RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000538708.5

PTPRB-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type B, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRB, Length 5,839 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRB-204ENST00000538708 SORCS1Q8WY21 1168 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 USP29Q9HBJ7 922 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 CD248Q9HCU0 757 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 HMG20AQ9NP66 347 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 PRTFDC1Q9NRG1 225 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 EHD3Q9NZN3 535 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 SLC22A14Q9Y267 594 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 CCNB2O95067 398 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 TNFAIP8O95379 198 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 C8orf89P0DMQ9 161 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 MC1RQ01726 317 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 DMWDQ09019 674 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 CLLU1OSQ5K130 101 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 UBAP2Q5T6F2 1119 aaKnown RBP9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 GPRC6AQ5T6X5 926 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 PTCRAQ6ISU1 281 aaPredicted RBP9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 USP53Q70EK8 1073 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 CDKN2AIPNLQ96HQ2 116 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 RTKNQ9BST9 563 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 EPB41L1Q9H4G0 881 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 ACTL8Q9H568 366 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 XKR8Q9H6D3 395 aa9.25□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 TOPAZ1Q8N9V7 1692 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF840PA6NDX5 716 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 CHST10O43529 356 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 UGT2B11O75310 529 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 CDC123O75794 336 aaPredicted RBP9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 OAS1P00973 400 aaKnown RBP9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 CDH1P12830 882 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 SRP54P61011 504 aaKnown RBP9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 MED22Q15528 200 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 PYDC2Q56P42 97 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF311Q5JNZ3 666 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 GLYATQ6IB77 296 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 DEFB123Q8N688 67 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 LRRN4CLQ8ND94 238 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 CCDC54Q8NEL0 328 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 LYARQ9NX58 379 aaKnown RBP9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 TBX1O43435 398 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 GP1BBP13224 206 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 ANPEPP15144 967 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 CCNOP22674 350 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 PXNP49023 591 aaPredicted RBP9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 MLLT6P55198 1093 aaPredicted RBP9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 IRF9Q00978 393 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 SP140Q13342 867 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 RAB33AQ14088 237 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 SCARB2Q14108 478 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 FAM214AQ32MH5 1076 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 PAQR3Q6TCH7 311 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 SPPL2CQ8IUH8 684 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 NXPE1Q8N323 547 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 PAAF1Q9BRP4 392 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 OR8D2Q9GZM6 311 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 DSN1Q9H410 356 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 C11orf16Q9NQ32 467 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 SSR3Q9UNL2 185 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 GPC6Q9Y625 555 aaPredicted RBP9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 SPEF2Q9C093 1822 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 PLK4O00444 970 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 TP53I11O14683 189 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 ADAMTS3O15072 1205 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 AP2A2O94973 939 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 CBX5P45973 191 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 SUSD1Q6UWL2 747 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 OLFML1Q6UWY5 402 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 IQCHQ86VS3 1027 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 PLXDC1Q8IUK5 500 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 SLC34A3Q8N130 599 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 TRAM1L1Q8N609 369 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 OR10T2Q8NGX3 314 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 PHOSPHO1Q8TCT1 267 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 UBASH3BQ8TF42 649 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 EPYCQ99645 322 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 CCDC28BQ9BUN5 200 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 SLC2A11Q9BYW1 496 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 FAM192AQ9GZU8 254 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 NUAK2Q9H093 628 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 IL1RAPQ9NPH3 570 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 VPS29Q9UBQ0 182 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 RAPGEFL1Q9UHV5 662 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 NME6O75414 186 aaPredicted RBP9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 ECI2O75521 394 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 ARSAP15289 507 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 ZNF20P17024 532 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 DPP6P42658 865 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 OR4D2P58180 307 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 RPL26P61254 145 aaKnown RBP9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 FASTKD3Q14CZ7 662 aaKnown RBP9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 SPANXN2Q5MJ10 180 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 FBXO42Q6P3S6 717 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 C14orf80Q86SX3 495 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 LRIG1Q96JA1 1093 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 GPATCH1Q9BRR8 931 aaKnown RBP9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 ASPNQ9BXN1 380 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 CLEC4MQ9H2X3 399 aaPredicted RBP9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 CCNB1IP1Q9NPC3 277 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 TMEM138Q9NPI0 162 aa9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 RPL26L1Q9UNX3 145 aaKnown RBP9.24□□□□□ -0.93
PTPRB-204ENST00000538708 CPSF4LA6NMK7 179 aaKnown RBP9.23□□□□□ -0.93
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 47.6 ms