RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484528.1

USP40-215, Transcript of ubiquitin specific peptidase 40, humanhuman

TSL 2

Gene USP40, Length 933 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP40-215ENST00000484528 HNRNPRO43390 633 aaKnown RBP20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 ERI3O43414 337 aaKnown RBP20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 H2AFYO75367 372 aaKnown RBP20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 SLC25A12O75746 678 aa20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 PRF1P14222 555 aa20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 STXBP1P61764 594 aaKnown RBP20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 ADNP2Q6IQ32 1131 aa20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 SLC25A25Q6KCM7 469 aa20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 TMIGD1Q6UXZ0 262 aa20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 MRGPRGQ86SM5 289 aa20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 SLC34A3Q8N130 599 aa20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 NFAM1Q8NET5 270 aaPredicted RBP20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 THAP3Q8WTV1 239 aaPredicted RBP20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 MAGED4Q96JG8 741 aa20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 PDLIM2Q96JY6 352 aa20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 FAR2Q96K12 515 aa20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 GPR137Q96N19 417 aa20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 DERL2Q9GZP9 239 aa20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 CLK4Q9HAZ1 481 aaKnown RBP20.17■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 ASPDHA6ND91 283 aa20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 TAPBPO15533 448 aa20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 MYO1DO94832 1006 aa20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 WISP3O95389 354 aaPredicted RBP20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 PPP2R1BP30154 601 aa20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 GMPRP36959 345 aa20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 HNRNPFP52597 415 aaKnown RBP20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 CASP6P55212 293 aa20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 MLF1P58340 268 aa20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 POU4F1Q01851 419 aa20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 RUNX2Q13950 521 aa20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 ZNF800Q2TB10 664 aaPredicted RBP eCLIP20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 TICAM1Q8IUC6 712 aa20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 KLHDC8AQ8IYD2 350 aa20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 CPSF7Q8N684 471 aaKnown RBP20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 HORMAD2Q8N7B1 307 aa20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 ARMC2Q8NEN0 867 aa20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 EXT2Q93063 718 aa20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 MS4A6EQ96DS6 147 aa20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 DEFB126Q9BYW3 111 aa20.16■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 TRBV11-1A0A0K0K1C0 115 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 TGFBR3LH3BV60 316 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 PRAMEF4O60810 478 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 CCDC166P0CW27 439 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 HSPA7P48741 367 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 CYB561P49447 251 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 HSF1Q00613 529 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 CALCOCO2Q13137 446 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 OR4D1Q15615 310 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 PRAMEF9Q5VWM5 478 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 ZNF227Q86WZ6 799 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 GPSM1Q86YR5 675 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 SNX31Q8N9S9 440 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 FAM47BQ8NA70 645 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 FAM98AQ8NCA5 519 aaKnown RBP20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 BBOF1Q8ND07 529 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 TMEM52Q8NDY8 209 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 CDKL2Q92772 493 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 TSPAN17Q96FV3 270 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 PNO1Q9NRX1 252 aaKnown RBP20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 DNAJC11Q9NVH1 559 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 TXNDC16Q9P2K2 825 aa20.15■□□□□ 0.82
USP40-215ENST00000484528 TCRBV9S1A1TA0A576 114 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 LRIT2A6NDA9 550 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 RAD51CO43502 376 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 NME2P1O60361 137 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 MLYCDO95822 493 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 CD1DP15813 335 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 NME2P22392 152 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 CERS1P27544 350 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 PLA2G16P53816 162 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 ADORA2A-AS1P86434 159 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 C2orf54Q08AI8 447 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 ART3Q13508 389 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 RNFT1Q5M7Z0 435 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 NCCRP1Q6ZVX7 275 aaPredicted RBP20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 VN1R5Q7Z5H4 357 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 CLNKQ7Z7G1 428 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 SIAH3Q8IW03 269 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 KRT78Q8N1N4 520 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 ZNF808Q8N4W9 903 aaPredicted RBP20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 APCDD1LQ8NCL9 501 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 TTLQ8NG68 377 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 SREK1Q8WXA9 508 aaKnown RBP20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 RBBP8Q99708 897 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 ERP44Q9BS26 406 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 PRTFDC1Q9NRG1 225 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 CD274Q9NZQ7 290 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 RNF14Q9UBS8 474 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 MMACHCQ9Y4U1 282 aa20.14■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 ANKDD1BA6NHY2 528 aa20.13■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 B3GALT2O43825 422 aa20.13■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 TBX6O95947 436 aaPredicted RBP20.13■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 SNRPB2P08579 225 aaKnown RBP20.13■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 ESRRAP11474 423 aaPredicted RBP20.13■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 ZNF24P17028 368 aa20.13■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 RAB38P57729 211 aa20.13■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 SLC13A2Q13183 592 aa20.13■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 KRTCAP3Q53RY4 240 aa20.13■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 XKR6Q5GH73 641 aa20.13■□□□□ 0.81
USP40-215ENST00000484528 MTFR2Q6P444 385 aa20.13■□□□□ 0.81
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 37.8 ms