Protein–RNA interactions for Protein: A0A0B4J1P8

Trbv13-1, T cell receptor beta, variable 13-1 (Fragment), mousemouse

Predictions only

Length 112 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Gm25239-201ENSMUST00000174915 86 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Smc2os-201ENSMUST00000141473 626 ntTSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Trbv13-1A0A0B4J1P8 1810037I17Rik-201ENSMUST00000106429 1160 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.98■■□□□ 1.59
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Necab2-201ENSMUST00000098363 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Gm15042-201ENSMUST00000120212 883 ntBASIC23.96■■□□□ 1.43
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Khdrbs3-201ENSMUST00000022954 1887 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Cacng8-202ENSMUST00000182222 1897 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.89■■□□□ 1.41
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Gm24109-201ENSMUST00000175489 103 ntBASIC23.68■■□□□ 1.38
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Gm15045-201ENSMUST00000117359 883 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Kcnmb4-201ENSMUST00000068233 1367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.31
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Psd-208ENSMUST00000224556 2034 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Gatad1-202ENSMUST00000119783 1278 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Kdm2a-208ENSMUST00000176483 1128 ntTSL 1 (best) BASIC23.04■■□□□ 1.28
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Pkdcc-204ENSMUST00000170794 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Gm23366-201ENSMUST00000175022 89 ntBASIC22.9■■□□□ 1.26
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Plekho1-201ENSMUST00000015889 1931 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.76■■□□□ 1.23
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Arhgdig-201ENSMUST00000025019 1032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.75■■□□□ 1.23
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Zic2-201ENSMUST00000075888 2440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.74■■□□□ 1.23
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Hnrnpd-201ENSMUST00000019128 2000 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Cd63-201ENSMUST00000026407 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Six2-202ENSMUST00000163568 2119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
Trbv13-1A0A0B4J1P8 B330016D10Rik-201ENSMUST00000049927 1701 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Trnp1-202ENSMUST00000125541 1654 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Mbd2-201ENSMUST00000074058 1953 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Tmem165-201ENSMUST00000031144 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Ankrd40-202ENSMUST00000051221 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Tusc1-201ENSMUST00000066774 1374 ntAPPRIS P1 BASIC22.12■■□□□ 1.13
Trbv13-1A0A0B4J1P8 AC153911.1-202ENSMUST00000218534 1034 ntBASIC22.09■■□□□ 1.13
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Rhno1-201ENSMUST00000057421 1584 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Gm20732-201ENSMUST00000175699 686 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Fgf2-204ENSMUST00000138563 1240 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.87■■□□□ 1.09
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Ctdnep1-201ENSMUST00000108593 1627 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.86■■□□□ 1.09
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Ybx2-201ENSMUST00000018698 1673 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.85■■□□□ 1.09
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Rab12-201ENSMUST00000070538 2057 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Hoxd8-202ENSMUST00000074721 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.83■■□□□ 1.09
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Wtip-201ENSMUST00000038537 1962 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Pabpn1-207ENSMUST00000150975 1775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Fgf18-201ENSMUST00000020507 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
Trbv13-1A0A0B4J1P8 4930537H20Rik-201ENSMUST00000200437 1683 ntBASIC21.7■■□□□ 1.06
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Tmem259-201ENSMUST00000052885 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Rexo2-201ENSMUST00000034524 1077 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Pkig-201ENSMUST00000064703 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.68■■□□□ 1.06
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Drap1-203ENSMUST00000113674 939 ntTSL 2 BASIC21.62■■□□□ 1.05
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Gm25238-201ENSMUST00000174914 89 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Pabpn1-202ENSMUST00000116476 1761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Foxd3-201ENSMUST00000087285 2324 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Asmt-201ENSMUST00000178693 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Six2-201ENSMUST00000024947 1812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.42■■□□□ 1.02
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Poldip2-201ENSMUST00000001127 2054 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.4■■□□□ 1.02
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Ppp2r5c-206ENSMUST00000222276 1802 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Gm12100-201ENSMUST00000150255 1933 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Ube2ql1-201ENSMUST00000065118 2674 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.21■□□□□ 0.99
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Cyhr1-203ENSMUST00000176274 1854 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.2■□□□□ 0.98
