RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000437679.3

LIMS3-201, Transcript of LIM zinc finger domain containing 3, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene LIMS3, Length 1,220 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIMS3-201ENST00000437679 KLF7O75840 302 aaPredicted RBP14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 GUCA1CO95843 209 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 ONECUT2O95948 504 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 ALBP02768 609 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 CTAGE8P0CG41 777 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 OTX2P32243 289 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 EMP3P54852 163 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 ZNF460Q14592 562 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 USP10Q14694 798 aaKnown RBP14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 SSPNQ14714 243 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 PRMT9Q6P2P2 845 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 CEP128Q6ZU80 1094 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 OVCH1Q7RTY7 1134 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 CTAGE6Q86UF2 777 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 C17orf64Q86WR6 236 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 CTAGE4Q8IX94 777 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 METTL27Q8N6F8 245 aaPredicted RBP14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 OR2Y1Q8NGV0 311 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 KIF18AQ8NI77 898 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 FKBP10Q96AY3 582 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 PTERQ96BW5 349 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 FBXL8Q96CD0 374 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 ABHD17AQ96GS6 310 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 CABS1Q96KC9 395 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 IP6K3Q96PC2 410 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 OR2A5Q96R48 311 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 RBBP8Q99708 897 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 HAUS8Q9BT25 410 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 MCMBPQ9BTE3 642 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 LRRC4CQ9HCJ2 640 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 ACSS2Q9NR19 701 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 MTO1Q9Y2Z2 717 aaKnown RBP14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 MED13Q9UHV7 2174 aa14.51□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 HAT1O14929 419 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 ITGAXP20702 1163 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 SPRP35270 261 aaPredicted RBP14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 OR1D4P47884 311 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 RPS15AP62244 130 aaKnown RBP14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 NAB1Q13506 487 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 PRTGQ2VWP7 1150 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 LACTB2Q53H82 288 aaPredicted RBP14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 GRTP1Q5TC63 336 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 LCTLQ6UWM7 567 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 SBSNQ6UWP8 590 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 CEP97Q8IW35 865 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 PPM1NQ8N819 430 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 OR56A3Q8NH54 315 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 FBF1Q8TES7 1133 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 COL26A1Q96A83 441 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 SGPP1Q9BX95 441 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 ING2Q9H160 280 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 ZNF304Q9HCX3 659 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 ZNF71Q9NQZ8 489 aaPredicted RBP14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 SLC22A11Q9NSA0 550 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 ZDHHC18Q9NUE0 388 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 CTNNAL1Q9UBT7 734 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 MTRF1LQ9UGC7 380 aaKnown RBP14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 TLK1Q9UKI8 766 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 CDC14AQ9UNH5 594 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 BOD1L1Q8NFC6 3051 aa14.5□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 NPEPPSL1A6NEC2 478 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 CDC7O00311 574 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 PEX12O00623 359 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 STMN1P16949 149 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 GRK3P35626 688 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 RRADP55042 308 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 CHAF1BQ13112 559 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 HKDC1Q2TB90 917 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 KBTBD12Q3ZCT8 623 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 GARNL3Q5VVW2 1013 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 CPZQ66K79 652 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 FRA10AC1Q70Z53 315 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 MED25Q71SY5 747 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 COX15Q7KZN9 410 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 ADAMTSL2Q86TH1 951 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 PLD3Q8IV08 490 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 TMEM102Q8N9M5 508 aaPredicted RBP14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 NOA1Q8NC60 698 aaKnown RBP14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 ZDHHC19Q8WVZ1 309 aaPredicted RBP14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 PYCR2Q96C36 320 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 THAP11Q96EK4 314 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 C10orf90Q96M02 699 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 GPR22Q99680 433 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 TRIM55Q9BYV6 548 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 FAM129AQ9BZQ8 928 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 SLC26A1Q9H2B4 701 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 WDR54Q9H977 334 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 CAB39LQ9H9S4 337 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 NXT1Q9UKK6 140 aaKnown RBP14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 IKZF3Q9UKT9 509 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 RUVBL1Q9Y265 456 aaKnown RBP14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 MAU2Q9Y6X3 613 aa14.49□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 KCNE1BA0A087WTH5 132 aa14.48□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 PRPF4O43172 522 aaKnown RBP eCLIP14.48□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 PHGDHO43175 533 aaKnown RBP14.48□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 CNOT3O75175 753 aaKnown RBP14.48□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 DNAJB5O75953 348 aa14.48□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 MED26O95402 600 aa14.48□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 IGHEP01854 428 aa14.48□□□□□ -0.09
LIMS3-201ENST00000437679 C1QAP02745 245 aa14.48□□□□□ -0.09
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 50.2 ms