Protein–RNA interactions for Protein: Q4QRL3

Ccdc88b, Coiled-coil domain-containing protein 88B, mousemouse

Predictions only

Length 1,481 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88bQ4QRL3 Mrgprf-202ENSMUST00000117718 1935 ntTSL 1 (best) BASIC25.78■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Esr1-203ENSMUST00000105589 2612 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Lrrtm1-202ENSMUST00000159616 2541 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 R3hcc1-201ENSMUST00000118374 1726 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Men1-201ENSMUST00000056391 2975 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 B230217O12Rik-201ENSMUST00000181921 1642 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Tjap1-214ENSMUST00000225413 2189 ntAPPRIS ALT2 BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Tnfrsf13c-202ENSMUST00000109535 1983 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 B230217C12Rik-203ENSMUST00000164364 1859 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 1500011B03Rik-202ENSMUST00000112160 1333 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Asphd1-202ENSMUST00000106339 518 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Dusp3-205ENSMUST00000143177 391 ntTSL 3 BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 2210408F21Rik-210ENSMUST00000151076 539 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Rhox2a-202ENSMUST00000173650 735 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Rhox2c-204ENSMUST00000184688 720 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 H2-Bl-211ENSMUST00000195838 1105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Ftl1-ps1-202ENSMUST00000222435 938 ntAPPRIS P1 BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Ddx49-201ENSMUST00000008004 2137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Pdlim1-201ENSMUST00000068439 2571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Dcaf17-203ENSMUST00000112159 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
Ccdc88bQ4QRL3 Rabggta-201ENSMUST00000062861 2338 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Osbpl1a-208ENSMUST00000121888 2674 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Rcan3-201ENSMUST00000030606 5111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Lmtk3-204ENSMUST00000209617 5051 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gm13127-201ENSMUST00000118978 1389 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Cdkn1a-203ENSMUST00000122348 857 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44596-201ENSMUST00000204223 647 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.76■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gm44081-201ENSMUST00000204406 643 ntTSL 3 BASIC25.76■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl28-201ENSMUST00000032597 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Cwh43-201ENSMUST00000031040 2716 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Akt2-205ENSMUST00000108344 4544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Zmynd15-203ENSMUST00000108563 2649 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Tead3-205ENSMUST00000154873 2775 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Bend6-204ENSMUST00000129464 1750 ntTSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Mvd-201ENSMUST00000006692 1756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Kat2a-202ENSMUST00000103118 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.76■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gm5184-201ENSMUST00000220417 1702 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Sh2b3-201ENSMUST00000040308 2530 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Matk-203ENSMUST00000119547 1916 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gm14321-202ENSMUST00000139927 351 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gm26308-201ENSMUST00000157768 69 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27244-201ENSMUST00000184260 380 ntTSL 5 BASIC25.75■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 1500015A07Rik-203ENSMUST00000184678 890 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 2310001H17Rik-206ENSMUST00000205051 676 ntTSL 3 BASIC25.75■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 1700080E11Rik-201ENSMUST00000035180 883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gm6277-201ENSMUST00000180860 1839 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Fam126b-201ENSMUST00000038372 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7669-201ENSMUST00000210184 1603 ntBASIC25.75■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Mob2-206ENSMUST00000211206 2140 ntTSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Elp6-205ENSMUST00000199592 1304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gdap1l1-203ENSMUST00000109421 1206 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 9130204K15Rik-201ENSMUST00000131441 867 ntTSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gm18246-201ENSMUST00000221023 728 ntBASIC25.74■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Atp6v0d1-201ENSMUST00000013304 1629 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Ubp1-206ENSMUST00000216558 1623 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Kcnq2-201ENSMUST00000016491 3067 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gabra5-202ENSMUST00000206382 2607 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Pex6-201ENSMUST00000002840 3200 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Myc-202ENSMUST00000159327 2186 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Cuedc2-202ENSMUST00000167861 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.74■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Sf3b4-201ENSMUST00000076372 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Nfib-205ENSMUST00000107247 3267 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Nodal-201ENSMUST00000049339 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 AC157650.3-201ENSMUST00000225058 1476 ntBASIC25.73■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Rian-216ENSMUST00000183215 880 ntTSL 3 BASIC25.73■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Abhd18-207ENSMUST00000203892 1021 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 6030419C18Rik-202ENSMUST00000216294 1601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Ly6e-201ENSMUST00000051698 2281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Ip6k2-206ENSMUST00000193560 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Hnrnpl-202ENSMUST00000172529 1898 ntTSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Nkx2-1-201ENSMUST00000001536 2809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Aimp2-202ENSMUST00000100483 1073 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gm7286-201ENSMUST00000182691 1007 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Aimp2-201ENSMUST00000031613 1185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Agtr1a-201ENSMUST00000066412 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Cep55-203ENSMUST00000169673 2761 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gm8281-202ENSMUST00000163719 1954 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.72■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 4930524O07Rik-203ENSMUST00000193135 2289 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gtf2b-201ENSMUST00000029938 1455 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Cnih3-201ENSMUST00000027795 2668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gm15427-201ENSMUST00000117288 531 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Rpl18-ps1-201ENSMUST00000121555 525 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Fhad1os2-201ENSMUST00000152351 945 ntTSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Gm27321-201ENSMUST00000185021 205 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Tmem242-201ENSMUST00000005053 948 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Klk15-201ENSMUST00000068625 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 A130006I12Rik-201ENSMUST00000091396 408 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Ppp2r2a-204ENSMUST00000225380 1988 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Carmil2-201ENSMUST00000062574 2526 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Dirc2-201ENSMUST00000023554 5395 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Noc4l-201ENSMUST00000042147 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 A330040F15Rik-202ENSMUST00000224046 1918 ntBASIC25.71■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 9530082P21Rik-202ENSMUST00000181291 1798 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 H2-Q4-201ENSMUST00000081435 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Pcmtd1-201ENSMUST00000061280 5232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Vgf-201ENSMUST00000041543 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Sphk1-206ENSMUST00000106388 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Malsu1-203ENSMUST00000128616 2819 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Ptp4a2-201ENSMUST00000030578 3646 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.71■■□□□ 1.71
Ccdc88bQ4QRL3 Klrg1-201ENSMUST00000032207 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 32.1 ms