Protein–RNA interactions for Protein: P25318

Col8a2, Collagen alpha-2(VIII) chain, mousemouse

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Col8a2P25318 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC31.91■■■□□ 2.7
Col8a2P25318 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
Col8a2P25318 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.96■■■□□ 2.23
Col8a2P25318 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
Col8a2P25318 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC27.92■■■□□ 2.06
Col8a2P25318 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.68■■■□□ 2.02
Col8a2P25318 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC27.65■■■□□ 2.02
Col8a2P25318 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC27.42■■□□□ 1.98
Col8a2P25318 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
Col8a2P25318 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Col8a2P25318 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
Col8a2P25318 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.59■■□□□ 1.85
Col8a2P25318 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC26.55■■□□□ 1.84
Col8a2P25318 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC26.51■■□□□ 1.83
Col8a2P25318 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.48■■□□□ 1.83
Col8a2P25318 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC26.28■■□□□ 1.8
Col8a2P25318 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC26.23■■□□□ 1.79
Col8a2P25318 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Col8a2P25318 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
Col8a2P25318 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
Col8a2P25318 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
Col8a2P25318 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
Col8a2P25318 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.87■■□□□ 1.73
Col8a2P25318 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.84■■□□□ 1.73
Col8a2P25318 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC25.77■■□□□ 1.72
Col8a2P25318 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC25.72■■□□□ 1.71
Col8a2P25318 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC25.68■■□□□ 1.7
Col8a2P25318 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.66■■□□□ 1.7
Col8a2P25318 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
Col8a2P25318 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
Col8a2P25318 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.36■■□□□ 1.65
Col8a2P25318 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Col8a2P25318 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Col8a2P25318 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
Col8a2P25318 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
Col8a2P25318 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
Col8a2P25318 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Col8a2P25318 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Col8a2P25318 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Col8a2P25318 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Col8a2P25318 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC24.97■■□□□ 1.59
Col8a2P25318 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
Col8a2P25318 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
Col8a2P25318 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
Col8a2P25318 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
Col8a2P25318 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
Col8a2P25318 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
Col8a2P25318 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
Col8a2P25318 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.72■■□□□ 1.55
Col8a2P25318 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Col8a2P25318 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Col8a2P25318 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC24.6■■□□□ 1.53
Col8a2P25318 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
Col8a2P25318 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
Col8a2P25318 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
Col8a2P25318 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col8a2P25318 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Col8a2P25318 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
Col8a2P25318 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Col8a2P25318 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Col8a2P25318 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
Col8a2P25318 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
Col8a2P25318 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col8a2P25318 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Col8a2P25318 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Col8a2P25318 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC24.17■■□□□ 1.46
Col8a2P25318 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
Col8a2P25318 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
Col8a2P25318 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
Col8a2P25318 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Col8a2P25318 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
Col8a2P25318 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC24.02■■□□□ 1.44
Col8a2P25318 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
Col8a2P25318 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
Col8a2P25318 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
Col8a2P25318 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Col8a2P25318 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC23.94■■□□□ 1.42
Col8a2P25318 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Col8a2P25318 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
Col8a2P25318 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
Col8a2P25318 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Col8a2P25318 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC23.87■■□□□ 1.41
Col8a2P25318 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Col8a2P25318 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
Col8a2P25318 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
Col8a2P25318 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
Col8a2P25318 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC23.82■■□□□ 1.4
Col8a2P25318 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.76■■□□□ 1.39
Col8a2P25318 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC23.73■■□□□ 1.39
Col8a2P25318 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC23.69■■□□□ 1.38
Col8a2P25318 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
Col8a2P25318 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.66■■□□□ 1.38
Col8a2P25318 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
Col8a2P25318 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
Col8a2P25318 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col8a2P25318 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
Col8a2P25318 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
Col8a2P25318 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Col8a2P25318 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
Col8a2P25318 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC23.53■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11.4 ms