RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000469511.1

PTPN4-209, Transcript of protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 4, human

TSL 3

Gene PTPN4, Length 476 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPN4-209	ENST00000469511	TRIM14	Q14142	442 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	TFDP2	Q14188	446 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PRPSAP1	Q14558	356 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC10A1	Q14973	349 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	HSPB2	Q16082	182 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	DPY19L1	Q2PZI1	675 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	KLHL38	Q2WGJ6	581 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	DEFB134	Q4QY38	66 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	TSTD2	Q5T7W7	516 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	WLS	Q5T9L3	541 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	LRRC38	Q5VT99	294 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PTRHD1	Q6GMV3	140 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ITPRIPL1	Q6GPH6	555 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PODNL1	Q6PEZ8	512 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	TTC23L	Q6PF05	361 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	DARS2	Q6PI48	645 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PRSS57	Q6UWY2	283 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	BBS12	Q6ZW61	710 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ABHD13	Q7L211	337 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	HIPK1	Q86Z02	1210 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM109A	Q8N4B1	249 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	AFAP1L2	Q8N4X5	818 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ZNF740	Q8NDX6	193 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	OR4L1	Q8NH43	312 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	MAGEC3	Q8TD91	643 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	IGFBPL1	Q8WX77	278 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CTNNBL1	Q8WYA6	563 aa	Predicted RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	NCLN	Q969V3	563 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	TBC1D20	Q96BZ9	403 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PDLIM2	Q96JY6	352 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	BIRC8	Q96P09	236 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	RASL10B	Q96S79	203 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CHP1	Q99653	195 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PIP5K1A	Q99755	562 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SPNS1	Q9H2V7	528 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	RHBG	Q9H310	441 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	KLHL31	Q9H511	634 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	LDAH	Q9H6V9	325 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	UBTD1	Q9HAC8	227 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	IL1RL2	Q9HB29	575 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ANKH	Q9HCJ1	492 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	YAE1D1	Q9NRH1	226 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PNO1	Q9NRX1	252 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	DDX56	Q9NY93	547 aa	Known RBP	4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	JKAMP	Q9P055	326 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	B4GALT7	Q9UBV7	327 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ERVK-11	Q9UQG0	969 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SVEP1	Q4LDE5	3571 aa		4.85	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CAD	P27708	2225 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	TMEM82	A0PJX8	343 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	MACROD2	A1Z1Q3	448 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SH3D21	A4FU49	640 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	LRRC3C	A6NJW4	275 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511		A8MVJ9	347 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	EEF1E1-BLOC1S5	C9J1V9	151 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	GOLGA8K	D6RF30	607 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	GOLGA8T	H3BQL2	631 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	APOC4-APOC2	K7ER74	178 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	TXNDC9	O14530	226 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	DVL2	O14641	736 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PRMT5	O14744	637 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	EEF1E1	O43324	174 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	GPRIN2	O60269	458 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	GALR3	O60755	368 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SYF2	O95926	243 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	APOC2	P02655	101 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	GYPC	P04921	128 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	THBD	P07204	575 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CYC1	P08574	325 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	PKM	P14618	531 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	IMPA1	P29218	277 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	FMO4	P31512	558 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CYLC1	P35663	651 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	HNF4A	P41235	474 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ECI1	P42126	302 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SSR4	P51571	173 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CLCN2	P51788	898 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	GYS2	P54840	703 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	EIF3B	P55884	814 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	RAB8A	P61006	207 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CRADD	P78560	199 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ZBED6	P86452	979 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	RELA	Q04206	551 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ACVR1	Q04771	509 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	EGR3	Q06889	387 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CUL1	Q13616	776 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ACKR1	Q16570	336 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	SLC18A3	Q16572	532 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	HYAL4	Q2M3T9	481 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ACSF3	Q4G176	576 aa	Predicted RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ANKRD20A4	Q4UJ75	823 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	FASTKD1	Q53R41	847 aa	Known RBP	4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	DCST1	Q5T197	706 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	HEPHL1	Q6MZM0	1159 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	CYHR1	Q6ZMK1	362 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	MBOAT1	Q6ZNC8	495 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	FAM47E	Q6ZV65	393 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	OTOA	Q7RTW8	1153 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	LUZP2	Q86TE4	346 aa		4.84	□□□□□ -1.63
PTPN4-209	ENST00000469511	ASPG	Q86U10	573 aa		4.84	□□□□□ -1.63

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37 ms