NGE7	173 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	RPL4	P36578	427 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	ERVK-25	P63136	954 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	ARF5	P84085	180 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	MEF2A	Q02078	507 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	IER5L	Q5T953	404 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	DNAJB7	Q7Z6W7	309 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	KRT77	Q7Z794	578 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	SNX33	Q8WV41	574 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	ST6GAL2	Q96JF0	529 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	THAP7	Q9BT49	309 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	SORBS1	Q9BX66	1292 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	CLMP	Q9H6B4	373 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	FMO6P	O60774	539 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	FGB	P02675	491 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	HIST1H2AB	P04908	130 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	ARHGDIB	P52566	201 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	AP3S2	P59780	193 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	PITPNA	Q00169	270 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	KCNC4	Q03721	635 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	TOMM20	Q15388	145 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	CBLL1	Q75N03	491 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	HIST3H2A	Q7L7L0	130 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	ZBTB44	Q8NCP5	570 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	OR5J2	Q8NH18	312 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	PIGX	Q8TBF5	258 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	HMGB4	Q8WW32	186 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	HIST1H2AC	Q93077	130 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	PIGU	Q9H490	435 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	TREM1	Q9NP99	234 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	TMEM248	Q9NWD8	314 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	TMEFF2	Q9UIK5	374 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	MGAT4B	Q9UQ53	548 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	CACNB4	O00305	520 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	RGS13	O14921	159 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	ERVFC1	P60507	584 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	ZCCHC3	Q9NUD5	404 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	B3GNT2	Q9NY97	397 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	MARK1	Q9P0L2	795 aa		13.59	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547		A0A075B6Q4	140 aa		13.58	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	FAM86C2P	A6NEL3	165 aa		13.58	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	FAM170B	A6NMN3	283 aa		13.58	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	ADH1C	P00326	375 aa		13.58	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	C1QB	P02746	253 aa		13.58	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	ACVR1B	P36896	505 aa		13.58	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	RGN	Q15493	299 aa		13.58	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	SPRYD7	Q5W111	196 aa		13.58	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	PRSS55	Q6UWB4	352 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	ZNF280B	Q86YH2	543 aa		13.58	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	RERG	Q96A58	199 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	ZC3H10	Q96K80	434 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.23
LIMS1-215	ENST00000544547	MUSK	O15146	869 aa		13.58	□□□□□ -0.24

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