Protein–RNA interactions for Protein: P17095

Hmga1, High mobility group protein HMG-I/HMG-Y, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 107 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Hmga1P17095 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC39,92■■■■□ 3,98
Hmga1P17095 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC36,87■■■■□ 3,49
Hmga1P17095 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36,34■■■■□ 3,41
Hmga1P17095 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC34,95■■■■□ 3,19
Hmga1P17095 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,77■■■■□ 3,16
Hmga1P17095 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC34,6■■■■□ 3,13
Hmga1P17095 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC34,24■■■■□ 3,07
Hmga1P17095 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC34,12■■■■□ 3,05
Hmga1P17095 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,85■■■■□ 3,01
Hmga1P17095 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC33,7■■■□□ 2,99
Hmga1P17095 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC33,64■■■□□ 2,98
Hmga1P17095 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC33,39■■■□□ 2,94
Hmga1P17095 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC33,32■■■□□ 2,92
Hmga1P17095 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC33,16■■■□□ 2,9
Hmga1P17095 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,81■■■□□ 2,84
Hmga1P17095 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,64■■■□□ 2,82
Hmga1P17095 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC32,57■■■□□ 2,81
Hmga1P17095 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32,39■■■□□ 2,78
Hmga1P17095 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,29■■■□□ 2,76
Hmga1P17095 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC32,27■■■□□ 2,76
Hmga1P17095 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC32,19■■■□□ 2,74
Hmga1P17095 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,09■■■□□ 2,73
Hmga1P17095 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32,08■■■□□ 2,73
Hmga1P17095 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC32,06■■■□□ 2,72
Hmga1P17095 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC32,02■■■□□ 2,72
Hmga1P17095 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC32,02■■■□□ 2,72
Hmga1P17095 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC32,02■■■□□ 2,72
Hmga1P17095 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC32,01■■■□□ 2,71
Hmga1P17095 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC31,88■■■□□ 2,69
Hmga1P17095 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC31,79■■■□□ 2,68
Hmga1P17095 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31,68■■■□□ 2,66
Hmga1P17095 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,67■■■□□ 2,66
Hmga1P17095 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,63■■■□□ 2,65
Hmga1P17095 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,61■■■□□ 2,65
Hmga1P17095 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC31,51■■■□□ 2,63
Hmga1P17095 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC31,42■■■□□ 2,62
Hmga1P17095 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC31,3■■■□□ 2,6
Hmga1P17095 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,24■■■□□ 2,59
Hmga1P17095 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,13■■■□□ 2,57
Hmga1P17095 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31,09■■■□□ 2,57
Hmga1P17095 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31,07■■■□□ 2,56
Hmga1P17095 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30,87■■■□□ 2,53
Hmga1P17095 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,87■■■□□ 2,53
Hmga1P17095 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,85■■■□□ 2,53
Hmga1P17095 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC30,77■■■□□ 2,52
Hmga1P17095 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,73■■■□□ 2,51
Hmga1P17095 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC30,7■■■□□ 2,5
Hmga1P17095 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC30,67■■■□□ 2,5
Hmga1P17095 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30,65■■■□□ 2,5
Hmga1P17095 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC30,58■■■□□ 2,49
Hmga1P17095 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC30,52■■■□□ 2,48
Hmga1P17095 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC30,52■■■□□ 2,48
Hmga1P17095 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,47■■■□□ 2,47
Hmga1P17095 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30,46■■■□□ 2,47
Hmga1P17095 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC30,37■■■□□ 2,45
Hmga1P17095 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,3■■■□□ 2,44
Hmga1P17095 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC30,29■■■□□ 2,44
Hmga1P17095 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,25■■■□□ 2,43
Hmga1P17095 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC30,22■■■□□ 2,43
Hmga1P17095 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,19■■■□□ 2,42
Hmga1P17095 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC30,09■■■□□ 2,41
Hmga1P17095 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30,09■■■□□ 2,41
Hmga1P17095 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,06■■■□□ 2,4
Hmga1P17095 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC30,04■■■□□ 2,4
Hmga1P17095 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30,02■■■□□ 2,4
Hmga1P17095 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,99■■■□□ 2,39
Hmga1P17095 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29,93■■■□□ 2,38
Hmga1P17095 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC29,93■■■□□ 2,38
Hmga1P17095 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29,91■■■□□ 2,38
Hmga1P17095 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC29,9■■■□□ 2,38
Hmga1P17095 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,9■■■□□ 2,38
Hmga1P17095 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC29,89■■■□□ 2,38
Hmga1P17095 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,86■■■□□ 2,37
Hmga1P17095 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC29,83■■■□□ 2,37
Hmga1P17095 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,79■■■□□ 2,36
Hmga1P17095 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29,78■■■□□ 2,36
Hmga1P17095 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC29,76■■■□□ 2,35
Hmga1P17095 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC29,76■■■□□ 2,35
Hmga1P17095 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,76■■■□□ 2,35
Hmga1P17095 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,73■■■□□ 2,35
Hmga1P17095 Crebl2-202ENSMUST00000111937 612 ntTSL 3 BASIC29,69■■■□□ 2,34
Hmga1P17095 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,64■■■□□ 2,34
Hmga1P17095 Gsx2-202ENSMUST00000160104 1182 ntTSL 1 (best) BASIC29,62■■■□□ 2,33
Hmga1P17095 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC29,61■■■□□ 2,33
Hmga1P17095 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC29,61■■■□□ 2,33
Hmga1P17095 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC29,59■■■□□ 2,33
Hmga1P17095 Gpr137c-202ENSMUST00000147957 1395 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29,57■■■□□ 2,32
Hmga1P17095 Kctd9-204ENSMUST00000150768 1302 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29,56■■■□□ 2,32
Hmga1P17095 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,53■■■□□ 2,32
Hmga1P17095 Agap3-206ENSMUST00000212381 1191 ntTSL 5 BASIC29,48■■■□□ 2,31
Hmga1P17095 B3gat3-201ENSMUST00000096243 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,46■■■□□ 2,31
Hmga1P17095 BC030336-205ENSMUST00000208454 813 ntTSL 2 BASIC29,46■■■□□ 2,31
Hmga1P17095 Ino80b-202ENSMUST00000113935 1503 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29,41■■■□□ 2,3
Hmga1P17095 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,41■■■□□ 2,3
Hmga1P17095 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29,4■■■□□ 2,3
Hmga1P17095 Pabpn1-201ENSMUST00000022808 1030 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29,32■■■□□ 2,28
Hmga1P17095 Gm26115-201ENSMUST00000175605 87 ntBASIC29,29■■■□□ 2,28
Hmga1P17095 Bcl7c-201ENSMUST00000061468 1132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29,27■■■□□ 2,28
Hmga1P17095 Fcho2-204ENSMUST00000179563 1586 ntTSL 5 BASIC29,21■■■□□ 2,27
Hmga1P17095 Svbp-202ENSMUST00000097908 832 ntTSL 2 BASIC29,2■■■□□ 2,26
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 11 ms