Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 Y_RNA.207-201ENST00000364142 106 ntBASIC1.87□□□□□ -2.11
USP4Q13107 RNA5SP190-201ENST00000365222 118 ntBASIC1.87□□□□□ -2.11
USP4Q13107 RNY4P3-201ENST00000365254 95 ntBASIC1.87□□□□□ -2.11
USP4Q13107 SNORA17.3-201ENST00000391159 129 ntBASIC1.87□□□□□ -2.11
USP4Q13107 SNORD13-201ENST00000459299 104 ntBASIC1.87□□□□□ -2.11
USP4Q13107 RNU6-523P-201ENST00000516304 54 ntBASIC1.87□□□□□ -2.11
USP4Q13107 AC022596.1-201ENST00000582895 302 ntTSL 5 BASIC1.87□□□□□ -2.11
USP4Q13107 MIR3140-201ENST00000583685 90 ntBASIC1.87□□□□□ -2.11
USP4Q13107 ZNF209P-201ENST00000593450 2304 ntBASIC1.87□□□□□ -2.11
USP4Q13107 MTRNR2L2-201ENST00000604882 87 ntBASIC1.87□□□□□ -2.11
USP4Q13107 MIR1297-201ENST00000637311 77 ntBASIC1.87□□□□□ -2.11
USP4Q13107 RNU5F-1-201ENST00000362507 117 ntBASIC1.86□□□□□ -2.11
USP4Q13107 RNU6ATAC33P-201ENST00000408647 126 ntBASIC1.86□□□□□ -2.11
USP4Q13107 RNU6-303P-201ENST00000517091 106 ntBASIC1.86□□□□□ -2.11
USP4Q13107 YWHAEP2-201ENST00000580066 112 ntBASIC1.86□□□□□ -2.11
USP4Q13107 YWHAEP3-201ENST00000582767 121 ntBASIC1.86□□□□□ -2.11
USP4Q13107 MIR520F-201ENST00000384824 87 ntBASIC1.85□□□□□ -2.11
USP4Q13107 AC108667.1-201ENST00000428618 249 ntBASIC1.85□□□□□ -2.11
USP4Q13107 MIR4498-201ENST00000577599 66 ntBASIC1.85□□□□□ -2.11
USP4Q13107 AC036222.2-201ENST00000579033 333 ntTSL 3 BASIC1.85□□□□□ -2.11
USP4Q13107 MIR4781-201ENST00000585250 76 ntBASIC1.85□□□□□ -2.11
USP4Q13107 ZNF260-203ENST00000588993 4174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.85□□□□□ -2.11
USP4Q13107 RNU6-411P-201ENST00000384451 107 ntBASIC1.84□□□□□ -2.11
USP4Q13107 RNU6-1052P-201ENST00000411398 104 ntBASIC1.84□□□□□ -2.11
USP4Q13107 AC244505.6-201ENST00000452829 130 ntBASIC1.84□□□□□ -2.11
USP4Q13107 RNU6-70P-201ENST00000516438 60 ntBASIC1.84□□□□□ -2.11
USP4Q13107 RNU6-719P-201ENST00000516671 104 ntBASIC1.84□□□□□ -2.11
USP4Q13107 MIR8081-201ENST00000611533 95 ntBASIC1.84□□□□□ -2.11
USP4Q13107 FSIP2-202ENST00000424728 20788 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC1.84□□□□□ -2.12
USP4Q13107 SNORA16.1-201ENST00000364597 132 ntBASIC1.83□□□□□ -2.12
USP4Q13107 Y_RNA.371-201ENST00000365591 113 ntBASIC1.83□□□□□ -2.12
USP4Q13107 AC067940.1-201ENST00000458411 300 ntBASIC1.83□□□□□ -2.12
USP4Q13107 RNU6-1053P-201ENST00000515930 101 ntBASIC1.83□□□□□ -2.12
USP4Q13107 RNU6-1265P-201ENST00000516342 103 ntBASIC1.83□□□□□ -2.12
USP4Q13107 SKIL-204ENST00000458537 7182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.82□□□□□ -2.12
USP4Q13107 RNA5SP363-201ENST00000365072 115 ntBASIC1.82□□□□□ -2.12
USP4Q13107 RNU6-935P-201ENST00000410371 100 ntBASIC1.82□□□□□ -2.12
USP4Q13107 MIR378A-201ENST00000362177 66 ntBASIC1.81□□□□□ -2.12
USP4Q13107 MIR222-201ENST00000384992 110 ntBASIC1.81□□□□□ -2.12
USP4Q13107 ZNF468-202ENST00000396409 384 ntTSL 5 BASIC1.81□□□□□ -2.12
USP4Q13107 AC074348.1-201ENST00000426503 132 ntBASIC1.81□□□□□ -2.12
USP4Q13107 AC002429.1-201ENST00000437672 148 ntBASIC1.81□□□□□ -2.12
USP4Q13107 AL357793.1-201ENST00000448412 401 ntTSL 5 BASIC1.81□□□□□ -2.12
USP4Q13107 Y_RNA.681-201ENST00000516445 113 ntBASIC1.81□□□□□ -2.12
USP4Q13107 SNORA31.14-201ENST00000516728 116 ntBASIC1.81□□□□□ -2.12
USP4Q13107 MIR4419B-201ENST00000577260 68 ntBASIC1.81□□□□□ -2.12
USP4Q13107 MIR502-201ENST00000606349 86 ntBASIC1.81□□□□□ -2.12
USP4Q13107 Y_RNA.164-201ENST00000363709 102 ntBASIC1.8□□□□□ -2.12
USP4Q13107 SNORD12-201ENST00000391002 90 ntBASIC1.8□□□□□ -2.12
USP4Q13107 RNU6-287P-201ENST00000516230 98 ntBASIC1.8□□□□□ -2.12
USP4Q13107 MIR4285-201ENST00000581001 85 ntBASIC1.8□□□□□ -2.12
