Protein–RNA interactions for Protein: P59240

Nphp4, Nephrocystin-4, mousemouse

Predictions only

Length 1,425 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Nphp4P59240 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC53.89■■■■■ 6.22
Nphp4P59240 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC49.83■■■■■ 5.57
Nphp4P59240 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.99■■■■■ 5.43
Nphp4P59240 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC47.18■■■■■ 5.14
Nphp4P59240 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC46.79■■■■■ 5.08
Nphp4P59240 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC46.46■■■■■ 5.03
Nphp4P59240 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC46.28■■■■■ 5
Nphp4P59240 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.61■■■■■ 4.89
Nphp4P59240 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC45.6■■■■■ 4.89
Nphp4P59240 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC45.52■■■■■ 4.88
Nphp4P59240 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC45■■■■■ 4.79
Nphp4P59240 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC44.96■■■■■ 4.79
Nphp4P59240 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC44.94■■■■■ 4.79
Nphp4P59240 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC44.78■■■■■ 4.76
Nphp4P59240 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.96■■■■■ 4.63
Nphp4P59240 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.94■■■■■ 4.63
Nphp4P59240 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC43.72■■■■■ 4.59
Nphp4P59240 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.56■■■■■ 4.56
Nphp4P59240 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC43.44■■■■■ 4.54
Nphp4P59240 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC43.43■■■■■ 4.54
Nphp4P59240 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.36■■■■■ 4.53
Nphp4P59240 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC43.24■■■■■ 4.51
Nphp4P59240 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC43.1■■■■■ 4.49
Nphp4P59240 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.03■■■■■ 4.48
Nphp4P59240 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC43.02■■■■■ 4.48
Nphp4P59240 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC43.01■■■■■ 4.48
Nphp4P59240 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC42.93■■■■■ 4.46
Nphp4P59240 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC42.91■■■■■ 4.46
Nphp4P59240 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.83■■■■■ 4.45
Nphp4P59240 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.8■■■■■ 4.44
Nphp4P59240 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC42.76■■■■■ 4.44
Nphp4P59240 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.7■■■■■ 4.43
Nphp4P59240 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.68■■■■■ 4.42
Nphp4P59240 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC42.53■■■■■ 4.4
Nphp4P59240 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC42.48■■■■■ 4.39
Nphp4P59240 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC42.4■■■■■ 4.38
Nphp4P59240 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC42.19■■■■■ 4.34
Nphp4P59240 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC42.03■■■■■ 4.32
Nphp4P59240 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC41.76■■■■■ 4.28
Nphp4P59240 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.59■■■■■ 4.25
Nphp4P59240 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.59■■■■■ 4.25
Nphp4P59240 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.52■■■■■ 4.24
Nphp4P59240 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC41.52■■■■■ 4.24
Nphp4P59240 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.45■■■■■ 4.23
Nphp4P59240 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC41.37■■■■■ 4.21
Nphp4P59240 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.36■■■■■ 4.21
Nphp4P59240 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC41.34■■■■■ 4.21
Nphp4P59240 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC41.27■■■■■ 4.2
Nphp4P59240 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC41.23■■■■■ 4.19
Nphp4P59240 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC41.18■■■■■ 4.18
Nphp4P59240 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC41.15■■■■■ 4.18
Nphp4P59240 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC41.1■■■■■ 4.17
Nphp4P59240 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC40.93■■■■■ 4.14
Nphp4P59240 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC40.92■■■■■ 4.14
Nphp4P59240 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.77■■■■■ 4.12
Nphp4P59240 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC40.73■■■■■ 4.11
Nphp4P59240 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.6■■■■■ 4.09
Nphp4P59240 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC40.58■■■■■ 4.09
Nphp4P59240 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.58■■■■■ 4.09
Nphp4P59240 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC40.57■■■■■ 4.08
Nphp4P59240 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC40.55■■■■■ 4.08
Nphp4P59240 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.5■■■■■ 4.07
Nphp4P59240 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC40.43■■■■■ 4.06
Nphp4P59240 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.41■■■■■ 4.06
Nphp4P59240 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC40.37■■■■■ 4.05
Nphp4P59240 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.37■■■■■ 4.05
Nphp4P59240 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC40.21■■■■■ 4.03
Nphp4P59240 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC40.2■■■■■ 4.03
Nphp4P59240 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.16■■■■■ 4.02
Nphp4P59240 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC40.14■■■■■ 4.02
Nphp4P59240 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.12■■■■■ 4.01
Nphp4P59240 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC40.11■■■■■ 4.01
Nphp4P59240 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC40.09■■■■■ 4.01
Nphp4P59240 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC40.07■■■■■ 4
Nphp4P59240 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC40.05■■■■■ 4
Nphp4P59240 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC40.04■■■■■ 4
Nphp4P59240 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC40.01■■■■■ 4
Nphp4P59240 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC40.01■■■■■ 4
Nphp4P59240 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.97■■■■□ 3.99
Nphp4P59240 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.95■■■■□ 3.99
Nphp4P59240 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC39.95■■■■□ 3.99
Nphp4P59240 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.89■■■■□ 3.98
Nphp4P59240 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.83■■■■□ 3.97
Nphp4P59240 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.82■■■■□ 3.97
Nphp4P59240 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC39.82■■■■□ 3.96
Nphp4P59240 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC39.75■■■■□ 3.95
Nphp4P59240 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.74■■■■□ 3.95
Nphp4P59240 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC39.68■■■■□ 3.94
Nphp4P59240 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.61■■■■□ 3.93
Nphp4P59240 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC39.6■■■■□ 3.93
Nphp4P59240 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC39.6■■■■□ 3.93
Nphp4P59240 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.57■■■■□ 3.93
Nphp4P59240 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC39.52■■■■□ 3.92
Nphp4P59240 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.52■■■■□ 3.92
Nphp4P59240 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC39.49■■■■□ 3.91
Nphp4P59240 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC39.43■■■■□ 3.9
Nphp4P59240 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC39.41■■■■□ 3.9
Nphp4P59240 Gm8109-201ENSMUST00000194076 746 ntBASIC39.4■■■■□ 3.9
Nphp4P59240 Olfm1-203ENSMUST00000102879 1072 ntTSL 1 (best) BASIC39.37■■■■□ 3.89
Nphp4P59240 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC39.34■■■■□ 3.89
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 18.6 ms