Protein–RNA interactions for Protein: P28357

Hoxd9, Homeobox protein Hox-D9, mousemouse

Predictions only

Length 339 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hoxd9P28357 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC35.43■■■■□ 3.26
Hoxd9P28357 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC32.67■■■□□ 2.82
Hoxd9P28357 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32.24■■■□□ 2.75
Hoxd9P28357 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.25■■■□□ 2.59
Hoxd9P28357 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC31.14■■■□□ 2.58
Hoxd9P28357 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC30.63■■■□□ 2.49
Hoxd9P28357 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.62■■■□□ 2.49
Hoxd9P28357 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC30.49■■■□□ 2.47
Hoxd9P28357 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.23■■■□□ 2.43
Hoxd9P28357 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
Hoxd9P28357 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
Hoxd9P28357 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC29.65■■■□□ 2.34
Hoxd9P28357 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC29.62■■■□□ 2.33
Hoxd9P28357 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
Hoxd9P28357 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
Hoxd9P28357 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC29.15■■■□□ 2.26
Hoxd9P28357 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC29.14■■■□□ 2.26
Hoxd9P28357 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Hoxd9P28357 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.93■■■□□ 2.22
Hoxd9P28357 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
Hoxd9P28357 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
Hoxd9P28357 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
Hoxd9P28357 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC28.7■■■□□ 2.18
Hoxd9P28357 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.66■■■□□ 2.18
Hoxd9P28357 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
Hoxd9P28357 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
Hoxd9P28357 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.59■■■□□ 2.17
Hoxd9P28357 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC28.54■■■□□ 2.16
Hoxd9P28357 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC28.52■■■□□ 2.16
Hoxd9P28357 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
Hoxd9P28357 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
Hoxd9P28357 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
Hoxd9P28357 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.14■■■□□ 2.1
Hoxd9P28357 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Hoxd9P28357 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
Hoxd9P28357 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
Hoxd9P28357 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
Hoxd9P28357 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Hoxd9P28357 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.93■■■□□ 2.06
Hoxd9P28357 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC27.9■■■□□ 2.06
Hoxd9P28357 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC27.87■■■□□ 2.05
Hoxd9P28357 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.87■■■□□ 2.05
Hoxd9P28357 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
Hoxd9P28357 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.58■■■□□ 2.01
Hoxd9P28357 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC27.55■■■□□ 2
Hoxd9P28357 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
Hoxd9P28357 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.99
Hoxd9P28357 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.4■■□□□ 1.98
Hoxd9P28357 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
Hoxd9P28357 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
Hoxd9P28357 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
Hoxd9P28357 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC27.35■■□□□ 1.97
Hoxd9P28357 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
Hoxd9P28357 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
Hoxd9P28357 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
Hoxd9P28357 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
Hoxd9P28357 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
Hoxd9P28357 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
Hoxd9P28357 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
Hoxd9P28357 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
Hoxd9P28357 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
Hoxd9P28357 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
Hoxd9P28357 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.97■■□□□ 1.91
Hoxd9P28357 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Hoxd9P28357 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC26.91■■□□□ 1.9
Hoxd9P28357 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
Hoxd9P28357 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC26.9■■□□□ 1.9
Hoxd9P28357 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC26.89■■□□□ 1.89
Hoxd9P28357 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Hoxd9P28357 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Hoxd9P28357 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Hoxd9P28357 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
Hoxd9P28357 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Hoxd9P28357 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC26.76■■□□□ 1.87
Hoxd9P28357 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC26.72■■□□□ 1.87
Hoxd9P28357 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Hoxd9P28357 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.67■■□□□ 1.86
Hoxd9P28357 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC26.65■■□□□ 1.86
Hoxd9P28357 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC26.63■■□□□ 1.85
Hoxd9P28357 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC26.61■■□□□ 1.85
Hoxd9P28357 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC26.59■■□□□ 1.85
Hoxd9P28357 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.55■■□□□ 1.84
Hoxd9P28357 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
Hoxd9P28357 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.5■■□□□ 1.83
Hoxd9P28357 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC26.49■■□□□ 1.83
Hoxd9P28357 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.82
Hoxd9P28357 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC26.41■■□□□ 1.82
Hoxd9P28357 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC26.35■■□□□ 1.81
Hoxd9P28357 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
Hoxd9P28357 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.8
Hoxd9P28357 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
Hoxd9P28357 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
Hoxd9P28357 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC26.29■■□□□ 1.8
Hoxd9P28357 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.24■■□□□ 1.79
Hoxd9P28357 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
Hoxd9P28357 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC26.17■■□□□ 1.78
Hoxd9P28357 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
Hoxd9P28357 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
Hoxd9P28357 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
Hoxd9P28357 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.1■■□□□ 1.77
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 52.5 ms