Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

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Length 328 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 AC108059.2-201ENST00000434626 151 ntBASIC0.1□□□□□ -2.39
CCDC54Q8NEL0 snoU13.18-201ENST00000459483 104 ntBASIC0.1□□□□□ -2.39
CCDC54Q8NEL0 RNU7-35P-201ENST00000517174 62 ntBASIC0.1□□□□□ -2.39
CCDC54Q8NEL0 MIR3152-201ENST00000579801 74 ntBASIC0.1□□□□□ -2.39
CCDC54Q8NEL0 AC008737.2-201ENST00000599446 118 ntBASIC0.1□□□□□ -2.39
CCDC54Q8NEL0 VPS35-212ENST00000640313 141 ntTSL 5 BASIC0.1□□□□□ -2.39
CCDC54Q8NEL0 SNORA63.5-201ENST00000363548 123 ntBASIC0.09□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RNU6-643P-201ENST00000384018 107 ntBASIC0.09□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 MIR598-201ENST00000384868 97 ntBASIC0.09□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RNU2-59P-201ENST00000410482 191 ntBASIC0.09□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RNU7-79P-201ENST00000516082 62 ntBASIC0.09□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RNU6-1232P-201ENST00000516299 86 ntBASIC0.09□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 DEFB131B-201ENST00000530210 213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC0.09□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 AL359881.1-201ENST00000602916 267 ntBASIC0.09□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.412-201ENST00000384001 104 ntBASIC0.08□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.422-201ENST00000384054 114 ntBASIC0.08□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 SNORA72.6-201ENST00000384520 129 ntBASIC0.08□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 PCNPP3-201ENST00000393579 471 ntBASIC0.08□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 SNORA79-201ENST00000408376 140 ntBASIC0.08□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RNU6-1086P-201ENST00000410930 100 ntBASIC0.08□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.626-201ENST00000411288 95 ntBASIC0.08□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RNU6-531P-201ENST00000516694 104 ntBASIC0.08□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 SCARNA16.5-201ENST00000517114 183 ntBASIC0.08□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 AC112693.2-201ENST00000556538 232 ntBASIC0.08□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 MIR4752-201ENST00000579672 72 ntBASIC0.08□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 DLEU2_5.2-201ENST00000610606 84 ntBASIC0.08□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 U6.106-201ENST00000636360 105 ntBASIC0.08□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 AC010487.4-201ENST00000637027 61 ntBASIC0.08□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 MIR924-201ENST00000638017 53 ntBASIC0.08□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.52-201ENST00000362760 96 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.133-201ENST00000363428 110 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.145-201ENST00000363527 102 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RNY1P11-201ENST00000363759 113 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RNU6-1082P-201ENST00000364574 107 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 SNORA2A-201ENST00000383885 135 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 SNORA20-201ENST00000384662 132 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RNU6-535P-201ENST00000384722 107 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.571-201ENST00000384753 98 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.668-201ENST00000516233 93 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.673-201ENST00000516306 88 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 EBAG9-207ENST00000531677 777 ntTSL 1 (best) BASIC0.07□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 AC006504.6-201ENST00000590142 199 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 FAM13A-AS1_1.1-201ENST00000612555 119 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 HOTAIRM1_4.1-201ENST00000617934 102 ntBASIC0.07□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 IST1-227ENST00000626438 126 ntTSL 5 BASIC0.07□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.11-201ENST00000362375 109 ntBASIC0.06□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 SNORD27-201ENST00000363981 72 ntBASIC0.06□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 SNORD114-9-201ENST00000364370 72 ntBASIC0.06□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RNU6-275P-201ENST00000364910 107 ntBASIC0.06□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.477-201ENST00000384352 108 ntBASIC0.06□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 MIR548H2-201ENST00000408874 88 ntBASIC0.06□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RNU2-35P-201ENST00000516446 142 ntBASIC0.06□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.697-201ENST00000516776 113 ntBASIC0.06□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RNU2-60P-201ENST00000517290 128 ntBASIC0.06□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 TUG1_4.1-201ENST00000619464 181 ntBASIC0.06□□□□□ -2.4
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CCDC54Q8NEL0 AC244669.1-204ENST00000621564 178 ntBASIC0.06□□□□□ -2.4
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CCDC54Q8NEL0 MIR4315-2-201ENST00000640925 73 ntBASIC0.06□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.120-201ENST00000363304 110 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.121-201ENST00000363309 113 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 SNORA42.1-201ENST00000363515 137 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.174-201ENST00000363781 105 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.182-201ENST00000363880 111 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RNY1P6-201ENST00000384193 109 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
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CCDC54Q8NEL0 RNU5E-9P-201ENST00000411164 104 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RPL39P25-201ENST00000449384 154 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
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CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.784-201ENST00000613803 101 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.787-201ENST00000616522 101 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.780-201ENST00000617336 101 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.801-201ENST00000619005 101 ntBASIC0.05□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.20-201ENST00000362479 113 ntBASIC0.04□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 SNORD115-2-201ENST00000362842 82 ntBASIC0.04□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.65-201ENST00000362846 100 ntBASIC0.04□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RNU6-508P-201ENST00000363231 103 ntBASIC0.04□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 SNORD115-20-201ENST00000365099 82 ntBASIC0.04□□□□□ -2.4
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CCDC54Q8NEL0 Y_RNA.476-201ENST00000384347 108 ntBASIC0.04□□□□□ -2.4
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CCDC54Q8NEL0 RNA5SP214-201ENST00000363378 118 ntBASIC0.03□□□□□ -2.4
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CCDC54Q8NEL0 RNU6-702P-201ENST00000364982 107 ntBASIC0.03□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RNU6-47P-201ENST00000383866 107 ntBASIC0.03□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RNU6-127P-201ENST00000390897 107 ntBASIC0.03□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 MTCYBP9-201ENST00000431021 303 ntBASIC0.03□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RNA5SP227-201ENST00000516184 113 ntBASIC0.03□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 SNORD67.1-201ENST00000516618 108 ntBASIC0.03□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 RNU7-137P-201ENST00000516788 62 ntBASIC0.03□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 MIR548AE2-201ENST00000583456 67 ntBASIC0.03□□□□□ -2.4
CCDC54Q8NEL0 MIR3149-201ENST00000584629 83 ntBASIC0.03□□□□□ -2.4
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