RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000466048.6

USP54-210, Transcript of ubiquitin specific peptidase 54, humanhuman

TSL 5

Gene USP54, Length 4,674 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54-210ENST00000466048 HERVK_113P63132 956 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CSNK2BP67870 215 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 LAPTM5Q13571 262 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 FUT11Q495W5 492 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CYP2R1Q6VVX0 501 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 FRMD7Q6ZUT3 714 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 Q6ZVU0 165 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 GAREM2Q75VX8 874 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 NPAS3Q8IXF0 933 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 PGAM4Q8N0Y7 254 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ZNF781Q8N8C0 355 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 KIAA1191Q96A73 305 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 FERD3LQ96RJ6 166 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ERVK-6Q9BXR3 956 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CPEB1Q9BZB8 566 aaKnown RBP7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 SEMA6AQ9H2E6 1030 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 MRPL39Q9NYK5 338 aaKnown RBP7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 NUDT4Q9NZJ9 180 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 A8MT66 165 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 STX16-NPEPL1H3BU86 382 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 STX16O14662 325 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 RPL6Q02878 288 aaKnown RBP7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CNTN1Q12860 1018 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 LSAMPQ13449 338 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CAPN13Q6MZZ7 669 aaPredicted RBP7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 THAP5Q7Z6K1 395 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 LRRTM4Q86VH4 590 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 AMZ2Q86W34 360 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 TTC29Q8NA56 475 aaPredicted RBP7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 FNDC8Q8TC99 324 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 HCAR2Q8TDS4 363 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 LPGAT1Q92604 370 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 GPR78Q96P69 363 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 STRADBQ9C0K7 418 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ROGDIQ9GZN7 287 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 NOL11Q9H8H0 719 aaKnown RBP7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ZDHHC3Q9NYG2 299 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 FKBPLQ9UIM3 349 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CDH22Q9UJ99 828 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 MKLN1Q9UL63 735 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 KCTD3Q9Y597 815 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 OR51B4Q9Y5P0 310 aa7.47□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CAPN14A8MX76 684 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 SLC22A1O15245 554 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 PRAMEF1O95521 474 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 PRKCGP05129 697 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 C8GP07360 202 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CD1DP15813 335 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ZNF37AP17032 561 aaPredicted RBP7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 GLDCP23378 1020 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CMPK1P30085 196 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 GRIA3P42263 894 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 SGSHP51688 502 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ADAM15Q13444 863 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 PON2Q15165 354 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CST6Q15828 149 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 SPRED3Q2MJR0 410 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 LPCAT4Q643R3 524 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 FAM109BQ6ICB4 259 aaPredicted RBP7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 FAM151BQ6UXP7 276 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 HID1Q8IV36 788 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CLYBLQ8N0X4 340 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 FCGR1BQ92637 280 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 FAIM2Q9BWQ8 316 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ZNF224Q9NZL3 707 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 MAP10Q9P2G4 905 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ZNF624Q9P2J8 865 aaPredicted RBP7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 KLHL42Q9P2K6 505 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 OAS3Q9Y6K5 1087 aaKnown RBP7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 A0A0G2JPF8 293 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 A0A0J9YYE9 177 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 SH3PXD2BA1X283 911 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 TTC24A2A3L6 582 aaPredicted RBP7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 HNRNPCL3B7ZW38 293 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 TRBC1P01850 177 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 NTRK1P04629 796 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 GPIP06744 558 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 PIRTP0C851 137 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 HNRNPCL4P0DMR1 293 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 DBTP11182 482 aaKnown RBP7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 MPSTP25325 297 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 HNRNPKP61978 463 aaKnown RBP eCLIP7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CTC1Q2NKJ3 1217 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 FAM78AQ5JUQ0 283 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CASP12Q6UXS9 341 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 C11orf96Q7Z7L8 435 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 AMIGO2Q86SJ2 522 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 SLC9B2Q86UD5 537 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CUZD1Q86UP6 607 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 CEP76Q8TAP6 659 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 SLC7A6OSQ96CW6 309 aaPredicted RBP7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 OSBPL10Q9BXB5 764 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 REEP1Q9H902 201 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 MARCH4Q9P2E8 410 aaPredicted RBP7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 LEF1Q9UJU2 399 aaPredicted RBP7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 VPS4AQ9UN37 437 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 SNX6Q9UNH7 406 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 HS3ST2Q9Y278 367 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 SPO11Q9Y5K1 396 aa7.46□□□□□ -1.21
USP54-210ENST00000466048 ISM1B1AKI9 464 aa7.46□□□□□ -1.22
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 32.5 ms