Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 MIR3140-201ENST00000583685 90 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 MIR2909-201ENST00000617113 69 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 HOXA11-AS1_6.1-201ENST00000620092 179 ntBASIC0.88□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 U3.27-201ENST00000391237 200 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 RNU2-59P-201ENST00000410482 191 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 AC097510.1-201ENST00000510945 133 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-287P-201ENST00000516230 98 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 RNU7-13P-201ENST00000516413 62 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 Evf-2_5p.1-201ENST00000614213 142 ntBASIC0.87□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 SNORD115-24-201ENST00000363528 82 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-340P-201ENST00000364005 107 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-681P-201ENST00000364012 104 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 Y_RNA.371-201ENST00000365591 113 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 TRAJ30-201ENST00000390507 57 ntAPPRIS P1 BASIC0.86□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-871P-201ENST00000516122 100 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-70P-201ENST00000516438 60 ntBASIC0.86□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 RNA5SP403-201ENST00000363598 108 ntBASIC0.85□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 SNORD18A-201ENST00000363753 72 ntBASIC0.85□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 SNORA24B-201ENST00000384176 131 ntBASIC0.85□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 Y_RNA.606-201ENST00000410579 103 ntBASIC0.85□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-1052P-201ENST00000411398 104 ntBASIC0.85□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 AC114801.3-201ENST00000510231 177 ntBASIC0.85□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-719P-201ENST00000516671 104 ntBASIC0.85□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 RNA5SP499-201ENST00000363982 119 ntBASIC0.84□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 RNA5SP517-201ENST00000364724 117 ntBASIC0.84□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-788P-201ENST00000390967 104 ntBASIC0.84□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 SNORA40.8-201ENST00000411034 126 ntBASIC0.84□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-1015P-201ENST00000517121 99 ntBASIC0.84□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 RNU7-161P-201ENST00000517289 62 ntBASIC0.84□□□□□ -2.27
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-1126P-201ENST00000384002 107 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 SNORA8.1-201ENST00000384250 140 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-154P-201ENST00000384306 106 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 MIR2113-201ENST00000459007 91 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-687P-201ENST00000516443 89 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 MIR4639-201ENST00000584938 69 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 U6.81-201ENST00000612550 106 ntBASIC0.83□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-824P-201ENST00000363724 104 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 MIR216B-201ENST00000390186 82 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-1177P-201ENST00000391058 104 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-587P-201ENST00000391282 106 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-634P-201ENST00000459134 106 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 RNU7-104P-201ENST00000459398 79 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 MIR3920-201ENST00000581751 86 ntBASIC0.82□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-330P-201ENST00000363015 107 ntBASIC0.81□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 TRAJ53-201ENST00000390485 66 ntAPPRIS P1 BASIC0.81□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 MIR548AG2-201ENST00000581228 64 ntBASIC0.81□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 AC067863.3-201ENST00000624172 122 ntBASIC0.81□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 MIR664A-201ENST00000626086 82 ntBASIC0.81□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 SNORA8.2-201ENST00000384372 139 ntBASIC0.8□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-1241P-201ENST00000384536 107 ntBASIC0.8□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 MIR617-201ENST00000385030 97 ntBASIC0.8□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-539P-201ENST00000516665 103 ntBASIC0.8□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 MIR3675-201ENST00000583661 73 ntBASIC0.8□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 TRAJ37-201ENST00000612375 65 ntAPPRIS P1 BASIC0.8□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 ZBTB41-201ENST00000367405 8478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC0.79□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-590P-201ENST00000365039 107 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 SNORD28-201ENST00000384706 75 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 MIR518A1-201ENST00000385068 85 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 MIR154-201ENST00000385243 84 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 RNU7-74P-201ENST00000459104 62 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-274P-201ENST00000459566 107 ntBASIC0.79□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 RNU6ATAC31P-201ENST00000408513 126 ntBASIC0.78□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-752P-201ENST00000516376 102 ntBASIC0.78□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 SCARNA16.5-201ENST00000517114 183 ntBASIC0.78□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 MIR4514-201ENST00000581410 57 ntBASIC0.78□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 SNORA25.18-201ENST00000607153 114 ntBASIC0.78□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 DLEU2_3.2-201ENST00000612883 73 ntBASIC0.78□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 AC244669.1-204ENST00000621564 178 ntBASIC0.78□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 MIR4773-1-201ENST00000637203 78 ntBASIC0.78□□□□□ -2.28
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-382P-201ENST00000365181 106 ntBASIC0.77□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 MIR519E-201ENST00000385075 84 ntBASIC0.77□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 RNA5SP268-201ENST00000516828 124 ntBASIC0.77□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 AC243829.6-201ENST00000612652 106 ntBASIC0.77□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 uc_338.17-201ENST00000619633 179 ntBASIC0.77□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 MIR6086-201ENST00000638065 55 ntBASIC0.77□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 SNORD41.1-201ENST00000391000 69 ntBASIC0.76□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 MIR548L-201ENST00000408303 86 ntBASIC0.76□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 SNORD75.2-201ENST00000408784 58 ntBASIC0.76□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 RNU7-24P-201ENST00000458867 62 ntBASIC0.76□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 SNORA62.5-201ENST00000516634 120 ntBASIC0.76□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 RNA5SP47-201ENST00000517230 109 ntBASIC0.76□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 MIR548O2-201ENST00000616090 70 ntBASIC0.76□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 SNORA36.1-201ENST00000363424 132 ntBASIC0.75□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-649P-201ENST00000384463 107 ntBASIC0.75□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 RNA5SP227-201ENST00000516184 113 ntBASIC0.75□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 MIR8053-201ENST00000613344 75 ntBASIC0.75□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 CALCRL-202ENST00000409998 5223 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC0.75□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-495P-201ENST00000362995 107 ntBASIC0.74□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 SNORD45.1-201ENST00000363181 77 ntBASIC0.74□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-726P-201ENST00000364680 107 ntBASIC0.74□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 SNORD115-31-201ENST00000365318 82 ntBASIC0.74□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-540P-201ENST00000384622 101 ntBASIC0.74□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 SNORD30.1-201ENST00000391309 70 ntBASIC0.74□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 AL691482.2-201ENST00000457453 84 ntBASIC0.74□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 SNORA68.3-201ENST00000515906 83 ntBASIC0.74□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 SNORD118-201ENST00000363593 134 ntBASIC0.72□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 RNU6-895P-201ENST00000384125 103 ntBASIC0.72□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 AC093423.1-201ENST00000440817 142 ntBASIC0.72□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 LINC00345-201ENST00000443679 285 ntTSL 5 BASIC0.72□□□□□ -2.29
CCDC9Q9Y3X0 RNA5SP285-201ENST00000516619 119 ntBASIC0.72□□□□□ -2.29
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