USP4Q13107 AL359821.1-201ENST00000605519 182 ntBASIC1.8□□□□□ -2.12
USP4Q13107 snoU13.31-201ENST00000607291 104 ntBASIC1.8□□□□□ -2.12
USP4Q13107 MIR664A-201ENST00000626086 82 ntBASIC1.8□□□□□ -2.12
USP4Q13107 HIF1A-204ENST00000539097 3956 ntTSL 1 (best) BASIC1.8□□□□□ -2.12
USP4Q13107 Y_RNA.32-201ENST00000362589 110 ntBASIC1.79□□□□□ -2.12
USP4Q13107 MIR451A-201ENST00000385059 72 ntBASIC1.79□□□□□ -2.12
USP4Q13107 RNU6ATAC2P-201ENST00000387943 126 ntBASIC1.79□□□□□ -2.12
USP4Q13107 SNORA67.5-201ENST00000391036 107 ntBASIC1.79□□□□□ -2.12
USP4Q13107 MIR1827-201ENST00000408549 66 ntBASIC1.79□□□□□ -2.12
USP4Q13107 uc_338.16-201ENST00000621804 95 ntBASIC1.79□□□□□ -2.12
USP4Q13107 RNU6-340P-201ENST00000364005 107 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
USP4Q13107 SNORD48-201ENST00000364953 64 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
USP4Q13107 RNU6-788P-201ENST00000390967 104 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
USP4Q13107 RNA5SP247-201ENST00000411181 105 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
USP4Q13107 RNU6-1015P-201ENST00000517121 99 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
USP4Q13107 RNU6-1057P-201ENST00000517162 102 ntBASIC1.78□□□□□ -2.12
USP4Q13107 SNORD115-24-201ENST00000363528 82 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
USP4Q13107 ZFAT-AS1_2.1-201ENST00000613742 201 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
USP4Q13107 RMST_2.1-201ENST00000617263 136 ntBASIC1.77□□□□□ -2.13
USP4Q13107 Y_RNA.174-201ENST00000363781 105 ntBASIC1.76□□□□□ -2.13
USP4Q13107 AC114801.3-201ENST00000510231 177 ntBASIC1.76□□□□□ -2.13
USP4Q13107 IGLVVI-22-1-201ENST00000521183 211 ntBASIC1.76□□□□□ -2.13
USP4Q13107 Evf-2_5p.1-201ENST00000614213 142 ntBASIC1.76□□□□□ -2.13
USP4Q13107 CEP162-201ENST00000257766 5063 ntTSL 1 (best) BASIC1.76□□□□□ -2.13
USP4Q13107 LRRIQ1-202ENST00000393217 5394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC1.75□□□□□ -2.13
USP4Q13107 RNA5SP327-201ENST00000362494 101 ntBASIC1.75□□□□□ -2.13
USP4Q13107 RNU6-330P-201ENST00000363015 107 ntBASIC1.75□□□□□ -2.13
USP4Q13107 SNORA8.1-201ENST00000384250 140 ntBASIC1.75□□□□□ -2.13
USP4Q13107 SNORA25-201ENST00000384384 134 ntBASIC1.75□□□□□ -2.13
USP4Q13107 MIR4303-201ENST00000581299 66 ntBASIC1.75□□□□□ -2.13
USP4Q13107 MIR337-201ENST00000362281 93 ntBASIC1.74□□□□□ -2.13
USP4Q13107 SNORD115-44-201ENST00000365391 82 ntBASIC1.74□□□□□ -2.13
USP4Q13107 RNU6-997P-201ENST00000384725 107 ntBASIC1.74□□□□□ -2.13
USP4Q13107 TRAJ30-201ENST00000390507 57 ntAPPRIS P1 BASIC1.74□□□□□ -2.13
USP4Q13107 AC097510.1-201ENST00000510945 133 ntBASIC1.74□□□□□ -2.13
USP4Q13107 RNU7-13P-201ENST00000516413 62 ntBASIC1.74□□□□□ -2.13
USP4Q13107 RNU6-687P-201ENST00000516443 89 ntBASIC1.74□□□□□ -2.13
USP4Q13107 HECTD2-202ENST00000371667 4354 ntTSL 1 (best) BASIC1.74□□□□□ -2.13
USP4Q13107 Y_RNA.36-201ENST00000362602 112 ntBASIC1.73□□□□□ -2.13
USP4Q13107 RNU6-681P-201ENST00000364012 104 ntBASIC1.73□□□□□ -2.13
USP4Q13107 SNORD89-201ENST00000390981 114 ntBASIC1.73□□□□□ -2.13
USP4Q13107 RNU4-62P-201ENST00000410125 130 ntBASIC1.73□□□□□ -2.13
USP4Q13107 RNU6-871P-201ENST00000516122 100 ntBASIC1.73□□□□□ -2.13
USP4Q13107 IST1-227ENST00000626438 126 ntTSL 5 BASIC1.73□□□□□ -2.13
USP4Q13107 SNORA24B-201ENST00000384176 131 ntBASIC1.72□□□□□ -2.13
USP4Q13107 RNU6-154P-201ENST00000384306 106 ntBASIC1.72□□□□□ -2.13
USP4Q13107 RNU2-59P-201ENST00000410482 191 ntBASIC1.72□□□□□ -2.13
USP4Q13107 Y_RNA.606-201ENST00000410579 103 ntBASIC1.72□□□□□ -2.13
USP4Q13107 RNA5SP403-201ENST00000363598 108 ntBASIC1.71□□□□□ -2.14
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