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Syce2-204ENSMUST00000170296 929 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.19■□□□□ 0.98
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Sh3glb2-204ENSMUST00000113621 1851 ntTSL 5 BASIC21.18■□□□□ 0.98
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Drap1-201ENSMUST00000025853 992 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.17■□□□□ 0.98
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Rnf149-204ENSMUST00000195705 389 ntTSL 3 BASIC21.1■□□□□ 0.97
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Crk-202ENSMUST00000093115 965 ntTSL 1 (best) BASIC21.04■□□□□ 0.96
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Gm26699-201ENSMUST00000180825 2291 ntTSL 5 BASIC21.01■□□□□ 0.95
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Gm27325-201ENSMUST00000175467 74 ntBASIC20.99■□□□□ 0.95
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Rnf126-201ENSMUST00000047203 1639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Cdk9-201ENSMUST00000009699 1733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Gm10524-201ENSMUST00000181931 1893 ntBASIC20.95■□□□□ 0.94
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Rrnad1-207ENSMUST00000160143 1568 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Crk-204ENSMUST00000108426 671 ntTSL 3 BASIC20.94■□□□□ 0.94
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Msantd2-201ENSMUST00000048604 2291 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.94
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Tmem240-201ENSMUST00000127188 1308 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.89■□□□□ 0.93
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Nfix-202ENSMUST00000099070 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.89■□□□□ 0.93
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Tprgl-202ENSMUST00000105639 642 ntTSL 5 BASIC20.86■□□□□ 0.93
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Nfic-204ENSMUST00000117966 1655 ntTSL 1 (best) BASIC20.78■□□□□ 0.92
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Sh3glb2-214ENSMUST00000163668 1733 ntTSL 5 BASIC20.73■□□□□ 0.91
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Sept3-202ENSMUST00000116423 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.72■□□□□ 0.91
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Tcfl5-201ENSMUST00000037877 2225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Gm25262-201ENSMUST00000174934 133 ntBASIC20.7■□□□□ 0.9
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Cacng8-201ENSMUST00000092351 1380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.7■□□□□ 0.9
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Mapkapk5-201ENSMUST00000031410 2234 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.69■□□□□ 0.9
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Gm42596-201ENSMUST00000196305 1958 ntBASIC20.69■□□□□ 0.9
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Sh3glb2-201ENSMUST00000028214 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.65■□□□□ 0.9
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Ppp2cb-201ENSMUST00000009774 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.62■□□□□ 0.89
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Rab21-202ENSMUST00000218831 843 ntBASIC20.61■□□□□ 0.89
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Glrx5-203ENSMUST00000223244 793 ntTSL 5 BASIC20.55■□□□□ 0.88
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Nrgn-201ENSMUST00000065668 1453 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.53■□□□□ 0.88
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Gdf7-201ENSMUST00000037313 1423 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.52■□□□□ 0.87
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Ldb1-208ENSMUST00000185355 2088 ntTSL 1 (best) BASIC20.5■□□□□ 0.87
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Epcam-201ENSMUST00000053577 2040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.49■□□□□ 0.87
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Nkx3-2-201ENSMUST00000060820 1718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.48■□□□□ 0.87
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Fam220a-203ENSMUST00000118121 919 ntTSL 1 (best) BASIC20.44■□□□□ 0.86
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Rab12-205ENSMUST00000167962 2010 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.43■□□□□ 0.86
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Mta3-202ENSMUST00000112349 1728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Glt8d1-201ENSMUST00000022476 2018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.42■□□□□ 0.86
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Ccm2l-201ENSMUST00000109800 2158 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.42■□□□□ 0.86
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Atoh7-201ENSMUST00000044059 1629 ntAPPRIS P1 BASIC20.41■□□□□ 0.86
Trbv13-1A0A0B4J1P8 CT025624.2-201ENSMUST00000223609 1909 ntBASIC20.39■□□□□ 0.86
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Tmed7-201ENSMUST00000036030 1436 ntTSL 5 BASIC20.39■□□□□ 0.85
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Hoxa4-201ENSMUST00000101395 1594 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Six3-202ENSMUST00000175898 2419 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Gm26588-201ENSMUST00000181064 2098 ntTSL 1 (best) BASIC20.38■□□□□ 0.85
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Vps37d-201ENSMUST00000067935 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.36■□□□□ 0.85
Trbv13-1A0A0B4J1P8 B430219N15Rik-202ENSMUST00000180853 1105 ntBASIC20.35■□□□□ 0.85
Trbv13-1A0A0B4J1P8 Fam122a-201ENSMUST00000099556 855 ntAPPRIS P1 BASIC20.33■□□□□ 0.85
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 64.9 ms