RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000466048.6

USP54-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 5

Gene USP54, Length 4,674 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-210ENST00000466048 ZNF696Q9H7X3 374 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 C3orf14Q9HBI5 128 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 APOBEC3BQ9UH17 382 aaKnown RBP7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 SLCO3A1Q9UIG8 710 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 A0A0J9YVX5 310 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 NPIPB15A6NHN6 443 aaPredicted RBP7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 TTC34A8MYJ7 566 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 MID1O15344 667 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 PLOD3O60568 738 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 TIPRLO75663 272 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 HBQ1P09105 142 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 ACP5P13686 325 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 HGFP14210 728 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 PTX3P26022 381 aaPredicted RBP7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 SOAT1P35610 550 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 IDH2P48735 452 aaKnown RBP7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 ATP12AP54707 1039 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 ZXDBP98169 803 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 MERTKQ12866 999 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 GTF2H2Q13888 395 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 OGFOD2Q6N063 350 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 GTF2H2CQ6P1K8 395 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 TMEM184AQ6ZMB5 413 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 CXXC5Q7LFL8 322 aaKnown RBP7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 OFCC1Q8IZS5 231 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 PELI3Q8N2H9 469 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 SDR16C5Q8N3Y7 309 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 ZNF385DQ9H6B1 395 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 TRPV4Q9HBA0 871 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 MED11Q9P086 117 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 RABL2AQ9UBK7 228 aaPredicted RBP7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 PCTPQ9UKL6 214 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 SAMD4AQ9UPU9 718 aaKnown RBP7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 CCL26Q9Y258 94 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 OBSL1O75147 1896 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 HELZP42694 1942 aaKnown RBP7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 JUNDP17535 347 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 GNAZP19086 355 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 CD72P21854 359 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 CTSOP43234 321 aaPredicted RBP7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 MRPL19P49406 292 aaKnown RBP7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 RALGDSQ12967 914 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 XKR6Q5GH73 641 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 IQCF2Q8IXL9 164 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 ZNF671Q8TAW3 534 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 MYADMQ96S97 322 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 ABCG8Q9H221 673 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 KCNH6Q9H252 994 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 AASSQ9UDR5 926 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 EPHA6Q9UF33 1036 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 SERTAD3Q9UJW9 196 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 GRXCR2A6NFK2 248 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 H3BSA7 217 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 BCKDKO14874 412 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 TBX1O43435 398 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 MOSPD3O75425 235 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 MATN4O95460 622 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 MYL9P24844 172 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 CPOXP36551 454 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 CDH13P55290 713 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 TAS2R50P59544 299 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 EIF5AP63241 154 aaKnown RBP7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 ZNF45Q02386 682 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 FAM214AQ32MH5 1076 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 TRIM40Q6P9F5 258 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 ADIPOR2Q86V24 386 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 CAMKVQ8NCB2 501 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 FBXO30Q8TB52 745 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 C12orf43Q96C57 262 aaKnown RBP7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 BCL7BQ9BQE9 202 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 HDAC8Q9BY41 377 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 ZSCAN32Q9NX65 697 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 TRPS1Q9UHF7 1281 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 PCDHGA11Q9Y5H2 935 aa7.39□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 OR2AG2A6NM03 316 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 B4DGG1 531 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 PIP5K1BO14986 540 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 PGRMC2O15173 223 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 THEGLP0DJG4 465 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 MTHFD2P13995 350 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 BUD31P41223 144 aaPredicted RBP7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 ASMTP46597 345 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 ENTPD1P49961 510 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 HNRNPFP52597 415 aaKnown RBP7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 TIAL1Q01085 375 aaKnown RBP eCLIP7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 ZNF33BQ06732 778 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 AMZ1Q400G9 498 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 TMEM31Q5JXX7 168 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 ZNF767PQ75MW2 155 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 CDYL2Q8N8U2 506 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 OR2A12Q8NGT7 310 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 MND1Q9BWT6 205 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 RERGLQ9H628 205 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 CPNE5Q9HCH3 593 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 ZIM2Q9NZV7 527 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 PCDHGB3Q9Y5G1 929 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 DGKBQ9Y6T7 804 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 MTCL1Q9Y4B5 1905 aaKnown RBP7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 KIR2DS5A0A0G2JLQ3 304 aa7.38□□□□□ -1.23
USP54-210ENST00000466048 A0A0G2JNG1 304 aa7.38□□□□□ -1.23
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 35.3 ms