Protein–RNA interactions for Protein: Q5R1A3

Trdv4, T cell receptor delta variable 4 (Fragment), mousemouse

Predictions only

Length 115 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trdv4Q5R1A3 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC30.03■■■□□ 2.4
Trdv4Q5R1A3 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
Trdv4Q5R1A3 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC27.56■■■□□ 2
Trdv4Q5R1A3 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
Trdv4Q5R1A3 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.26■■□□□ 1.95
Trdv4Q5R1A3 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
Trdv4Q5R1A3 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC26.67■■□□□ 1.86
Trdv4Q5R1A3 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC26.44■■□□□ 1.82
Trdv4Q5R1A3 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC26.16■■□□□ 1.78
Trdv4Q5R1A3 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
Trdv4Q5R1A3 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.89■■□□□ 1.73
Trdv4Q5R1A3 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC25.82■■□□□ 1.72
Trdv4Q5R1A3 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
Trdv4Q5R1A3 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
Trdv4Q5R1A3 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
Trdv4Q5R1A3 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
Trdv4Q5R1A3 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
Trdv4Q5R1A3 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Trdv4Q5R1A3 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Trdv4Q5R1A3 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Trdv4Q5R1A3 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Trdv4Q5R1A3 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Trdv4Q5R1A3 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Trdv4Q5R1A3 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Trdv4Q5R1A3 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC25.14■■□□□ 1.62
Trdv4Q5R1A3 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Trdv4Q5R1A3 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Trdv4Q5R1A3 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.03■■□□□ 1.6
Trdv4Q5R1A3 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Trdv4Q5R1A3 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC24.97■■□□□ 1.59
Trdv4Q5R1A3 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Trdv4Q5R1A3 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Trdv4Q5R1A3 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
Trdv4Q5R1A3 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Trdv4Q5R1A3 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC24.7■■□□□ 1.55
Trdv4Q5R1A3 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Trdv4Q5R1A3 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.63■■□□□ 1.53
Trdv4Q5R1A3 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Trdv4Q5R1A3 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
Trdv4Q5R1A3 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
Trdv4Q5R1A3 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trdv4Q5R1A3 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
Trdv4Q5R1A3 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.49
Trdv4Q5R1A3 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
Trdv4Q5R1A3 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
Trdv4Q5R1A3 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
Trdv4Q5R1A3 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC24.01■■□□□ 1.43
Trdv4Q5R1A3 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Trdv4Q5R1A3 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Trdv4Q5R1A3 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Trdv4Q5R1A3 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
Trdv4Q5R1A3 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Trdv4Q5R1A3 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Trdv4Q5R1A3 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Trdv4Q5R1A3 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Trdv4Q5R1A3 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
Trdv4Q5R1A3 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
Trdv4Q5R1A3 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC23.6■■□□□ 1.37
Trdv4Q5R1A3 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
Trdv4Q5R1A3 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
Trdv4Q5R1A3 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC23.57■■□□□ 1.36
Trdv4Q5R1A3 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trdv4Q5R1A3 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Trdv4Q5R1A3 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
Trdv4Q5R1A3 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
Trdv4Q5R1A3 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
Trdv4Q5R1A3 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
Trdv4Q5R1A3 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
Trdv4Q5R1A3 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC23.46■■□□□ 1.35
Trdv4Q5R1A3 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
Trdv4Q5R1A3 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
Trdv4Q5R1A3 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trdv4Q5R1A3 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.43■■□□□ 1.34
Trdv4Q5R1A3 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trdv4Q5R1A3 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Trdv4Q5R1A3 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
Trdv4Q5R1A3 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
Trdv4Q5R1A3 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Trdv4Q5R1A3 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Trdv4Q5R1A3 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
Trdv4Q5R1A3 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trdv4Q5R1A3 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trdv4Q5R1A3 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Trdv4Q5R1A3 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trdv4Q5R1A3 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
Trdv4Q5R1A3 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trdv4Q5R1A3 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trdv4Q5R1A3 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.05■■□□□ 1.28
Trdv4Q5R1A3 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Trdv4Q5R1A3 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Trdv4Q5R1A3 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
Trdv4Q5R1A3 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
Trdv4Q5R1A3 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Trdv4Q5R1A3 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
Trdv4Q5R1A3 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
Trdv4Q5R1A3 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
Trdv4Q5R1A3 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC22.92■■□□□ 1.26
Trdv4Q5R1A3 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
Trdv4Q5R1A3 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
Trdv4Q5R1A3 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 72 ms