Protein–RNA interactions for Protein: A0N8R1

Trav12-1, T cell receptor alpha variable 12-1 (Fragment), mousemouse

Predictions only

Length 115 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trav12-1A0N8R1 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC29.3■■■□□ 2.28
Trav12-1A0N8R1 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.03■■■□□ 2.24
Trav12-1A0N8R1 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
Trav12-1A0N8R1 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
Trav12-1A0N8R1 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC27.14■■□□□ 1.94
Trav12-1A0N8R1 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Trav12-1A0N8R1 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
Trav12-1A0N8R1 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.49■■□□□ 1.83
Trav12-1A0N8R1 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.45■■□□□ 1.83
Trav12-1A0N8R1 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.44■■□□□ 1.82
Trav12-1A0N8R1 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
Trav12-1A0N8R1 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.23■■□□□ 1.79
Trav12-1A0N8R1 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
Trav12-1A0N8R1 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
Trav12-1A0N8R1 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC26.01■■□□□ 1.75
Trav12-1A0N8R1 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
Trav12-1A0N8R1 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
Trav12-1A0N8R1 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC25.87■■□□□ 1.73
Trav12-1A0N8R1 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
Trav12-1A0N8R1 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
Trav12-1A0N8R1 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.36■■□□□ 1.65
Trav12-1A0N8R1 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Trav12-1A0N8R1 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Trav12-1A0N8R1 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Trav12-1A0N8R1 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Trav12-1A0N8R1 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
Trav12-1A0N8R1 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Trav12-1A0N8R1 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Trav12-1A0N8R1 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Trav12-1A0N8R1 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Trav12-1A0N8R1 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
Trav12-1A0N8R1 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC25.07■■□□□ 1.6
Trav12-1A0N8R1 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.04■■□□□ 1.6
Trav12-1A0N8R1 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Trav12-1A0N8R1 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC24.95■■□□□ 1.58
Trav12-1A0N8R1 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC24.94■■□□□ 1.58
Trav12-1A0N8R1 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
Trav12-1A0N8R1 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC24.85■■□□□ 1.57
Trav12-1A0N8R1 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
Trav12-1A0N8R1 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC24.68■■□□□ 1.54
Trav12-1A0N8R1 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC24.67■■□□□ 1.54
Trav12-1A0N8R1 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.66■■□□□ 1.54
Trav12-1A0N8R1 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.6■■□□□ 1.53
Trav12-1A0N8R1 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC24.59■■□□□ 1.53
Trav12-1A0N8R1 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
Trav12-1A0N8R1 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Trav12-1A0N8R1 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.43■■□□□ 1.5
Trav12-1A0N8R1 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
Trav12-1A0N8R1 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
Trav12-1A0N8R1 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
Trav12-1A0N8R1 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
Trav12-1A0N8R1 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
Trav12-1A0N8R1 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
Trav12-1A0N8R1 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
Trav12-1A0N8R1 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
Trav12-1A0N8R1 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
Trav12-1A0N8R1 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
Trav12-1A0N8R1 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC24.02■■□□□ 1.44
Trav12-1A0N8R1 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
Trav12-1A0N8R1 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.01■■□□□ 1.43
Trav12-1A0N8R1 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.43
Trav12-1A0N8R1 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
Trav12-1A0N8R1 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Trav12-1A0N8R1 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
Trav12-1A0N8R1 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
Trav12-1A0N8R1 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
Trav12-1A0N8R1 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
Trav12-1A0N8R1 Trabd-203ENSMUST00000165690 1941 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.78■■□□□ 1.4
Trav12-1A0N8R1 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.78■■□□□ 1.4
Trav12-1A0N8R1 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC23.73■■□□□ 1.39
Trav12-1A0N8R1 Atp1b3-201ENSMUST00000034983 1994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.72■■□□□ 1.39
Trav12-1A0N8R1 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC23.71■■□□□ 1.39
Trav12-1A0N8R1 Fbxo6-203ENSMUST00000105706 1938 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.7■■□□□ 1.38
Trav12-1A0N8R1 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
Trav12-1A0N8R1 Vsig8-201ENSMUST00000061835 1801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
Trav12-1A0N8R1 Stk24-201ENSMUST00000079817 2676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
Trav12-1A0N8R1 G6pc3-202ENSMUST00000078975 1573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
Trav12-1A0N8R1 Rnf215-201ENSMUST00000003677 1874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trav12-1A0N8R1 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.42■■□□□ 1.34
Trav12-1A0N8R1 Fam241a-202ENSMUST00000199273 2234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
Trav12-1A0N8R1 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
Trav12-1A0N8R1 Ldb1-207ENSMUST00000156585 2014 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
Trav12-1A0N8R1 Brsk2-203ENSMUST00000078200 2363 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Trav12-1A0N8R1 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
Trav12-1A0N8R1 Jdp2-203ENSMUST00000177587 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
Trav12-1A0N8R1 Samd1-201ENSMUST00000095228 2071 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
Trav12-1A0N8R1 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trav12-1A0N8R1 Cadm4-201ENSMUST00000068023 2161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
Trav12-1A0N8R1 Abhd17a-204ENSMUST00000191440 1529 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
Trav12-1A0N8R1 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
Trav12-1A0N8R1 Chmp4b-201ENSMUST00000044277 1616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
Trav12-1A0N8R1 Snx24-202ENSMUST00000165032 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
Trav12-1A0N8R1 Stard10-201ENSMUST00000032927 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Trav12-1A0N8R1 Wsb2-201ENSMUST00000031309 2421 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
Trav12-1A0N8R1 Rpia-201ENSMUST00000066134 1829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
Trav12-1A0N8R1 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
Trav12-1A0N8R1 Fndc10-201ENSMUST00000099265 2140 ntAPPRIS P1 BASIC23.11■■□□□ 1.29
Trav12-1A0N8R1 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trav12-1A0N8R1 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC23.09■■□□□ 1.29
Trav12-1A0N8R1 Nt5dc2-204ENSMUST00000227096 1848 ntAPPRIS P5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 13.4 ms