Protein–RNA interactions for Protein: Q3U4B1

Ssbp4, Single stranded DNA binding protein 4, isoform CRA_b, mousemouse

Predictions only

Length 363 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ssbp4Q3U4B1 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC32.36■■■□□ 2.77
Ssbp4Q3U4B1 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
Ssbp4Q3U4B1 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
Ssbp4Q3U4B1 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC28.37■■■□□ 2.13
Ssbp4Q3U4B1 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC27.96■■■□□ 2.07
Ssbp4Q3U4B1 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.94■■■□□ 2.06
Ssbp4Q3U4B1 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC27.69■■■□□ 2.02
Ssbp4Q3U4B1 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.54■■■□□ 2
Ssbp4Q3U4B1 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Ssbp4Q3U4B1 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
Ssbp4Q3U4B1 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
Ssbp4Q3U4B1 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
Ssbp4Q3U4B1 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.93
Ssbp4Q3U4B1 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
Ssbp4Q3U4B1 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.47■■□□□ 1.83
Ssbp4Q3U4B1 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
Ssbp4Q3U4B1 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC26.29■■□□□ 1.8
Ssbp4Q3U4B1 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
Ssbp4Q3U4B1 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC26.19■■□□□ 1.78
Ssbp4Q3U4B1 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
Ssbp4Q3U4B1 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC26.07■■□□□ 1.76
Ssbp4Q3U4B1 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
Ssbp4Q3U4B1 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
Ssbp4Q3U4B1 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC25.9■■□□□ 1.74
Ssbp4Q3U4B1 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.88■■□□□ 1.73
Ssbp4Q3U4B1 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Ssbp4Q3U4B1 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.83■■□□□ 1.73
Ssbp4Q3U4B1 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Ssbp4Q3U4B1 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
Ssbp4Q3U4B1 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
Ssbp4Q3U4B1 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
Ssbp4Q3U4B1 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
Ssbp4Q3U4B1 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Ssbp4Q3U4B1 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC25.57■■□□□ 1.68
Ssbp4Q3U4B1 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
Ssbp4Q3U4B1 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC25.49■■□□□ 1.67
Ssbp4Q3U4B1 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
Ssbp4Q3U4B1 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Ssbp4Q3U4B1 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Ssbp4Q3U4B1 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.07■■□□□ 1.6
Ssbp4Q3U4B1 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.07■■□□□ 1.6
Ssbp4Q3U4B1 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Ssbp4Q3U4B1 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.02■■□□□ 1.6
Ssbp4Q3U4B1 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC24.97■■□□□ 1.59
Ssbp4Q3U4B1 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ssbp4Q3U4B1 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
Ssbp4Q3U4B1 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC24.85■■□□□ 1.57
Ssbp4Q3U4B1 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
Ssbp4Q3U4B1 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC24.79■■□□□ 1.56
Ssbp4Q3U4B1 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
Ssbp4Q3U4B1 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Ssbp4Q3U4B1 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC24.69■■□□□ 1.54
Ssbp4Q3U4B1 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.62■■□□□ 1.53
Ssbp4Q3U4B1 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.59■■□□□ 1.53
Ssbp4Q3U4B1 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC24.58■■□□□ 1.53
Ssbp4Q3U4B1 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
Ssbp4Q3U4B1 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
Ssbp4Q3U4B1 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
Ssbp4Q3U4B1 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
Ssbp4Q3U4B1 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Ssbp4Q3U4B1 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
Ssbp4Q3U4B1 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ssbp4Q3U4B1 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ssbp4Q3U4B1 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
Ssbp4Q3U4B1 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
Ssbp4Q3U4B1 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
Ssbp4Q3U4B1 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ssbp4Q3U4B1 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
Ssbp4Q3U4B1 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Ssbp4Q3U4B1 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ssbp4Q3U4B1 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
Ssbp4Q3U4B1 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
Ssbp4Q3U4B1 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC24.15■■□□□ 1.46
Ssbp4Q3U4B1 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Ssbp4Q3U4B1 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
Ssbp4Q3U4B1 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
Ssbp4Q3U4B1 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
Ssbp4Q3U4B1 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC24.03■■□□□ 1.44
Ssbp4Q3U4B1 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ssbp4Q3U4B1 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Ssbp4Q3U4B1 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Ssbp4Q3U4B1 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
Ssbp4Q3U4B1 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
Ssbp4Q3U4B1 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC23.95■■□□□ 1.42
Ssbp4Q3U4B1 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC23.92■■□□□ 1.42
Ssbp4Q3U4B1 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.88■■□□□ 1.41
Ssbp4Q3U4B1 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
Ssbp4Q3U4B1 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC23.83■■□□□ 1.41
Ssbp4Q3U4B1 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
Ssbp4Q3U4B1 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC23.82■■□□□ 1.4
Ssbp4Q3U4B1 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
Ssbp4Q3U4B1 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Ssbp4Q3U4B1 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Ssbp4Q3U4B1 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
Ssbp4Q3U4B1 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.77■■□□□ 1.4
Ssbp4Q3U4B1 Gm12339-201ENSMUST00000127424 728 ntTSL 3 BASIC23.74■■□□□ 1.39
Ssbp4Q3U4B1 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Ssbp4Q3U4B1 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Ssbp4Q3U4B1 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Ssbp4Q3U4B1 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC23.66■■□□□ 1.38
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