RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000617451.4

PTPRF-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene PTPRF, Length 1,129 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRF-216ENST00000617451 SNF8Q96H20 258 aa23.4■■□□□ 1.34
PTPRF-216ENST00000617451 HIST1H2AHQ96KK5 128 aa23.4■■□□□ 1.34
PTPRF-216ENST00000617451 HIST1H2AJQ99878 128 aa23.4■■□□□ 1.34
PTPRF-216ENST00000617451 TRIM51Q9BSJ1 452 aa23.4■■□□□ 1.34
PTPRF-216ENST00000617451 H2AFJQ9BTM1 129 aa23.4■■□□□ 1.34
PTPRF-216ENST00000617451 GTF3C1Q12789 2109 aa23.39■■□□□ 1.34
PTPRF-216ENST00000617451 CACNA1CQ13936 2221 aa23.39■■□□□ 1.34
PTPRF-216ENST00000617451 TRBC2A0A5B9 178 aa23.39■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 CHST10O43529 356 aa23.39■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 ALOX12P18054 663 aa23.39■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 PGAM1P18669 254 aa23.39■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 CRYMQ14894 314 aa23.39■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 DEFB134Q4QY38 66 aa23.39■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 RBM20Q5T481 1227 aaKnown RBP23.39■■□□□ 1.33
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PTPRF-216ENST00000617451 KIF2BQ8N4N8 673 aa23.39■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 PYCR2Q96C36 320 aa23.39■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 MTFMTQ96DP5 389 aaKnown RBP23.39■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 OR4K3Q96R72 315 aa23.39■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 C19orf84I3L1E1 186 aa23.38■■□□□ 1.33
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PTPRF-216ENST00000617451 TSPAN12O95859 305 aa23.38■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 AHSGP02765 367 aa23.38■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 JAK1P23458 1154 aa23.38■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 SKP1P63208 163 aa23.38■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 OLR1P78380 273 aa23.38■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 NIPAL1Q6NVV3 410 aa23.38■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 PPIL6Q8IXY8 311 aa23.38■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 PBKQ96KB5 322 aa23.38■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 GPAMQ9HCL2 828 aa23.38■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 ARL15Q9NXU5 204 aa23.38■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 SLC25A12O75746 678 aa23.37■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 B3GALT4O96024 378 aa23.37■■□□□ 1.33
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PTPRF-216ENST00000617451 AP1S2P56377 157 aa23.37■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 MAPKAPK3Q16644 382 aa23.37■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 CNTN4Q8IWV2 1026 aa23.37■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 CHERPQ8IWX8 916 aaKnown RBP23.37■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 GHDCQ8N2G8 530 aa23.37■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 GABPB2Q8TAK5 448 aaPredicted RBP23.37■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 NT5CQ8TCD5 201 aa23.37■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 OLFM1Q99784 485 aa23.37■■□□□ 1.33
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PTPRF-216ENST00000617451 B4GALT2O60909 372 aa23.36■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 TTC4O95801 387 aa23.36■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 SERPIND1P05546 499 aa23.36■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 ZNF888P0CJ79 500 aaPredicted RBP23.36■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 ABOP16442 354 aa23.36■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 NME2P22392 152 aa23.36■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 IL2P60568 153 aa23.36■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 RGS1Q08116 209 aa23.36■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 RNFT1Q5M7Z0 435 aa23.36■■□□□ 1.33
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PTPRF-216ENST00000617451 RNASEH2BQ5TBB1 312 aaKnown RBP23.36■■□□□ 1.33
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PTPRF-216ENST00000617451 FBXL8Q96CD0 374 aa23.36■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 PTCHD1Q96NR3 888 aa23.36■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 NAP1L3Q99457 506 aaPredicted RBP23.36■■□□□ 1.33
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PTPRF-216ENST00000617451 ZNHIT1O43257 154 aa23.35■■□□□ 1.33
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PTPRF-216ENST00000617451 ZNF24P17028 368 aa23.35■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 KIR3DL1P43629 444 aa23.35■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 SCTRP47872 440 aa23.35■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 CYB561P49447 251 aa23.35■■□□□ 1.33
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PTPRF-216ENST00000617451 HSF1Q00613 529 aa23.35■■□□□ 1.33
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PTPRF-216ENST00000617451 LRRC8AQ8IWT6 810 aa23.35■■□□□ 1.33
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PTPRF-216ENST00000617451 TRIM54Q9BYV2 358 aa23.35■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 SPNS1Q9H2V7 528 aa23.35■■□□□ 1.33
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PTPRF-216ENST00000617451 JRKLQ9Y4A0 524 aa23.35■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 PABPN1LA6NDY0 278 aaKnown RBP23.34■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 SSTR2P30874 369 aa23.34■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 TRHRP34981 398 aaPredicted RBP23.34■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 AHRP35869 848 aa23.34■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 CSHL1Q14406 222 aa23.34■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 SPANXN3Q5MJ09 141 aa23.34■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 GALNT7Q86SF2 657 aa23.34■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 NFAM1Q8NET5 270 aaPredicted RBP23.34■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 GRK7Q8WTQ7 553 aa23.34■■□□□ 1.33
PTPRF-216ENST00000617451 PHF10Q8WUB8 498 aaKnown RBP23.34■■□□□ 1.33
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